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Yorodumi- PDB-3ukn: Structure of the C-linker/CNBHD of zELK channels in C 2 2 21 spac... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ukn | ||||||
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Title | Structure of the C-linker/CNBHD of zELK channels in C 2 2 21 space group | ||||||
Components | Novel protein similar to vertebrate potassium voltage-gated channel, subfamily H (Eag-related) family | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / KCNH / ELK / ERG / EAG / CNBD / CNBHD / C-linker / Ion Channel / cyclic nucleotide / cyclic nucleotide-binding domain / ion transport | ||||||
Function / homology | Function and homology information CNBH domain intrinsic ligand binding / potassium ion transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel complex / voltage-gated potassium channel activity / potassium channel activity / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion transmembrane transport / regulation of membrane potential / potassium ion transport / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Danio rerio (zebrafish) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Brelidze, T.I. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2012 Title: Structure of the carboxy-terminal region of a KCNH channel. Authors: Brelidze, T.I. / Carlson, A.E. / Sankaran, B. / Zagotta, W.N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ukn.cif.gz | 240.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ukn.ent.gz | 193.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ukn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3ukn_validation.pdf.gz | 440.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3ukn_full_validation.pdf.gz | 447.2 KB | Display | |
Data in XML | 3ukn_validation.xml.gz | 25.6 KB | Display | |
Data in CIF | 3ukn_validation.cif.gz | 36.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/3ukn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/3ukn | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3uktC 3ukvC 3uk5 C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24071.785 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: unp residues 543-750 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Danio rerio (zebrafish) / Gene: CH211-11O22.2-001, ELK, KCNH3 / Plasmid: pMALc2T / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) / References: UniProt: A8WHX9 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 1.8 M non-detergent sulfobetaine (NDSB)-211, 180 mM ammonium acetate, 22.5% (w/v) PEG 3350, 90 mM TRIS , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 77 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 28, 2010 |
Radiation | Monochromator: Double crystal, Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→49.56 Å / Num. all: 33782 / Num. obs: 33782 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 9.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.32 Å / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 4271 / % possible all: 85.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: Structure of the corresponding selenomethionine derivative crystal Resolution: 2.2→49.558 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 0 / Phase error: 27.22 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.132 Å2 / ksol: 0.339 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→49.558 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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