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- PDB-2xa8: Crystal structure of the Fab domain of omalizumab at 2.41A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xa8
タイトルCrystal structure of the Fab domain of omalizumab at 2.41A
要素
  • OMALIZUMAB HEAVY CHAIN
  • OMALIZUMAB LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / XOLAIR / ALLERGY
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Huang, C.H. / Hung, F.H.A. / Lim, C. / Chang, T.W. / Ma, C.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Structural and Physical Basis for Anti-IgE Therapy.
著者: Wright, J.D. / Chu, H.M. / Huang, C.H. / Ma, C. / Chang, T.W. / Lim, C.
履歴
登録2010年3月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22019年9月18日Group: Data collection / Database references / Experimental preparation
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / exptl_crystal_grow / reflns
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _exptl_crystal_grow.method / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: OMALIZUMAB HEAVY CHAIN
L: OMALIZUMAB LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2202
ポリマ－47,2202
非ポリマー00
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-25.6 kcal/mol
Surface area18630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.600, 73.851, 141.126
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 OMALIZUMAB HEAVY CHAIN


分子量: 23297.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト)
#2: 抗体 OMALIZUMAB LIGHT CHAIN


分子量: 23922.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M NA HEPES PH 7.5, 2% W/V PEG400.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1
検出器タイプ: BRUKER / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→30 Å / Num. obs: 25869 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.41→2.5 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 1.43 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.6.3_473)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VL5

2vl5


解像度: 2.42→36.93 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.9 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 1310 5.1 %
Rwork0.221 --
obs0.223 25778 97.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.55 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.66 Å20 Å20 Å2
2---5.22 Å20 Å2
3----9.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→36.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3325 0 0 72 3397
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063410
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9784638
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9521206
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066516
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008596
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4234-2.52040.46961180.39542435X-RAY DIFFRACTION88
2.5204-2.63510.33931380.32032683X-RAY DIFFRACTION98
2.6351-2.77390.37521400.28192703X-RAY DIFFRACTION99
2.7739-2.94770.30581670.24122720X-RAY DIFFRACTION100
2.9477-3.17510.30411560.22322737X-RAY DIFFRACTION100
3.1751-3.49450.22941540.2052740X-RAY DIFFRACTION99
3.4945-3.99960.27171520.20612747X-RAY DIFFRACTION99
3.9996-5.0370.22361550.17332766X-RAY DIFFRACTION98
5.037-36.92980.23771300.21812937X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 60.5155 Å / Origin y: 40.2083 Å / Origin z: 16.6056 Å
111213212223313233
T0.178 Å2-0.0508 Å20.006 Å2-0.2221 Å2-0.0069 Å2--0.2122 Å2
L0.3008 °2-0.0206 °20.0148 °2-0.9529 °2-0.4878 °2--0.7282 °2
S-0.0369 Å °0.0323 Å °0.0319 Å °-0.1029 Å °0.0778 Å °0.092 Å °0.1388 Å °-0.0777 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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