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Yorodumi- PDB-4mwa: 1.85 Angstrom Crystal Structure of GCPE Protein from Bacillus ant... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4mwa | ||||||
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Title | 1.85 Angstrom Crystal Structure of GCPE Protein from Bacillus anthracis | ||||||
Components | (4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate ...) x 5 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / GCPE protein / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase | ||||||
Function / homology | Function and homology information (E)-4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl-diphosphate synthase (flavodoxin) / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase activity (ferredoxin) / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus anthracis (anthrax bacterium) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Brunzelle, J.S. / Xu, X. / Cui, H. / Maltseva, N. / Bishop, B. / Kwon, K. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. ...Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Brunzelle, J.S. / Xu, X. / Cui, H. / Maltseva, N. / Bishop, B. / Kwon, K. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: 1.85 Angstrom Crystal Structure of GCPE Protein from Bacillus anthracis. Authors: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Brunzelle, J.S. / Xu, X. / Cui, H. / Maltseva, N. / Bishop, B. / Kwon, K. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of ...Authors: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Brunzelle, J.S. / Xu, X. / Cui, H. / Maltseva, N. / Bishop, B. / Kwon, K. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4mwa.cif.gz | 783.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4mwa.ent.gz | 675.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4mwa.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4mwa_validation.pdf.gz | 515.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4mwa_full_validation.pdf.gz | 545.4 KB | Display | |
Data in XML | 4mwa_validation.xml.gz | 85.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4mwa_validation.cif.gz | 122.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/4mwa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/4mwa | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate ... , 5 types, 8 molecules AGBCDFHE
#1: Protein | Mass: 30034.727 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 1-270 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus anthracis (anthrax bacterium) / Strain: Sterne / Gene: BAS4180, BA_4502, GBAA_4502, gcpE, ispG / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)magic / References: UniProt: Q81LV7, EC: 1.17.7.1 #2: Protein | | Mass: 30034.727 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 1-270 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus anthracis (anthrax bacterium) / Strain: Sterne / Gene: BAS4180, BA_4502, GBAA_4502, gcpE, ispG / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)magic / References: UniProt: Q81LV7, EC: 1.17.7.1 #3: Protein | | Mass: 30077.730 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 1-270 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus anthracis (anthrax bacterium) / Strain: Sterne / Gene: BAS4180, BA_4502, GBAA_4502, gcpE, ispG / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)magic / References: UniProt: Q81LV7, EC: 1.17.7.1 #4: Protein | Mass: 29991.727 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 1-270 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus anthracis (anthrax bacterium) / Strain: Sterne / Gene: BAS4180, BA_4502, GBAA_4502, gcpE, ispG / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)magic / References: UniProt: Q81LV7, EC: 1.17.7.1 #5: Protein | | Mass: 30077.727 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 1-270 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus anthracis (anthrax bacterium) / Strain: Sterne / Gene: BAS4180, BA_4502, GBAA_4502, gcpE, ispG / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)magic / References: UniProt: Q81LV7, EC: 1.17.7.1 |
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-Non-polymers , 3 types, 1189 molecules
#6: Chemical | ChemComp-SO4 / #7: Chemical | ChemComp-CL / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | PAPAIN WAS ADDED TO CRYSTALLIZ |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: Protein: 2.7mg/mL, 0.3M Sodium cloride, 0.1M HEPES pH 7.5; Screen: 0.2M Ammonium sulpfate, 0.1M Bis-tris pH 6.5, 25% (v/v) PEG3350 + 1/10 (v/v) papain; Cryo: paratone, VAPOR DIFFUSION, ...Details: Protein: 2.7mg/mL, 0.3M Sodium cloride, 0.1M HEPES pH 7.5; Screen: 0.2M Ammonium sulpfate, 0.1M Bis-tris pH 6.5, 25% (v/v) PEG3350 + 1/10 (v/v) papain; Cryo: paratone, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | |||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 7, 2008 / Details: Beryllium lenses | |||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 1.85→30 Å / Num. all: 192231 / Num. obs: 192231 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 35.1 | |||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / Redundancy: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 9098 / % possible all: 94.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.85→29.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.926 / SU ML: 0.067 Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.019 / ESU R Free: 0.021 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.752 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→29.77 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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