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万見
- PDB-2xcv: Crystal structure of the D52N variant of cytosolic 5'-nucleotidas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xcv
タイトルCrystal structure of the D52N variant of cytosolic 5'-nucleotidase II in complex with inosine monophosphate and 2,3-bisphosphoglycerate
要素CYTOSOLIC PURINE 5'-NUCLEOTIDASE
キーワードHYDROLASE / METAL-BINDING / NUCLEOTIDE METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside phosphotransferase / nucleoside phosphotransferase activity / dGMP metabolic process / GMP metabolic process / Abacavir metabolism / negative regulation of defense response to virus by host / adenosine metabolic process / : / IMP-specific 5'-nucleotidase / : ...nucleoside phosphotransferase / nucleoside phosphotransferase activity / dGMP metabolic process / GMP metabolic process / Abacavir metabolism / negative regulation of defense response to virus by host / adenosine metabolic process / : / IMP-specific 5'-nucleotidase / : / IMP metabolic process / IMP catabolic process / Ribavirin ADME / allantoin metabolic process / Purine catabolism / : / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / protein K48-linked ubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HAD-superfamily hydrolase, subfamily IG, 5'-nucleotidase / Purine 5'-nucleotidase / 5' nucleotidase family / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-diphosphoglyceric acid / INOSINIC ACID / Cytosolic purine 5'-nucleotidase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wallden, K. / Nordlund, P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for the Allosteric Regulation and Substrate Recognition of Human Cytosolic 5'-Nucleotidase II
著者: Wallden, K. / Nordlund, P.
履歴
登録2010年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Non-polymer description / Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOSOLIC PURINE 5'-NUCLEOTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6875
ポリマ－63,9571
非ポリマー7314
水4,648258
1
A: CYTOSOLIC PURINE 5'-NUCLEOTIDASE
ヘテロ分子

A: CYTOSOLIC PURINE 5'-NUCLEOTIDASE
ヘテロ分子

A: CYTOSOLIC PURINE 5'-NUCLEOTIDASE
ヘテロ分子

A: CYTOSOLIC PURINE 5'-NUCLEOTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,75020
ポリマ－255,8274
非ポリマー2,92316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area15620 Å2
ΔGint-101.8 kcal/mol
Surface area74170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.570, 127.790, 130.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CYTOSOLIC PURINE 5'-NUCLEOTIDASE / CYTOSOLIC 5'-NUCLEOTIDASE II


分子量: 63956.750 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 PRARE2 / 参照: UniProt: P49902, 5'-nucleotidase

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非ポリマー , 5種, 262分子

#2: 化合物 ChemComp-DG2 / (2R)-2,3-diphosphoglyceric acid / 2,3-Bisphosphoglyceric acid / 2,3-bisphosphoglycerate / 2,3-BPG / 2,3-diphosphoglyceric acid / 2,3-diphosphoglycerate / 2,3-DPG / (2~{R})-2,3-diphosphonooxypropanoic acid / 2,3-ジホスホグリセリン酸


分子量: 266.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O10P2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP


分子量: 348.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 52 TO ASN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0081
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年1月30日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0081 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 34216 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JCM

2jcm


解像度: 2.3→48.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 5.283 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22868 1729 5.1 %RANDOM
Rwork0.17627 ---
obs0.17893 32486 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.669 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.16 Å20 Å20 Å2
2--1.08 Å20 Å2
3----2.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3767 0 45 258 4070
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0224025
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8491.9735452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5925482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.15822.812192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.82315699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4391530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023081
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.21717
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.22742
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2252
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0630.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2360.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2181.52436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.02123821
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.05931830
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.414.51631
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 126 -
Rwork0.223 2364 -
obs--99.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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