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- PDB-2xco: The 3.1A crystal structure of the catalytic core (B'A' region) of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xco
タイトルThe 3.1A crystal structure of the catalytic core (B'A' region) of Staphylococcus aureus DNA Gyrase
要素DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A
キーワードISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Topoisomerase II; domain 5 / Topoisomerase II, domain 5 / Topoisomerase, domain 3 / Topoisomerase; domain 3 / Rossmann fold - #670 / Gyrase A; domain 2 - #40 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : ...Topoisomerase II; domain 5 / Topoisomerase II, domain 5 / Topoisomerase, domain 3 / Topoisomerase; domain 3 / Rossmann fold - #670 / Gyrase A; domain 2 - #40 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Gyrase A; domain 2 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Bax, B.D. / Chan, P.F. / Eggleston, D.S. / Fosberry, A. / Gentry, D.R. / Gorrec, F. / Giordano, I. / Hann, M.M. / Hennessy, A. / Hibbs, M. ...Bax, B.D. / Chan, P.F. / Eggleston, D.S. / Fosberry, A. / Gentry, D.R. / Gorrec, F. / Giordano, I. / Hann, M.M. / Hennessy, A. / Hibbs, M. / Huang, J. / Jones, E. / Jones, J. / Brown, K.K. / Lewis, C.J. / May, E.W. / Singh, O. / Spitzfaden, C. / Shen, C. / Shillings, A. / Theobald, A.F. / Wohlkonig, A. / Pearson, N.D. / Gwynn, M.N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Type Iia Topoisomerase Inhibition by a New Class of Antibacterial Agents.
著者: Bax, B.D. / Chan, P.F. / Eggleston, D.S. / Fosberry, A. / Gentry, D.R. / Gorrec, F. / Giordano, I. / Hann, M.M. / Hennessy, A. / Hibbs, M. / Huang, J. / Jones, E. / Jones, J. / Brown, K.K. / ...著者: Bax, B.D. / Chan, P.F. / Eggleston, D.S. / Fosberry, A. / Gentry, D.R. / Gorrec, F. / Giordano, I. / Hann, M.M. / Hennessy, A. / Hibbs, M. / Huang, J. / Jones, E. / Jones, J. / Brown, K.K. / Lewis, C.J. / May, E.W. / Saunders, M.R. / Singh, O. / Spitzfaden, C. / Shen, C. / Shillings, A. / Theobald, A.F. / Wohlkonig, A. / Pearson, N.D. / Gwynn, M.N.
履歴
登録2010年4月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,3852
ポリマ－82,3451
非ポリマー401
水181
1
A: DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A
ヘテロ分子

A: DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,7704
ポリマ－164,6902
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_575x,x-y+2,-z+1/61
Buried area3910 Å2
ΔGint-15.2 kcal/mol
Surface area40600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.917, 89.917, 410.583
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1500-

CA

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要素

#1: タンパク質 DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A


分子量: 82344.898 Da / 分子数: 1
断片: C-TERMINAL 27KDA DOMAIN, RESIDUES 410-644, N-TERMINAL 56KDA DOMAIN, RESIDUES 2-491
由来タイプ: 組換発現
詳細: C-TERMINUS GYRB (A644) FUSED TO N-TERMINUS GYRA (A1002)
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P66937, UniProt: Q99XG5, EC: 5.99.1.3
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.19 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 6% PEG 1,000, 0.15M CALCIUM ACETATE, 100MM IMIDAZOLE, PH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→25 Å / Num. obs: 17229 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 61.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 7.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 3.1→24.732 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 880 5.1 %
Rwork0.2169 --
obs0.2204 17229 91.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.568 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 61.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.883 Å2-0 Å2-0 Å2
2--3.883 Å2-0 Å2
3----7.7659 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→24.732 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4941 0 1 1 4943
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8066754
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1851887
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055773
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003889
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1001-3.29390.33281540.27132730X-RAY DIFFRACTION95
3.2939-3.54760.34281400.23792724X-RAY DIFFRACTION94
3.5476-3.90330.28041600.21382736X-RAY DIFFRACTION93
3.9033-4.46530.25111580.1782702X-RAY DIFFRACTION92
4.4653-5.61490.23451460.18832699X-RAY DIFFRACTION89
5.6149-24.73270.31371220.23592758X-RAY DIFFRACTION85
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4711-0.1890.18080.2916-0.24760.2179-0.04480.01630.3550.0801-0.0739-0.0816-0.57560.2485-0.00040.3613-0.07270.02130.35260.0910.3115-3.1142105.44547.4663
20.02820.0146-0.00260.03440.03350.021-0.08290.2013-0.1722-0.1804-0.08620.7045-0.1374-0.2068-0.00070.3861-0.0842-0.13450.79240.21370.4724-28.123999.20416.2874
30.7188-0.2601-0.23320.62110.14420.75640.06970.1049-0.0019-0.0468-0.04990.0766-0.0861-0.026-00.2093-0.06680.00260.17410.01760.1895-31.7582112.366241.4734
4-0.0055-0.0736-0.03880.16180.07880.0363-0.01980.02630.24220.11580.04290.0252-0.26880.38320.0990.1687-0.4263-0.0163-0.0823-0.08040.2163-7.0573124.896760.3905
50.1661-0.1447-0.14390.02730.00980.10480.0357-0.07870.07070.0571-0.18070.1450.0076-0.3717-0.02220.076-0.1267-0.0230.5531-0.05040.2551-61.98983.198432.4391
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1((CHAIN A AND (RESID 413:543 OR RESID 581:606)))
2X-RAY DIFFRACTION2((CHAIN A AND (RESID 544:580)))
3X-RAY DIFFRACTION3((CHAIN A AND (RESID 1027:1244 OR RESID 1329:1368 OR RESID 1461:1490)))
4X-RAY DIFFRACTION4((CHAIN A AND (RESID 1245:1328)))
5X-RAY DIFFRACTION5((CHAIN A AND (RESID 1369:1460)))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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