PDB-2xbl: Crystal structure of GmhA from Burkholderia pseudomallei in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xbl

タイトル

Crystal structure of GmhA from Burkholderia pseudomallei in complex with product

要素

PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE

キーワード

ISOMERASE / CAPSULE

機能・相同性

機能・相同性情報

D-sedoheptulose-7-phosphate isomerase / D-sedoheptulose 7-phosphate isomerase activity / D-glycero-D-manno-heptose 7-phosphate biosynthetic process / capsule polysaccharide biosynthetic process / carbohydrate derivative binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Harmer, N.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: The Structure of Sedoheptulose-7-Phosphate Isomerase from Burkholderia Pseudomallei Reveals a Zinc Binding Site at the Heart of the Active Site.
著者: Harmer, N.J.

履歴

登録	2010年4月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / diffrn_source
改定 1.4	2018年3月7日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.5	2020年7月29日	Group: Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.6	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xbl.cif.gz	312.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xbl.ent.gz	255.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xbl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2xbl_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xbl_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	2xbl_validation.xml.gz	40 KB	表示
CIF形式データ	2xbl_validation.cif.gz	59.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/2xbl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/2xbl	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2x3yC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lu6-d 5lu7-d 5ltz-d 2x3y-2 1x92-1 5v9h-2 1fm6-2 3trj-d 4czt-1 3moe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE

B: PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE

C: PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE

D: PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE

ヘテロ分子

85.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.200, 83.680, 126.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質	PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE / GMHA / SEDOHEPTULOSE 7-PHOSPHATE ISOMERASE 分子量: 20921.832 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI (類鼻疽菌) 株: K96243 / プラスミド: PNIC28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: Q93UJ2, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; アルドース - ケトースの相互変換
#3: 糖	ChemComp-M7P / 7-O-phosphono-D-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose / D-GLYCERO-D-MANNOPYRANOSE-7-PHOSPHATE / 7-O-phosphono-D-glycero-alpha-D-manno-heptose / 7-O-phosphono-D-glycero-D-manno-heptose / 7-O-phosphono-D-glycero-manno-heptose タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 290.162 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅O₁₀P

#1: タンパク質

PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE / GMHA / SEDOHEPTULOSE 7-PHOSPHATE ISOMERASE

分子量: 20921.832 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI (類鼻疽菌)
株: K96243 / プラスミド: PNIC28 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: Q93UJ2, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; アルドース - ケトースの相互変換

#3: 糖

ChemComp-M7P / 7-O-phosphono-D-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose / D-GLYCERO-D-MANNOPYRANOSE-7-PHOSPHATE / 7-O-phosphono-D-glycero-alpha-D-manno-heptose / 7-O-phosphono-D-glycero-D-manno-heptose / 7-O-phosphono-D-glycero-manno-heptose

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 290.162 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅O₁₀P

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非ポリマー , 5種, 948分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 941 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.9 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.6 / 詳細: 0.05 M SODIUM ACETATE PH 4.6, 4% PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9763,1.283

検出器

タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月21日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9763	1
2	1.283	1

反射

解像度: 1.62→47.8 Å / Num. obs: 93361 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 14.41 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.1

反射シェル

解像度: 1.62→1.71 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 71.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELXCDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.62→47.772 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 17.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.179	4487	5 %
R_work	0.1464	-	-
obs	0.148	89502	90.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.644 Å² / k_sol: 0.322 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.9327 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.204 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-6.7287 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→47.772 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5716	0	106	941	6763

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5933
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.015	8025
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.221	2227
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	944
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1039

