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- PDB-2zgi: Crystal Structure of Putative 4-amino-4-deoxychorismate lyase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zgi
タイトルCrystal Structure of Putative 4-amino-4-deoxychorismate lyase
要素Putative 4-amino-4-deoxychorismate lyase
キーワードLYASE / TTHA0621 / PLP cofactor / pyridoxal enzyme / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylic acid biosynthetic process / lyase activity
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 ...: / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / 4-amino-4-deoxychorismate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Padmanabhan, B. / Bessho, Y. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Structure of putative 4-amino-4-deoxychorismate lyase from Thermus thermophilus HB8.
著者: Padmanabhan, B. / Bessho, Y. / Ebihara, A. / Antonyuk, S.V. / Ellis, M.J. / Strange, R.W. / Kuramitsu, S. / Watanabe, N. / Hasnain, S.S. / Yokoyama, S.
履歴
登録2008年1月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative 4-amino-4-deoxychorismate lyase
B: Putative 4-amino-4-deoxychorismate lyase
C: Putative 4-amino-4-deoxychorismate lyase
D: Putative 4-amino-4-deoxychorismate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,34217
ポリマ－109,3504
非ポリマー1,99213
水23,7441318
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14650 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area40250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.613, 133.585, 141.984
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Putative 4-amino-4-deoxychorismate lyase


分子量: 27337.592 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: pET11-a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: Q5SKM2, 付加脱離酵素（リアーゼ）

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非ポリマー , 5種, 1331分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.8556.77
2
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.3M Li2SO4, 0.1M Na Hepes, pH 8.0, 25% Gly (cryo), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11201
21202
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンSRS PX10.110.97892, 0.979, 0.92
回転陽極RIGAKU FR-D22.29
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2007年2月16日
RIGAKU RAXIS VII2IMAGE PLATE2007年2月17日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystal monochromater with sagittal focussingMADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978921
20.9791
30.921
42.291
反射解像度: 1.93→50 Å / Num. all: 94785 / Num. obs: 91735 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル解像度: 1.93→2 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.578 / Num. unique all: 6719 / % possible all: 72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0061精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
MOLREP位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.93→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 4.118 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Partial model, obtained from Cr-SAD solution, was used to trace full chain in Se-SAD solution in SOLVE, wARP/ARP.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24927 4573 5 %RANDOM
Rwork0.19327 ---
obs0.19618 86964 96.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.717 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.79 Å20 Å20 Å2
2--0.65 Å20 Å2
3----1.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7670 0 121 1318 9109
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0228050
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5372.03410928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3715996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.52220.144347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.709151299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.78815117
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0226173
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7981.54901
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4427806
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.35433149
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8314.53112
LS精密化 シェル解像度: 1.928→1.978 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 233 -
Rwork0.301 4329 -
obs--66.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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