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- PDB-4pza: The complex structure of mycobacterial glucosyl-3-phosphoglycerat... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4pza | ||||||
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Title | The complex structure of mycobacterial glucosyl-3-phosphoglycerate phosphatase Rv2419c with inorganic phosphate | ||||||
![]() | Glucosyl-3-phosphoglycerate phosphatase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhou, W.H. / Zheng, Q.Q. / Jiang, D.Q. / Zhang, W. / Zhang, Q.Q. / Jin, J. / Li, X. / Yang, H.T. / Shaw, N. / Rao, Z. | ||||||
![]() | ![]() Title: Mechanism of dephosphorylation of glucosyl-3-phosphoglycerate by a histidine phosphatase Authors: Zheng, Q. / Jiang, D. / Zhang, W. / Zhang, Q. / Zhao, Q. / Jin, J. / Li, X. / Yang, H. / Bartlam, M. / Shaw, N. / Zhou, W. / Rao, Z. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 178.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 142.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4pz9C ![]() 4qihC ![]() 1h2eS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 24204.262 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P9WIC6, ![]() ![]() #2: Chemical | ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.21 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1M HEPES, pH 7.5, 10% 2-propanol, 20% w/v PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 1, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.77→50 Å / Num. all: 44618 / Num. obs: 44306 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 21.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 29.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.77→1.8 Å / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 5.58 / Num. unique all: 2187 / Rsym value: 0.303 / % possible all: 89.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 1H2E Resolution: 1.776→36.142 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / σ(I): 0 / Phase error: 20.76 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.776→36.142 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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