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- PDB-2x9g: High resolution structure of TbPTR1 in complex with Pemetrexed -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x9g
タイトルHigh resolution structure of TbPTR1 in complex with Pemetrexed
要素PTERIDINE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / SHORT CHAIN DEHYDROGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pteridine reductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Pteridine reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-LYA / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Pteridine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Dawson, A. / Barrack, K.L. / Tulloch, L.B. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: High-Resolution Structures of Trypanosoma Brucei Pteridine Reductase Ligand Complexes Inform on the Placement of New Molecular Entities in the Active Site of a Potential Drug Target
著者: Dawson, A. / Tulloch, L.B. / Barrack, K.L. / Hunter, W.N.
履歴
登録2010年3月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月11日Group: Database references / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年5月22日Group: Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status / refine
Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PTERIDINE REDUCTASE
B: PTERIDINE REDUCTASE
C: PTERIDINE REDUCTASE
D: PTERIDINE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,42113
ポリマ－122,6794
非ポリマー4,7429
水24,7171372
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23990 Å2
ΔGint-141.9 kcal/mol
Surface area31400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.720, 90.570, 82.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
PTERIDINE REDUCTASE / PTR1


分子量: 30669.791 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
プラスミド: PET15B_TBPTR1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O76290, pteridine reductase
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-LYA / 2-{4-[2-(2-AMINO-4-OXO-4,7-DIHYDRO-3H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-5-YL)-ETHYL]-BENZOYLAMINO}-PENTANEDIOIC ACID / LY231514 / ペメトレキセド


分子量: 427.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H21N5O6 / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細HEXA-HIS TAG AND THROMBIN CLEAVAGE SITE RESULT FROM VECTOR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.6 %
解説: NO STRUCTURE SOLUTION STEP WAS NECESSARY, REFINEMENT STARTED FROM A PREVIOUSLY DETERMINED STRUCTURE OF THE SAME ENZYME
結晶化pH: 7.5
詳細: RESERVOIR CONDITIONS: 100 MM SODIUM CITRATE PH 5, 1.8 M SODIUM ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→41.8 Å / Num. obs: 396089 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.1→1.2 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.1→20 Å / Num. parameters: 84183 / Num. restraintsaints: 102361 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1468 17155 5 %RANDOM
obs0.1206 -94.7 %-
all-396089 --
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET
Refine analyzeNum. disordered residues: 138 / Occupancy sum hydrogen: 6987.7 / Occupancy sum non hydrogen: 9153.57
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7462 0 320 1372 9154
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0273
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.078
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.093
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.07
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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