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万見
- PDB-2xd8: Capsid structure of the infectious Prochlorococcus Cyanophage P-SSP7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xd8
タイトルCapsid structure of the infectious Prochlorococcus Cyanophage P-SSP7
要素T7-LIKE CAPSID PROTEIN
キーワードVIRUS / MARINE PODOVIRUS / T7-LIKE VIRUS
機能・相同性: / Major capsid protein / T7-like capsid protein
機能・相同性情報
生物種PROCHLOROCOCCUS PHAGE P-SSP7 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
Model type detailsCA ATOMS ONLY, CHAIN A, B, C, D, E, F, G
データ登録者Liu, X. / Zhang, Q. / Murata, K. / Baker, M.L. / Sullivan, M.B. / Fu, C. / Dougherty, M. / Schmid, M.F. / Osburne, M.S. / Chisholm, S.W. / Chiu, W.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2010
タイトル: Structural changes in a marine podovirus associated with release of its genome into Prochlorococcus.
著者: Xiangan Liu / Qinfen Zhang / Kazuyoshi Murata / Matthew L Baker / Matthew B Sullivan / Caroline Fu / Matthew T Dougherty / Michael F Schmid / Marcia S Osburne / Sallie W Chisholm / Wah Chiu /
要旨: Podovirus P-SSP7 infects Prochlorococcus marinus, the most abundant oceanic photosynthetic microorganism. Single-particle cryo-electron microscopy yields icosahedral and asymmetrical structures of ...Podovirus P-SSP7 infects Prochlorococcus marinus, the most abundant oceanic photosynthetic microorganism. Single-particle cryo-electron microscopy yields icosahedral and asymmetrical structures of infectious P-SSP7 with 4.6-A and 9-A resolution, respectively. The asymmetric reconstruction reveals how symmetry mismatches are accommodated among five of the gene products at the portal vertex. Reconstructions of infectious and empty particles show a conformational change of the 'valve' density in the nozzle, an orientation difference in the tail fibers, a disordering of the C terminus of the portal protein and the disappearance of the core proteins. In addition, cryo-electron tomography of P-SSP7 infecting Prochlorococcus showed the same tail-fiber conformation as that in empty particles. Our observations suggest a mechanism whereby, upon binding to the host cell, the tail fibers induce a cascade of structural alterations of the portal vertex complex that triggers DNA release.
履歴
登録2010年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月20日Group: Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22018年10月3日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.32019年10月23日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1713
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1713
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
B: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
C: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
D: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
E: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
F: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
G: T7-LIKE CAPSID PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,4597
ポリマ－276,4597
非ポリマー00
水00
1
A: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
B: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
C: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
D: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
E: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
F: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
G: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,587,569420
ポリマ－16,587,569420
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
B: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
C: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
D: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
E: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
F: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
G: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.38 MDa, 35 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,382,29735
ポリマ－1,382,29735
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
B: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
C: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
D: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
E: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
F: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
G: T7-LIKE CAPSID PROTEIN
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.66 MDa, 42 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,658,75742
ポリマ－1,658,75742
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
T7-LIKE CAPSID PROTEIN / GP10 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 39494.211 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PROCHLOROCOCCUS PHAGE P-SSP7 (ファージ)
解説: P-SSP7 WERE PROPAGATED ON PROCHLOROCOCCUS MED4. / 発現宿主: PROCHLOROCOCCUS MED4 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q58N30

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CYANOPHAGE P-SSP7 / タイプ: VIRUS
緩衝液名称: 100 MM TRIS-HCL, 100 MM MGSO4, AND 30 MM NACL / pH: 7.5 / 詳細: 100 MM TRIS-HCL, 100 MM MGSO4, AND 30 MM NACL
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 3200FSC / 日付: 2007年8月31日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 4.1 mm
試料ホルダ温度: 101 K
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 1059
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア名称: MPSA / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: INDIVIDUAL MICROGRAPH
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: CROSS-COMMON LINES / 解像度: 4.6 Å / 粒子像の数: 36000 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.27 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.17 Å / 倍率補正: 2D CRYSTAL
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1713.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
11IJG

1ijg

11IJG1PDBexperimental model
22JES

2jes

12JES2PDBexperimental model
精密化最高解像度: 4.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 4.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2541 0 0 0 2541

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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