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万見

- PDB-2x62: CRYSTAL STRUCTURE OF THE SIALYLTRANSFERASE CST-II Y81F IN COMPLEX... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x62

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE SIALYLTRANSFERASE CST-II Y81F IN COMPLEX WITH CMP

要素

ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / GTA

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

CAMPYLOBACTER JEJUNI (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Lee, H.J. / Lairson, L.L. / Rich, J.R. / Wakarchuk, W.W. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural and Kinetic Analysis of Substrate Binding to the Sialyltransferase Cst-II from Campylobacter Jejuni.
著者: Lee, H.J. / Lairson, L.L. / Rich, J.R. / Lameignere, E. / Wakarchuk, W.W. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C.J.

履歴

登録	2010年2月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月28日	Group: Database references / Version format compliance
改定 1.2	2011年10月19日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x62.cif.gz	227 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x62.ent.gz	185 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x62.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2x62_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x62_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	2x62_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	2x62_validation.cif.gz	32.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/2x62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/2x62	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2x61C 2x63C 1ro8S 1ro7 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2x61-2 2x61-1 1ro7-d 2x63-1 1ro8-1 2drj-1 5zbm-2 6a4h-1 5zbm-1 1al7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

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集合体

登録構造単位

A: ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE

B: ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

61.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

A: ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

A: ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

A: ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
124 kDa, 4 ポリマー
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2

B: ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

B: ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

B: ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

B: ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
124 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	116.617, 116.617, 46.836
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	75
Space group name H-M	P4

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要素

#1: タンパク質	ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE / ALPHA-2\ / 3/8-SIALYLTRANSFERASE / SIALYLTRANSFERASE CST-II 分子量: 30501.633 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-259 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CAMPYLOBACTER JEJUNI (カンピロバクター) 株: OH4384 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9LAK3, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; その他のグリコシル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CH / N3-PROTONATED CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 324.204 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₃O₈P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ILE 53 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 81 TO PHE ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ILE 53 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 81 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 222 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ILE 53 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 81 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 222 TO GLY

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 100 MM HEPES5, PH 7.5, 8% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 6000, AND 5% (V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月26日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→35 Å / Num. obs: 30500 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17.7
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 87.7

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0066	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RO8

解像度: 2.2→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 12.09 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22787	1547	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17679	-	-	-
obs	0.17939	28950	94.13 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.69 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4236	0	50	191	4477

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	4411
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	3748
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.228	1.96	5949
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.126	3.001	8775
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.911	5	504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.049	24.936	233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.301	15	756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.136	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	612
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4845
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	961
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.529	1.5	2529
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.116	1.5	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.983	2	4073
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.478	3	1882
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.291	4.5	1875
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	96	-
R_work	0.237	1927	-
obs	-	-	86.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5932	0.2253	0.1783	3.5878	-1.234	1.7184	-0.1046	-0.3244	-0.0918	0.3487	0.156	0.4108	-0.1276	-0.1956	-0.0514	0.0482	0.0159	0.0605	0.0952	-0.0035	0.0861	26.0716	47.764	-2.2493
2	1.4818	-1.3318	0.3933	2.99	-0.6381	0.9564	-0.0062	-0.0102	0.0469	0.0639	0.0053	-0.1586	-0.0456	0.076	0.0009	0.0286	-0.0133	0.0018	0.0785	-0.0113	0.0724	45.1231	50.0751	-6.9004
3	2.5393	-0.6671	0.203	1.9764	-0.1535	0.5706	0.0031	0.0637	-0.3515	0.0065	0.015	0.31	0.0828	-0.0241	-0.0181	0.0569	-0.0338	0.0099	0.0439	0.0097	0.0964	34.7702	38.21	-7.5917
4	5.8277	-5.027	3.9013	4.3609	-3.369	2.6201	0.5699	0.2642	0.0992	-0.7456	-0.417	-0.1648	0.5534	0.1545	-0.1529	0.7038	0.0208	0.0499	0.5739	-0.001	0.7395	32.4471	38.4093	-17.7528
5	7.5868	0.6718	2.1016	3.6427	0.3805	5.2046	0.1957	-0.0999	-0.768	0.4202	0.047	0.2009	0.6445	-0.0017	-0.2426	0.1363	-0.0072	0.0241	0.0553	0.0529	0.1962	40.5069	30.6136	2.0735
6	4.2051	-1.6481	-1.8678	0.7905	1.0706	2.7972	0.0545	-0.0399	-0.4501	0.1626	-0.0163	0.2892	0.2369	-0.4056	-0.0382	0.2703	-0.0441	0.184	0.2305	0.161	0.3927	22.8107	32.5299	5.0637
7	7.3326	3.0936	-1.196	4.8531	-2.5853	4.4388	-0.208	0.4682	0.0367	-0.3915	0.1956	0.3433	0.1543	-0.1342	0.0124	0.0993	0.0243	-0.0526	0.0557	-0.0195	0.0606	28.0335	56.9186	-16.0397
8	4.612	-0.7999	0.362	5.6659	0.2417	9.9827	0.0707	-0.2956	0.477	0.209	0.0814	0.0054	0.6919	0.272	-0.1521	0.0563	0.019	0.0089	0.041	0.0232	0.3193	-6.3816	34.8802	-10.6023
9	3.5879	-0.8356	-1.1373	3.2781	0.5022	1.0677	0.0212	-0.0871	0.8259	-0.1406	0.046	-0.1211	-0.0939	0.1192	-0.0672	0.0677	-0.0115	-0.0026	0.0602	0.059	0.3115	2.0482	34.9232	-16.625
10	3.4371	0.4366	-0.8085	1.6899	-0.6886	0.4034	-0.0102	0.2194	0.1618	-0.2403	0.0498	0.0627	0.0816	-0.0413	-0.0395	0.1187	-0.0124	-0.0043	0.1179	0.0719	0.1269	0.7561	17.8657	-19.8913
11	1.9985	0.61	0.3133	3.2031	0.5783	2.1595	-0.0453	0.0415	0.454	-0.1816	0.0358	0.4337	-0.0724	-0.0656	0.0095	0.0298	0.0125	-0.0273	0.0542	0.067	0.2072	-13.7926	22.334	-15.4925
12	2.7895	-0.1543	0.463	0.5945	0.0054	0.1905	0.209	0.8043	0.4127	-0.5843	-0.0547	0.1726	-0.0618	0.0378	-0.1543	0.6343	0.075	-0.0042	0.4298	0.2444	0.5498	-6.3138	35.333	-29.8188
13	1.6818	0.0775	-0.9378	4.2531	-0.3267	1.5417	0.0995	-0.1108	0.5905	0.0431	0.0538	0.6311	-0.1753	0.1137	-0.1533	0.0442	0.016	0.0251	0.0492	0.008	0.3932	-15.4592	36.0962	-9.972
14	3.1702	-1.3023	-1.7678	6.1526	2.1875	4.6397	-0.0487	0.5932	0.4825	-1.1736	-0.0402	-0.1377	-0.1597	0.0759	0.089	0.2731	-0.0031	0.0404	0.2513	0.2444	0.2685	9.2307	28.5216	-29.264

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 79
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	80 - 116
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	117 - 173
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	174 - 190
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	191 - 207
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	208 - 234
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	235 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1 - 12
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	13 - 70
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	71 - 108
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	109 - 151
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	152 - 188
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	189 - 234
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	235 - 259

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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