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.62-1.6779	0.2766	288	0.2279	5424	X-RAY DIFFRACTION	58
1.6779-1.7451	0.2442	365	0.1975	6715	X-RAY DIFFRACTION	72
1.7451-1.8245	0.2117	423	0.1673	8214	X-RAY DIFFRACTION	88
1.8245-1.9207	0.2018	460	0.1516	8693	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9207-2.0411	0.1888	451	0.1384	9053	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0411-2.1986	0.1726	483	0.1251	9204	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1986-2.4199	0.1719	482	0.1304	9286	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4199-2.77	0.177	512	0.1328	9318	X-RAY DIFFRACTION	99
2.77-3.4898	0.167	485	0.1432	9470	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4898-47.7927	0.1505	538	0.1374	9638	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2788	0.5903	-0.69	1.029	-0.2079	0.1824	-0.0467	-0.0484	-0.3334	0.357	-0.0386	0.1274	0.6098	-0.1971	0.1173	0.2517	-0.0074	0.0338	0.1128	0.0034	0.1231	-0.3955	-2.5651	45.6393
2	1.1337	0.3887	-0.8775	0.446	-0.7832	2.2232	-0.1201	-0.1046	-0.0981	0.0174	0.0568	-0.0762	-0.073	0.1529	0.0389	0.0942	0.0187	-0.0054	0.0809	-0.0147	0.064	13.0391	9.7199	45.393
3	0.8645	0.8145	-0.988	1.1087	-1.0083	3.2116	0.1879	-0.1089	0.0703	0.2681	-0.042	0.0146	-0.6134	0.6972	-0.0703	0.1008	-0.048	-0.0054	0.1467	-0.0043	0.109	24.914	20.9568	27.9865
4	0.2937	-0.3018	0.0486	0.5696	0.1691	0.2577	0.0305	-0.02	0.0783	0.0246	0.0093	0.1462	0.0319	0.008	-0.0339	0.0993	0.0188	0.0124	0.0924	-0.0111	0.1047	14.8864	7.9473	22.8262
5	0.3595	0.1668	0.0466	0.3098	-0.3472	0.5723	0.0545	0.026	0.0347	0.0654	-0.0631	0.024	-0.0809	-0.0121	-0.0067	0.072	0.0017	0.0123	0.0821	-0.0036	0.0864	12.61	13.5247	17.5748
6	0.3624	-0.0255	0.1174	0.1764	0.2297	0.7472	0.0331	0.1367	-0.045	0.0299	0.0244	-0.0044	0.1278	0.2444	-0.0555	0.0958	0.0485	-0.0018	0.1757	-0.0117	0.1073	23.5854	5.3144	17.869
7	0.5449	-0.4704	0.4795	0.7741	-0.0425	0.9783	-0.0875	0.0198	0.0459	-0.1428	0.0577	-0.1587	0.0523	0.3596	-0.0573	0.0935	0.0706	-0	0.209	-0.0252	0.1113	28.5359	5.3957	20.228
8	0.0483	-0.0498	-0.1472	0.1744	-0.0839	1.0348	0.0322	-0.1405	-0.0412	-0.03	-0.0463	-0.0962	0.0803	0.5233	0.0158	0.11	0.0341	-0.0029	0.2046	0.0055	0.1273	27.0915	7.0744	31.605
9	0.3797	0.0403	-0.3782	0.84	-0.2729	0.6036	-0.0104	-0.0515	0.0004	0.0882	0.0727	0.0747	-0.0329	0.0686	-0.0427	0.0935	-0.0012	-0.006	0.0936	-0.0036	0.0809	14.5452	11.9972	33.7884
10	1.9764	0.2929	-0.3288	0.1066	-0.261	2.2273	0.3558	0.0114	0.644	0.4442	-0.0499	0.2794	-0.9618	0.1213	-0.3567	0.2852	-0.0266	0.0855	0.0869	0.0044	0.1745	16.2217	32.0989	24.9445
11	0.314	0.1313	0.3419	0.179	0.0938	1.2758	0.076	-0.149	0.0673	0.0341	-0.078	-0.0955	-0.0353	0.3218	-0.0289	0.1548	0.0049	0.0174	0.1703	-0.0156	0.11	17.6851	2.9115	-16.2635
12	0.784	0.2769	-0.8156	0.5266	-0.5476	1.0105	-0.0513	-0.1022	-0.0491	0.0099	-0.1034	0.1365	0.405	-0.2803	0.0981	0.2456	-0.0279	-0.0036	0.1986	-0.0164	0.0933	3.2129	-9.2049	-15.3207
13	0.5549	0.6921	-0.3765	0.9914	-0.5865	1.2713	-0.162	0.1362	-0.057	-0.0919	0.1305	0.1907	0.5023	-0.2606	-0.0401	0.1604	-0.0677	-0.0032	0.1727	-0.0013	0.1584	-8.8329	-13.1934	-0.0479
14	0.4314	0.2976	-0.2417	0.5055	-0.1661	0.3248	-0.0444	0.0769	0.0124	-0.0177	0.0027	-0.0339	0.0332	-0.055	0.019	0.1002	-0.0069	0.0056	0.1052	-0.0034	0.1	0.4228	-2.5047	6.5088
15	0.1344	0.131	0.0315	0.3522	0.1969	0.9794	0.0311	-0.0028	-0.0669	0.015	0.0461	0.0799	0.0757	-0.137	-0.0476	0.0855	0.0001	0.0235	0.1022	0.0084	0.1169	-0.7431	-0.0773	11.8908
16	0.1025	-0.0818	0.0559	0.4459	-0.1183	0.456	-0.036	-0.0678	-0.0385	0.128	0.0458	-0.0383	0.1738	-0.0387	0.0083	0.1582	0.0057	0.0216	0.0901	0.0009	0.1205	4.4171	-11.3531	14.104
