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- PDB-2xcw: Crystal structure of the D52N variant of cytosolic 5'-nucleotidas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xcw
タイトルCrystal structure of the D52N variant of cytosolic 5'-nucleotidase II in complex with inosine monophosphate and ATP
要素CYTOSOLIC PURINE 5'-NUCLEOTIDASE
キーワードHYDROLASE / CN-II / GMP-IMP SPECIFIC NUCLEOTIDASE / HIGH KM 5-PRIME NUCLEOTIDASE / METAL-BINDING / NT5C2 / NUCLEOTIDE METABOLISM / NUCLEOTIDE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside phosphotransferase / nucleoside phosphotransferase activity / dGMP metabolic process / GMP metabolic process / Abacavir metabolism / negative regulation of defense response to virus by host / GMP 5'-nucleotidase activity / adenosine metabolic process / IMP-specific 5'-nucleotidase / IMP 5'-nucleotidase activity ...nucleoside phosphotransferase / nucleoside phosphotransferase activity / dGMP metabolic process / GMP metabolic process / Abacavir metabolism / negative regulation of defense response to virus by host / GMP 5'-nucleotidase activity / adenosine metabolic process / IMP-specific 5'-nucleotidase / IMP 5'-nucleotidase activity / Ribavirin ADME / IMP catabolic process / IMP metabolic process / Purine catabolism / allantoin metabolic process / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / protein K48-linked ubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HAD-superfamily hydrolase, subfamily IG, 5'-nucleotidase / Purine 5'-nucleotidase / 5' nucleotidase family / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSINIC ACID / Cytosolic purine 5'-nucleotidase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wallden, K. / Nordlund, P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for the Allosteric Regulation and Substrate Recognition of Human Cytosolic 5'-Nucleotidase II
著者: Wallden, K. / Nordlund, P.
履歴
登録2010年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOSOLIC PURINE 5'-NUCLEOTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,41311
ポリマ－63,9571
非ポリマー1,45710
水7,368409
1
A: CYTOSOLIC PURINE 5'-NUCLEOTIDASE
ヘテロ分子

A: CYTOSOLIC PURINE 5'-NUCLEOTIDASE
ヘテロ分子

A: CYTOSOLIC PURINE 5'-NUCLEOTIDASE
ヘテロ分子

A: CYTOSOLIC PURINE 5'-NUCLEOTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,65344
ポリマ－255,8274
非ポリマー5,82640
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area25680 Å2
ΔGint-177.3 kcal/mol
Surface area72420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.560, 127.440, 130.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1497-

MG

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CYTOSOLIC PURINE 5'-NUCLEOTIDASE / CYTOSOLIC 5'-NUCLEOTIDASE II


分子量: 63956.750 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-536 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: P49902, 5'-nucleotidase

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非ポリマー , 5種, 419分子

#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP


分子量: 348.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 52 TO ASN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0081
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年1月30日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0081 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 60260 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 4.48 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JCM

2jcm


解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 4.815 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19357 3046 5.1 %RANDOM
Rwork0.16676 ---
obs0.16814 57151 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.823 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.94 Å20 Å20 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3----0.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3828 0 92 409 4329
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0224099
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022840
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5571.9815549
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95336871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9375486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.27823.073192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.12315697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2281527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2582
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02909
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.2797
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1940.22971
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.21972
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.22120
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2336
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2180.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3120.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1330.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0871.53095
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25723863
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.31632049
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1334.51686
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.282 222
Rwork0.248 4159
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.01465.51371.25876.4031.64541.32940.0699-0.07690.7626-0.3843-0.02160.1374-0.5534-0.1363-0.04840.2912-0.00560.02260.10060.05880.10957.92842.637.986
21.26910.3994-0.1630.84140.09521.0723-0.01810.10620.0323-0.09380.00270.0348-0.0743-0.06630.0155-0.08920.0227-0.0182-0.16050.0213-0.1702-6.48122.90544.163
33.18881.6913-2.65733.10831.35139.76360.1028-0.02320.0270.1582-0.18680.2406-0.0913-0.58820.0839-0.037-0.0088-0.0161-0.0873-0.012-0.1614-17.07619.86958.869
43.32590.9434-0.99361.6228-0.28531.2164-0.12370.237-0.2617-0.09670.06090.05470.0714-0.12850.0627-0.08570.0052-0.025-0.1011-0.0273-0.1496-12.58213.40739.868
51.66760.5269-0.93581.5602-1.44272.61310.01910.05780.1029-0.0461-0.0209-0.0542-0.25360.10470.0018-0.0827-0.01550.0408-0.11960.0094-0.138218.03524.68135.771
63.2589-1.9783-1.39635.89060.90284.3759-0.15380.1159-0.0512-0.12850.0282-0.35790.20480.20710.1256-0.0708-0.02520.0207-0.13980.0203-0.121218.7428.81744.501
74.5572-0.02640.98352.1378-0.03132.8593-0.0740.02230.1326-0.0757-0.01150.0715-0.06490.10150.0855-0.0758-0.0450.0127-0.1624-0.007-0.19757.82427.61751.212
85.7274-5.6259-5.74427.72947.18416.83980.30560.1578-0.07890.6476-0.49260.8937-1.5934-1.3040.1870.58370.2029-0.05440.4795-0.00210.537-19.61645.50358.284
93.97251.18410.08031.96120.1542.6269-0.0444-0.06470.3335-0.15780.00710.1726-0.2565-0.0670.0373-0.00960.0073-0.0214-0.2103-0.0007-0.1508-0.6835.07851.117
107.2742-2.1644-16.8191.97426.448440.45510.7513-0.0470.5583-0.86560.4972-0.4239-2.514-0.0159-1.24850.1536-0.01160.08070.01520.042-0.00485.11341.16770.237
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2A33 - 127
3X-RAY DIFFRACTION3A128 - 154
4X-RAY DIFFRACTION4A155 - 229
5X-RAY DIFFRACTION5A230 - 289
6X-RAY DIFFRACTION6A290 - 332
7X-RAY DIFFRACTION7A333 - 385
8X-RAY DIFFRACTION8A386 - 425
9X-RAY DIFFRACTION9A426 - 477
10X-RAY DIFFRACTION10A478 - 488

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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