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- PDB-2x69: X-ray Structure of Macrophage Inflammatory Protein-1 alpha polymer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x69
タイトルX-ray Structure of Macrophage Inflammatory Protein-1 alpha polymer
要素C-C MOTIF CHEMOKINE 3
キーワードIMMUNE SYSTEM / INFLAMMATORY RESPONSE / CYTOKINE / CHEMOTAXIS
機能・相同性
機能・相同性情報


lymphocyte chemotaxis / granulocyte chemotaxis / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of microglial cell migration / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / regulation of behavior / signaling / astrocyte cell migration / CCR5 chemokine receptor binding / eosinophil degranulation ...lymphocyte chemotaxis / granulocyte chemotaxis / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of microglial cell migration / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / regulation of behavior / signaling / astrocyte cell migration / CCR5 chemokine receptor binding / eosinophil degranulation / regulation of sensory perception of pain / negative regulation of bone mineralization / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of microglial cell activation / cell activation / T cell chemotaxis / positive regulation of calcium ion transport / eosinophil chemotaxis / response to cholesterol / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / phospholipase activator activity / macrophage chemotaxis / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / monocyte chemotaxis / negative regulation of osteoclast differentiation / Interleukin-10 signaling / exocytosis / cellular response to interleukin-1 / negative regulation by host of viral transcription / cytoskeleton organization / neutrophil chemotaxis / positive regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of interleukin-1 beta production / calcium-mediated signaling / cellular response to type II interferon / response to toxic substance / positive regulation of inflammatory response / intracellular calcium ion homeostasis / osteoblast differentiation / positive regulation of neuron apoptotic process / chemotaxis / calcium ion transport / positive regulation of tumor necrosis factor production / MAPK cascade / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / cellular response to tumor necrosis factor / kinase activity / regulation of cell shape / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / inflammatory response / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Guo, Q. / Ren, M. / Tang, W.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: Polymerization of Mip-1 Chemokine (Ccl3 and Ccl4) and Clearance of Mip-1 by Insulin-Degrading Enzyme.
著者: Ren, M. / Guo, Q. / Guo, L. / Lenz, M. / Qian, F. / Koenen, R.R. / Xu, H. / Schilling, A.B. / Weber, C. / Ye, R.D. / Dinner, A.R. / Tang, W.
履歴
登録2010年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C MOTIF CHEMOKINE 3
B: C-C MOTIF CHEMOKINE 3
C: C-C MOTIF CHEMOKINE 3
D: C-C MOTIF CHEMOKINE 3
E: C-C MOTIF CHEMOKINE 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9685
ポリマ－38,9685
非ポリマー00
水23413
1
B: C-C MOTIF CHEMOKINE 3
C: C-C MOTIF CHEMOKINE 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5872
ポリマ－15,5872
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-11.7 kcal/mol
Surface area8310 Å2
手法PISA
2
A: C-C MOTIF CHEMOKINE 3

A: C-C MOTIF CHEMOKINE 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5872
ポリマ－15,5872
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-9.9 kcal/mol
Surface area8300 Å2
手法PISA
3
D: C-C MOTIF CHEMOKINE 3
E: C-C MOTIF CHEMOKINE 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5872
ポリマ－15,5872
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-9.5 kcal/mol
Surface area8590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.541, 181.541, 76.845
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質
C-C MOTIF CHEMOKINE 3 / SMALL-INDUCIBLE CYTOKINE A3 / MACROPHAGE INFLAMMATORY PROTEIN 1-ALPHA / TONSILLAR LYMPHOCYTE LD78 ...SMALL-INDUCIBLE CYTOKINE A3 / MACROPHAGE INFLAMMATORY PROTEIN 1-ALPHA / TONSILLAR LYMPHOCYTE LD78 ALPHA PROTEIN / G0/G1 SWITCH REGULATORY PROTEIN 19-1 / SIS- BETA / PAT 464.1 / MIP-1-ALPHA(4-69) / LD78-ALPHA(4-69) / MIP- 1-ALPHA


分子量: 7793.664 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 23-92 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P10147
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.78 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 22235 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 52.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 40.7
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→157.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 9.787 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.312 / ESU R Free: 0.261 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26461 1133 5.1 %RANDOM
Rwork0.2227 ---
obs0.23483 21083 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.689 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20.04 Å2-0 Å2
2--0.08 Å2-0 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→157.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2605 0 0 13 2618
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222675
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0991.9463640
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5365325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.53324.4125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.74315430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.211515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1590.2400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212045
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0441.51660
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.04522705
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.99631015
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1374.5935
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.647→2.716 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 95 -
Rwork0.314 1504 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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