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- PDB-2x7f: Crystal structure of the kinase domain of human Traf2- and Nck- i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x7f
タイトルCrystal structure of the kinase domain of human Traf2- and Nck- interacting Kinase with Wee1Chk1 inhibitor
要素TRAF2 AND NCK-INTERACTING PROTEIN KINASE
キーワードTRANSFERASE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / PHOSPHOPROTEIN / KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


microvillus assembly / regulation of dendrite morphogenesis / regulation of MAPK cascade / postsynaptic density, intracellular component / cytoskeleton organization / neuron projection morphogenesis / protein localization to plasma membrane / positive regulation of JNK cascade / recycling endosome / Wnt signaling pathway ...microvillus assembly / regulation of dendrite morphogenesis / regulation of MAPK cascade / postsynaptic density, intracellular component / cytoskeleton organization / neuron projection morphogenesis / protein localization to plasma membrane / positive regulation of JNK cascade / recycling endosome / Wnt signaling pathway / MAPK cascade / presynapse / positive regulation of protein phosphorylation / actin cytoskeleton organization / protein autophosphorylation / Oxidative Stress Induced Senescence / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / cytoskeleton / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / apical plasma membrane / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...: / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-824 / TRAF2 and NCK-interacting protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Vollmar, M. / Alfano, I. / Shrestha, B. / Bray, J. / Muniz, J.R.C. / Roos, A. / Filippakopoulos, P. / Burgess-Brown, N. / Ugochukwu, E. / Gileadi, O. ...Vollmar, M. / Alfano, I. / Shrestha, B. / Bray, J. / Muniz, J.R.C. / Roos, A. / Filippakopoulos, P. / Burgess-Brown, N. / Ugochukwu, E. / Gileadi, O. / Phillips, C. / Mahajan, P. / Pike, A.C.W. / Fedorov, O. / Chaikuad, A. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Knapp, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Kinase Domain of Human Traf2- and Nck-Interacting Kinase with Wee1Chk1 Inhibitor
著者: Vollmar, M. / Alfano, I. / Shrestha, B. / Bray, J. / Muniz, J.R.C. / Roos, A. / Filippakopoulos, P. / Burgess-Brown, N. / Ugochukwu, E. / Gileadi, O. / Phillips, C. / Mahajan, P. / Pike, A.C. ...著者: Vollmar, M. / Alfano, I. / Shrestha, B. / Bray, J. / Muniz, J.R.C. / Roos, A. / Filippakopoulos, P. / Burgess-Brown, N. / Ugochukwu, E. / Gileadi, O. / Phillips, C. / Mahajan, P. / Pike, A.C.W. / Fedorov, O. / Chaikuad, A. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Knapp, S.
履歴
登録2010年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRAF2 AND NCK-INTERACTING PROTEIN KINASE
B: TRAF2 AND NCK-INTERACTING PROTEIN KINASE
C: TRAF2 AND NCK-INTERACTING PROTEIN KINASE
D: TRAF2 AND NCK-INTERACTING PROTEIN KINASE
E: TRAF2 AND NCK-INTERACTING PROTEIN KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,95915
ポリマ－186,2035
非ポリマー1,75710
水30617
1
A: TRAF2 AND NCK-INTERACTING PROTEIN KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5923
ポリマ－37,2411
非ポリマー3512
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TRAF2 AND NCK-INTERACTING PROTEIN KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5923
ポリマ－37,2411
非ポリマー3512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: TRAF2 AND NCK-INTERACTING PROTEIN KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5923
ポリマ－37,2411
非ポリマー3512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: TRAF2 AND NCK-INTERACTING PROTEIN KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5923
ポリマ－37,2411
非ポリマー3512
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: TRAF2 AND NCK-INTERACTING PROTEIN KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5923
ポリマ－37,2411
非ポリマー3512
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.972, 79.074, 214.159
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
TRAF2 AND NCK-INTERACTING PROTEIN KINASE


分子量: 37240.586 Da / 分子数: 5 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-325 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): MACH1
参照: UniProt: Q9UKE5, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-824 / 9-HYDROXY-4-PHENYLPYRROLO[3,4-C]CARBAZOLE-1,3(2H,6H)-DIONE / 9-HYDROXY-4-PHENYL-6H-PYRROLO[3,4-C]CARBAZOLE-1,3-DIONE / PD-407824


分子量: 328.321 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H12N2O3
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SEQUENCE STARTS WITH A SER AS A RESULT OF VECTOR CONSTRUCTION

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.64 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 150 MM NA-MALONATE (PH 7.0), 25% (W/V) PEG 3350, 5% (V/V) ETHYLENE GLYCOL, 100 MM BIS-TRIS-PROPANE (PH 9.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→45.85 Å / Num. obs: 44037 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 83.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.8.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3COM