17	0.0628	-0.0302	0.1104	0.2321	0.121	0.7686	0.0063	-0.0875	-0.0664	0.0617	0.0015	0.0781	0.4009	0.028	0.0308	0.2433	0.0112	0.0276	0.0986	0.0057	0.127	5.2032	-16.8503	11.3361
18	0.1259	-0.0799	-0.0092	0.1556	-0.2756	0.8478	-0.0232	-0.0759	-0.0832	-0.0528	-0.0132	0.0352	0.434	0.0849	0.0452	0.2273	-0.0022	0.0257	0.0893	-0.0058	0.1299	4.8923	-17.4499	0.7758
19	0.6896	0.4172	0.1371	0.6364	0.1669	0.0642	-0.0959	0.0842	-0.0312	-0.0818	0.0408	-0.0254	0.2091	0.1352	0.0499	0.1707	0.0113	0.0192	0.1183	-0.0079	0.0892	9.1778	-7.0382	-6.3288
20	1.3085	0.158	-0.6505	0.2556	0.0104	0.3933	-0.0077	0.2806	0.1585	-0.0716	-0.0266	0.1101	-0.0441	-0.1714	0.1265	0.0928	-0.0202	-0.0138	0.157	-0.0256	0.1224	-9.9432	-3.4124	-1.7994
21	0.0308	-0.2034	-0.1374	1.7986	1.189	0.7942	-0.0019	-0.0243	-0.0534	-0.0369	-0.0414	0.3205	0.2243	-0.6973	0.1733	0.1617	-0.0513	-0.0387	0.2848	-0.0204	0.162	-9.5131	-6.5208	-11.8204
22	0.8867	0.2879	-0.1257	0.1031	-0.0406	1.3083	-0.1083	0.2116	-0.0289	-0.1577	0.136	-0.0118	0.0989	0.0504	-0.0006	0.1682	-0.0102	-0.0029	0.1956	-0.0276	0.099	3.0967	3.0224	-17.6891
23	1.4501	1.0059	-0.2975	3.3026	1.0929	0.7474	-0.1893	0.2808	-0.1005	-0.6376	0.4349	-0.2696	-0.6046	0.331	-0.2145	0.1785	-0.0597	0.0628	0.1744	-0.006	0.1036	15.8104	14.1261	-14.6067
24	0.0437	-0.0331	0.1058	0.4835	0.1343	0.4499	-0.0138	0.0928	-0.0359	-0.0766	0.093	0.0345	-0.0381	0.015	-0.069	0.0455	-0.0109	0.0122	0.1041	-0.01	0.0843	15.4145	13.8502	1.1371
25	0.2633	-0.42	0.1243	1.5639	-0.0986	0.0646	-0.0074	0.1272	-0.076	-0.0844	0.0822	0.0679	0.053	0.2036	-0.1014	0.1015	0.0172	0.0155	0.1293	-0.0236	0.0816	16.5731	3.1306	1.8411
26	0.4712	-0.3785	-0.3053	0.5614	0.0492	1.0267	-0.0231	0.0505	0.041	0.0941	0.0649	-0.0272	0.113	0.0586	-0.0705	0.0824	0.0068	0.0067	0.1007	-0.0142	0.1124	11.7371	11.9924	10.6652
27	0.5163	-0.0736	-0.0647	0.2415	-0.2417	0.7333	0.0493	-0.0005	0.1093	0.0291	-0.0194	0.0099	-0.2572	0.0252	-0.0432	0.0975	-0.0011	0.0159	0.0747	-0.0008	0.088	8.8875	20.1294	5.5988
28	0.4108	0.1894	0.3293	0.2609	0.4833	1.0167	-0.1129	0	-0.0138	-0.2771	0.0318	-0.0126	-0.2982	-0.0178	0.0526	0.1801	0.0272	0.0084	0.0876	0.011	0.1004	6.7572	23.9437	1.2763
29	0.389	-0.236	-0.2994	0.3913	0.1284	0.5205	-0.01	0.1072	0.057	-0.1351	0.0011	0.1158	-0.1328	-0.0708	0.0103	0.1363	0.0153	-0.0139	0.1231	0.0154	0.0996	3.9122	14.7398	-8.581
30	0.8925	0.0705	-0.2741	0.0944	-0.1803	0.3377	0.0018	0.1288	-0.2731	-0.0594	0.0358	0.0509	0.0491	0.2586	-0.005	0.1001	-0.0048	0.032	0.1661	-0.0237	0.0878	21.2625	5.8548	-6.1123
31	4.7562	-1.5949	1.0764	0.7721	-1.3549	4.7287	-0.1719	-0.0489	0.6375	0.3134	0.1059	-0.3057	-0.7782	0.162	0.115	0.2799	-0.0194	-0.0201	0.1232	-0.0258	0.1755	17.1171	25.9106	38.5042
32	0.4883	0.2784	0.0607	0.2692	-0.1052	0.1834	-0.0578	-0.1096	0.1782	-0.0236	-0.0375	0.1121	-0.0026	-0.0409	0.0458	0.1901	0.0171	0.0116	0.1172	-0.0252	0.1099	2.7588	14.0391	45.2597
33	0.1197	0.0156	0.0331	0.1892	0.3068	0.5567	0.0793	-0.0878	-0.041	0.002	0.0476	-0.1234	0.0954	-0.1602	-0.1003	0.1379	-0.0168	0.0348	0.0841	0.0198	0.1327	-8.3827	-2.2264	36.3344
34	0.2665	0.2907	0.0866	1.0717	0.5926	0.4188	0.1028	-0.0107	0.1381	0.1716	-0.024	0.0139	0.0016	0.0451	-0.0701	0.0757	0.0185	0.0162	0.0691	0.0094	0.0902	-1.5621	5.8519	24.2354
35	0.424	0.0998	-0.0483	0.1179	0.172	0.5508	0.0136	0.0243	-0.0412	0.0248	-0.0123	-0.0554	0.1496	0.0578	-0.0122	0.1089	0.001	0.0109	0.0743	0.0008	0.0967	2.6301	-1.0453	22.9687
36	0.0348	-0.0494	0.0842	0.415	-0.0941	1.0011	0.0274	0.0862	-0.0308	0.0501	0.0286	0.1632	-0.062	-0.3054	-0.0575	0.0719	0.0121	0.0198	0.1396	0.0104	0.1335	-10.1743	6.695	15.7349
