PDB-2xb4: Crystal structures of zinc containing Adenylate kinase from Desul...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xb4

タイトル

Crystal structures of zinc containing Adenylate kinase from Desulfovibrio gigas

要素

ADENYLATE KINASE

キーワード

TRANSFERASE / ATP-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside diphosphate metabolic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

DESULFOVIBRIO GIGAS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Mukhopadhyay, A. / Kladova, A.V. / Gavel, O.Y. / Calvete, J.J. / Shnyrov, V.L. / Moura, I. / Moura, J.J.G. / Bursakov, S.A. / Romao, M.J. / Trincao, J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of the Zinc-, Cobalt-, and Iron-Containing Adenylate Kinase from Desulfovibrio Gigas: A Novel Metal-Containing Adenylate Kinase from Gram-Negative Bacteria.
著者: Mukhopadhyay, A. / Kladova, A.V. / Bursakov, S.A. / Gavel, O.Y. / Calvete, J.J. / Shnyrov, V.L. / Moura, I. / Moura, J.J.G. / Romao, M.J. / Trincao, J.

履歴

登録	2010年4月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月21日	Group: Database references / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xb4.cif.gz	107.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xb4.ent.gz	83.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xb4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xb4_validation.pdf.gz	448.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xb4_full_validation.pdf.gz	452.7 KB	表示
XML形式データ	2xb4_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	2xb4_validation.cif.gz	22.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/2xb4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/2xb4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3l0pC 3l0sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4c5m-d 4mwa-2 4eyu-d 5yec-d 2oqj-2 4mb0-d 1a3q-d 2zgi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ADENYLATE KINASE

ヘテロ分子

24.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ADENYLATE KINASE

ヘテロ分子

A: ADENYLATE KINASE

ヘテロ分子

A: ADENYLATE KINASE

ヘテロ分子

A: ADENYLATE KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
99 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.390, 119.440, 149.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2031- HOH

#1: タンパク質	ADENYLATE KINASE 分子量: 24530.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DESULFOVIBRIO GIGAS (バクテリア) / 参照: UniProt: C7U112, adenylate kinase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.5 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 0.2 M TARTRATE NA/K, 0.1 M MES (PH 6.5) AND 20% PEG 2K OR 8K (THE PROTEIN:WELL SOLUTION RATIO IN THE DROP WAS 1:1, 1:2 OR 1:3 WITH THE FINAL DROP VOLUME OF 4, 6 OR 8 MICRO LITRE)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 1.7266
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.7266 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→23.19 Å / Num. obs: 31474 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.8→23.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 5.375 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21152	1671	5 %	RANDOM
R_work	0.17793	-	-	-
obs	0.17967	31474	99.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.049 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.13 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→23.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1718	0	11	320	2049

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.028	0.022	1767
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.214	1.975	2381
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.814	5	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.751	25.06	83
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.215	15	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.409	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.207	0.2	259
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	1347
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.276	1.5	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.081	2	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.865	3	665
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.289	4.5	619
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.367	105	-
R_work	0.338	2185	-
obs	-	-	95.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1724	-0.2145	1.4777	0.8486	0.7057	2.4963	-0.0834	0.2194	0.1279	-0.1051	0.0196	-0.112	-0.3443	0.1978	0.0638	0.0991	-0.0356	0.0319	0.0547	-0.0086	0.0951	21.023	23.3037	16.9859
2	9.8447	-6.5263	0.1115	9.1505	-1.2546	7.2526	0.629	0.4527	0.1075	-0.6223	-0.4053	-0.046	0.4731	0.0614	-0.2237	0.1225	0.0284	-0.0071	0.0478	-0.0149	0.0224	31.8169	9.8561	23.533
3	0.8041	0.4185	0.5796	4.1693	0.5093	1.0673	0.0374	-0.1652	-0.0216	0.1299	0.0082	0.1193	0.0826	0.0348	-0.0456	0.0541	0.011	-0.0087	0.0743	-0.0131	0.0504	29.9661	5.1335	31.6639
4	2.572	-0.5138	0.6502	3.4029	-1.5895	3.3259	-0.027	0.0233	0.1943	0.1636	-0.0177	-0.3166	-0.1484	0.3898	0.0447	0.0555	-0.0437	0.0126	0.087	-0.0467	0.0816	28.8136	21.2317	25.4687
5	4.5842	2.9672	3.1215	5.6075	3.0231	2.7055	-0.0576	-0.1896	0.0498	0.27	0.0842	-0.1302	-0.164	-0.0163	-0.0266	0.1748	-0.008	0.0103	0.0897	-0.0414	0.0715	20.4258	17.8567	34.6811
6	2.7531	0.1362	0.6247	1.385	0.6975	2.1496	0.0068	-0.0884	0.1196	0.0643	-0.0373	0.1256	-0.1721	-0.1597	0.0304	0.0682	-0.0066	0.0306	0.0389	0.0169	0.0747	10.755	21.4588	20.3372
7	1.9063	0.8082	-1.894	1.1469	-0.2921	4.4963	0.0285	0.2152	0.1375	0.0147	0.0225	0.1156	0.0753	-0.2343	-0.051	0.0254	-0.0037	-0.0051	0.0937	0.0236	0.0693	10.4583	13.2662	-0.6703
8	0.9501	0.5907	-1.2044	1.9802	-1.6847	5.5766	-0.0299	0.194	0.0459	-0.084	0.1103	0.1347	0.4161	-0.2445	-0.0804	0.0388	-0.0158	0.0023	0.0808	-0.0051	0.0418	11.6994	7.7966	-0.6102
9	1.4539	0.7088	0.3565	3.6592	0.894	2.0126	-0.0578	-0.0427	0.1409	0.0093	0.0801	0.1036	-0.0995	-0.116	-0.0222	0.0434	0.0155	0.0451	0.0679	-0.0075	0.0831	9.5786	18.8483	25.6991
10	7.0576	-0.3869	5.7253	17.289	14.1799	40.8067	-0.823	0.8248	0.6887	-1.7867	0.78	-0.2496	-2.7718	0.1337	0.0431	0.4561	-0.2175	0.0304	0.3251	0.1596	0.3001	13.6298	31.1909	11.9383

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	31 - 41
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	42 - 69
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	70 - 85
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	86 - 104
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	105 - 119
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	120 - 147
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	148 - 170
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	171 - 208
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	209 - 223

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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