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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rpc
タイトルThe crystal structure of a possible metal-dependent hydrolase from Veillonella parvula DSM 2008
要素possible metal-dependent hydrolase
キーワードHYDROLASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG
機能・相同性Beta-lactamase superfamily domain / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / Lactamase_B domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Veillonella parvula (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Tan, K. / Marshall, N. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a possible metal-dependent hydrolase from Veillonella parvula DSM 2008
著者: Tan, K. / Marshall, N. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2011年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: possible metal-dependent hydrolase
B: possible metal-dependent hydrolase
C: possible metal-dependent hydrolase
D: possible metal-dependent hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,25212
ポリマ－118,7294
非ポリマー5238
水23,4201300
1
A: possible metal-dependent hydrolase
D: possible metal-dependent hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6266
ポリマ－59,3642
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-165 kcal/mol
Surface area20390 Å2
手法PISA
2
B: possible metal-dependent hydrolase
C: possible metal-dependent hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6266
ポリマ－59,3642
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-165 kcal/mol
Surface area20400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.859, 97.104, 123.352
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Experimentally unknown. It is predicted that the molecule is monomeric.

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要素

#1: タンパク質
possible metal-dependent hydrolase


分子量: 29682.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Veillonella parvula (バクテリア)
株: DSM 2008 / 遺伝子: Vpar_0210 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D1BQT4
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.4M Sodium Malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月22日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→30 Å / Num. all: 167436 / Num. obs: 167436 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 33.7
反射 シェル解像度: 1.49→1.52 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.657 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 8180 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARPモデル構築
WARPモデル構築
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.49→30 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.182 8113 5.03 %random
Rwork0.1579 ---
all0.1591 161443 --
obs0.1591 161443 96.01 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.065 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.9415 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.1136 Å20 Å2
3----4.8279 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8152 0 8 1300 9460
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068429
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03911497
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8323107
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041483
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4901-1.5070.29562490.27894401X-RAY DIFFRACTION84
1.507-1.52470.28712100.26284610X-RAY DIFFRACTION87
1.5247-1.54330.25012510.23744647X-RAY DIFFRACTION88
1.5433-1.56290.2662280.22814679X-RAY DIFFRACTION89
1.5629-1.58340.262450.22474776X-RAY DIFFRACTION90
1.5834-1.60510.25792790.20484763X-RAY DIFFRACTION91
1.6051-1.62810.23232320.19684916X-RAY DIFFRACTION93
1.6281-1.65240.22582870.19434921X-RAY DIFFRACTION93
1.6524-1.67820.22332640.18884984X-RAY DIFFRACTION95
1.6782-1.70570.24032870.17935047X-RAY DIFFRACTION95
1.7057-1.73510.2192810.16685018X-RAY DIFFRACTION95
1.7351-1.76670.19212330.16925132X-RAY DIFFRACTION96
1.7667-1.80060.19722570.15595096X-RAY DIFFRACTION97
1.8006-1.83740.1942700.15835191X-RAY DIFFRACTION98
1.8374-1.87730.19012880.15435204X-RAY DIFFRACTION98
1.8773-1.9210.19612970.15555200X-RAY DIFFRACTION99
1.921-1.9690.18982980.15185230X-RAY DIFFRACTION99
1.969-2.02230.18652920.15695253X-RAY DIFFRACTION99
2.0223-2.08180.18123140.15435246X-RAY DIFFRACTION99
2.0818-2.1490.17212950.14865278X-RAY DIFFRACTION100
2.149-2.22580.18352840.14995290X-RAY DIFFRACTION100
2.2258-2.31490.17552820.15035343X-RAY DIFFRACTION100
2.3149-2.42020.17062730.14735322X-RAY DIFFRACTION100
2.4202-2.54780.19232660.15585362X-RAY DIFFRACTION100
2.5478-2.70740.19462930.1665361X-RAY DIFFRACTION100
2.7074-2.91640.17922600.16155346X-RAY DIFFRACTION100
2.9164-3.20970.17412740.15755404X-RAY DIFFRACTION100
3.2097-3.67390.14632840.14815394X-RAY DIFFRACTION100
3.6739-4.62750.14952620.12935420X-RAY DIFFRACTION99
4.6275-39.27720.17672780.15925496X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 38.4737 Å / Origin y: -15.3066 Å / Origin z: 0.0965 Å
111213212223313233
T0.0898 Å20.0003 Å20.0039 Å2-0.1312 Å20.0116 Å2--0.1296 Å2
L0.0798 °20.0018 °20.0881 °2-0.2026 °2-0.068 °2--0.4006 °2
S0.0065 Å °-0.0184 Å °-0.0078 Å °-0.0028 Å °0.0213 Å °-0.0047 Å °-0.0418 Å °-0.027 Å °-0.0131 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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