37	0.1419	-0.1583	-0.2405	0.529	0.0883	0.8429	-0.0029	0.0095	0.0092	0.0429	0.0127	0.1123	-0.1155	-0.2992	0.0194	0.0834	0.0338	0.0263	0.1201	0.0178	0.1318	-10.5318	10.1447	25.9062
38	1.3269	-0.3663	-0.0186	0.9954	-0.4489	0.5562	0.11	-0.0552	0.16	0.2147	-0.0527	0.2961	-0.2426	-0.1832	-0.1015	0.1259	0.0305	0.0643	0.0837	0.011	0.1445	-10.3425	14.5788	34.5701
39	1.0794	-0.4396	-0.0205	0.2222	-0.1986	0.9976	0.0023	-0.0454	0.343	0.152	0.0411	-0.1308	-0.3353	0.0241	-0.0977	0.1367	0.0145	0.0261	0.0965	0.003	0.0961	3.8037	17.5414	34.3661
40	0.7416	0.402	0.398	0.4224	0.5555	0.7787	0.1367	-0.095	-0.1094	0.3078	-0.1815	0.015	0.254	-0.0227	0.0337	0.1599	0.0006	0.0239	0.0878	0.0045	0.1137	1.4792	-3.9586	36.8737

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 4:9)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 10:27)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 28:49)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 50:63)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 64:98)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 99:127)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 128:143)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 144:165)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 166:190)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 191:196)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 4:15)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 16:27)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 28:47)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN B AND RESID 48:70)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN B AND RESID 71:98)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN B AND RESID 99:125)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN B AND RESID 126:143)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN B AND RESID 144:164)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN B AND RESID 165:179)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN B AND RESID 180:195)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN C AND RESID 5:12)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN C AND RESID 13:26)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN C AND RESID 27:39)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN C AND RESID 40:61)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(CHAIN C AND RESID 62:74)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(CHAIN C AND RESID 75:99)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(CHAIN C AND RESID 100:125)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(CHAIN C AND RESID 126:143)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(CHAIN C AND RESID 144:180)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(CHAIN C AND RESID 181:195)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(CHAIN D AND RESID 4:12)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(CHAIN D AND RESID 13:28)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(CHAIN D AND RESID 29:47)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(CHAIN D AND RESID 48:62)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(CHAIN D AND RESID 63:95)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(CHAIN D AND RESID 96:119)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(CHAIN D AND RESID 120:149)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(CHAIN D AND RESID 150:168)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(CHAIN D AND RESID 169:177)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(CHAIN D AND RESID 178:198)

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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