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- PDB-2x9x: STRUCTURE OF THE PILUS BACKBONE (RRGB) FROM STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x9x
タイトルSTRUCTURE OF THE PILUS BACKBONE (RRGB) FROM STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE
要素CELL WALL SURFACE ANCHOR FAMILY PROTEIN
キーワードCELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / membrane
類似検索 - 分子機能
Gram-positive pilin backbone subunit 3, Cna-B-like domain / Gram-positive pilin backbone subunit 3, Cna-B-like domain / Collagen-binding surface protein Cna, B-type domain / Gram-positive pilin backbone subunit 2, Cna-B-like domain / Gram-positive pilin backbone subunit 2, Cna-B-like domain / Fimbrial isopeptide formation D2 domain / Immunoglobulin-like - #740 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #90 / LPXTG cell wall anchor motif / LPXTG cell wall anchor domain ...Gram-positive pilin backbone subunit 3, Cna-B-like domain / Gram-positive pilin backbone subunit 3, Cna-B-like domain / Collagen-binding surface protein Cna, B-type domain / Gram-positive pilin backbone subunit 2, Cna-B-like domain / Gram-positive pilin backbone subunit 2, Cna-B-like domain / Fimbrial isopeptide formation D2 domain / Immunoglobulin-like - #740 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #90 / LPXTG cell wall anchor motif / LPXTG cell wall anchor domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Cell wall surface anchor family protein / Cell wall surface anchor family protein
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Spraggon, G. / Koesema, E. / Scarselli, M. / Malito, E. / Biagini, M. / Norais, N. / Emolo, C. / Barocchi, M.A. / Giusti, F. / Hilleringmann, M. ...Spraggon, G. / Koesema, E. / Scarselli, M. / Malito, E. / Biagini, M. / Norais, N. / Emolo, C. / Barocchi, M.A. / Giusti, F. / Hilleringmann, M. / Rappuoli, R. / Lesley, S. / Covacci, A. / Masignani, V. / Ferlenghi, I.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Supramolecular Organization of the Repetitive Backbone Unit of the Streptococcus Pneumoniae Pilus.
著者: Spraggon, G. / Koesema, E. / Scarselli, M. / Malito, E. / Biagini, M. / Norais, N. / Emolo, C. / Barocchi, M.A. / Giusti, F. / Hilleringmann, M. / Rappuoli, R. / Lesley, S. / Covacci, A. / ...著者: Spraggon, G. / Koesema, E. / Scarselli, M. / Malito, E. / Biagini, M. / Norais, N. / Emolo, C. / Barocchi, M.A. / Giusti, F. / Hilleringmann, M. / Rappuoli, R. / Lesley, S. / Covacci, A. / Masignani, V. / Ferlenghi, I.
履歴
登録2010年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Data collection / Refinement description ...Data collection / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年6月12日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELL WALL SURFACE ANCHOR FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3023
ポリマ－48,2101
非ポリマー922
水7,692427
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.563, 142.563, 89.408
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 CELL WALL SURFACE ANCHOR FAMILY PROTEIN / RRGB


分子量: 48210.090 Da / 分子数: 1 / 断片: BACKBONE SUBUNIT PILI, RESIDUES 184-627 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ISOPEPTIDE-BOND LINKS N318 AND K193, N428 AND K349, N623 AND K453
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / プラスミド: SPEEDET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97SC2, UniProt: A0A0H2UNM7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 374 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 % / 解説: NONE
結晶化詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.05 POTASSIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, 20% PEG-8000 PH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 85582 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 16.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 35.9
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X9W

2x9w


解像度: 1.5→46.665 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2003 4253 5 %
Rwork0.1679 --
obs0.1696 85061 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.133 Å2 / ksol: 0.379 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1857 Å20 Å20 Å2
2---1.1857 Å20 Å2
3---2.3713 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→46.665 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3227 0 6 427 3660
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043337
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8494568
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.151182
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056542
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003600
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.5170.31481270.25682590X-RAY DIFFRACTION96
1.517-1.53490.33531440.23992615X-RAY DIFFRACTION99
1.5349-1.55360.31421450.21732629X-RAY DIFFRACTION100
1.5536-1.57330.26181270.20732687X-RAY DIFFRACTION99
1.5733-1.5940.26431270.18332641X-RAY DIFFRACTION100
1.594-1.61580.23491450.17692660X-RAY DIFFRACTION100
1.6158-1.63890.25151240.16862667X-RAY DIFFRACTION99
1.6389-1.66340.21741320.16772675X-RAY DIFFRACTION100
1.6634-1.68940.24521540.16342649X-RAY DIFFRACTION100
1.6894-1.71710.21281530.15762685X-RAY DIFFRACTION100
1.7171-1.74670.2351380.15542643X-RAY DIFFRACTION100
1.7467-1.77840.21350.15042689X-RAY DIFFRACTION100
1.7784-1.81260.19841490.14442663X-RAY DIFFRACTION100
1.8126-1.84960.19451330.1342690X-RAY DIFFRACTION100
1.8496-1.88990.2011530.13832675X-RAY DIFFRACTION100
1.8899-1.93380.18521410.13322676X-RAY DIFFRACTION100
1.9338-1.98220.17691260.13122692X-RAY DIFFRACTION100
1.9822-2.03580.1751380.13432708X-RAY DIFFRACTION100
2.0358-2.09570.17831360.1442699X-RAY DIFFRACTION100
2.0957-2.16330.19841310.14082710X-RAY DIFFRACTION100
2.1633-2.24060.18541340.14522714X-RAY DIFFRACTION100
2.2406-2.33040.18441490.14952677X-RAY DIFFRACTION100
2.3304-2.43640.19271380.16352720X-RAY DIFFRACTION100
2.4364-2.56490.21041430.16962701X-RAY DIFFRACTION100
2.5649-2.72550.20671410.17762720X-RAY DIFFRACTION100
2.7255-2.93590.22761710.18772713X-RAY DIFFRACTION100
2.9359-3.23130.20251560.17852740X-RAY DIFFRACTION100
3.2313-3.69870.17181520.14942756X-RAY DIFFRACTION100
3.6987-4.65940.16591540.15212790X-RAY DIFFRACTION100
4.6594-46.68730.1711570.18962934X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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