3com


解像度: 2.8→44.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9167 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=DRG NA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=9237. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=125. NUMBER ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=DRG NA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=9237. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=125. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=5.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2287 2016 4.6 %RANDOM
Rwork0.2093 ---
obs0.2102 43783 --
原子変位パラメータBiso mean: 94.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.2383 Å20 Å2-1.8457 Å2
2---0.1844 Å20 Å2
3---15.4228 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.449 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→44.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9213 0 130 17 9360
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0099566HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1113102HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2790SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes199HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1525HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9566HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.4
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.94
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1361SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10094SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2143 144 4.55 %
Rwork0.229 3024 -
all0.2283 3168 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0891-1.4612-1.44331.29390.03234.6042-0.02880.063-0.043-0.0216-0.0304-0.12230.00090.08260.05920.01570.23720.1425-0.1340.1468-0.01632.8589-3.517564.3712
22.18870.26170.6290.5514-0.0773.27090.00050.0144-0.02-0.04750.03430.05340.026-0.1241-0.0348-0.01410.13790.04760.04860.0382-0.077618.5275-0.27551.2636
30.94340.32631.72080.1581-1.07812.9495-0.01820.0965-0.0205-0.0805-0.00060.0791-0.017-0.11420.0188-0.00150.1936-0.07070.15220.1561-0.180314.44414.358142.6527
40.60151.4566-0.81215.587-0.97033.99480.06160.0254-0.10390.024-0.0987-0.04130.13430.18520.0371-0.23060.024-0.0131-0.15340.02050.279411.1115-20.6502107.2087
52.95070.1941-0.89224.3848-1.14632.6590.05260.0740.0741-0.03230.03730.1099-0.02730.0107-0.0899-0.23440.01050.0046-0.16650.03310.250911.1961-4.966693.4781
62.5519-1.013-2.68582.6422-0.93043.59610.02610.24010.2853-0.2363-0.03110.141-0.1371-0.0650.005-0.23460.0626-0.0092-0.21380.02460.263710.61261.617587.0708
72.1095-0.2887-0.73721.48960.07681.9784-0.00660.0925-0.0399-0.02150.0971-0.08230.16180.0752-0.0905-0.06760.23690.13550.0730.1452-0.05157.1154-44.980664.6922
82.61570.1225-0.77722.658-3.14111.68840.03720.15480.1062-0.02250.07110.0106-0.0788-0.0227-0.1083-0.05280.19560.1906-0.2010.21210.2172-7.2026-36.425376.2941
90.9546-1.18980.06795.8849-3.33921.42030.05290.0820.13550.17320.09810.1528-0.1175-0.2004-0.1511-0.02850.160.2837-0.26480.13710.2133-13.6082-39.190684.9616
100.0041.3123-0.11650.0008-0.68183.41490.00620.01020.0544-0.0390.0099-0.0705-0.03140.0069-0.01610.1637-0.0312-0.08130.11330.0829-0.2395-1.2447-18.651721.5849
110.5015-0.85710.97630.7349-0.79954.07940.00490.01260.0065-0.003-0.01170.0753-0.02250.02580.00680.13280.1271-0.11230.0660.0785-0.2035-9.4764-27.629834.638
120.48370.92490.57740.3342-1.8654.1628-0.0038-0.0677-0.03210.0179-0.00080.07990.0824-0.05570.00460.10190.1094-0.0580.09960.0814-0.2247-10.5686-35.230443.4187
13-0.08312.70051.48550.0039-0.66745.5508-0.0069-0.02790.0841-0.0201-0.0154-0.07070.0225-0.0080.02230.1541-0.0793-0.14080.10190.0922-0.264425.44121.886621.7479
140.05840.65770.86520.35440.62032.6019-0.00370.0055-0.0455-0.0248-0.0096-0.02730.0142-0.02370.01330.1506-0.1377-0.05810.10020.0138-0.210417.87269.99258.9028
15-0.1383-0.28532.07990.47291.7792.3297-0.00260.019-0.0637-0.05690.0015-0.0220.0156-0.03060.00110.1595-0.1597-0.05310.07090.0698-0.215712.51976.6903-0.5788
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(A:15 - A:109 )
2X-RAY DIFFRACTION2(A:110 - A:198 )
3X-RAY DIFFRACTION3(A:197 - A:311 )
4X-RAY DIFFRACTION4(B:14 - B:109 )
5X-RAY DIFFRACTION5(B:110 - B:207 )
6X-RAY DIFFRACTION6(B:208 - B:311 )
7X-RAY DIFFRACTION7(C:14 - C:109 )
8X-RAY DIFFRACTION8(C:110 - C:191 )
9X-RAY DIFFRACTION9(C:192 - C:311 )
10X-RAY DIFFRACTION10(D:17 - D:109 )
11X-RAY DIFFRACTION11(D:110 - D:196 )
12X-RAY DIFFRACTION12(D:197 - D:306 )
13X-RAY DIFFRACTION13(E:14 - E:109 )
14X-RAY DIFFRACTION14(E:110 - E:196 )
15X-RAY DIFFRACTION15(E:197 - E:309 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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