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万見
- PDB-2x5u: 80 microsecond Laue diffraction snapshot from crystals of a photo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x5u
タイトル80 microsecond Laue diffraction snapshot from crystals of a photosynthetic reaction centre without illumination.
要素
  • (REACTION CENTER PROTEIN ...) x 3
  • PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER CYTOCHROME C SUBUNIT
キーワードPHOTOSYNTHESIS / LIPIDIC-SPONGE PHASE / ELECTRON TRANSPORT / CELL MEMBRANE / METAL-BINDING / TRANSMEMBRANE / FORMYLATION / LIPOPROTEIN / LIPIDS / TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2 / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 ...Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2 / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Multiheme cytochrome c family profile. / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Multiheme cytochrome superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Few Secondary Structures / Irregular / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL B / BACTERIOPHEOPHYTIN B / : / HEME C / MENAQUINONE-7 / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
類似検索 - 構成要素
生物種BLASTOCHLORIS VIRIDIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Wohri, A.B. / Katona, G. / Johansson, L.C. / Fritz, E. / Malmerberg, E. / Andersson, M. / Vincent, J. / Eklund, M. / Cammarata, M. / Wulff, M. ...Wohri, A.B. / Katona, G. / Johansson, L.C. / Fritz, E. / Malmerberg, E. / Andersson, M. / Vincent, J. / Eklund, M. / Cammarata, M. / Wulff, M. / Davidsson, J. / Groenhof, G. / Neutze, R.
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Light-induced structural changes in a photosynthetic reaction center caught by Laue diffraction.
著者: Wohri, A.B. / Katona, G. / Johansson, L.C. / Fritz, E. / Malmerberg, E. / Andersson, M. / Vincent, J. / Eklund, M. / Cammarata, M. / Wulff, M. / Davidsson, J. / Groenhof, G. / Neutze, R.
履歴
登録2010年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月1日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年1月25日Group: Data collection
改定 2.02019年1月23日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct.title / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.12019年5月22日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22019年11月20日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.32023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER CYTOCHROME C SUBUNIT
H: REACTION CENTER PROTEIN H CHAIN
L: REACTION CENTER PROTEIN L CHAIN
M: REACTION CENTER PROTEIN M CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,26316
ポリマ－132,6724
非ポリマー8,59112
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area44190 Å2
ΔGint-357.7 kcal/mol
Surface area42570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.693, 143.470, 177.998
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#1: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER CYTOCHROME C SUBUNIT / CYTOCHROME C558/C559


分子量: 37450.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: DEUTSCHE SAMMLUNG VON MIKROORGANISMEN UND ZELLKULTUREN GMBH (DSMZ)
由来: (天然) BLASTOCHLORIS VIRIDIS (バクテリア) / 参照: UniProt: P07173

-
REACTION CENTER PROTEIN ... , 3種, 3分子 HLM

#2: タンパク質 REACTION CENTER PROTEIN H CHAIN / PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER H SUBUNIT


分子量: 28557.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: DEUTSCHE SAMMLUNG VON MIKROORGANISMEN UND ZELLKULTUREN GMBH (DSMZ)
由来: (天然) BLASTOCHLORIS VIRIDIS (バクテリア) / 参照: UniProt: P06008
#3: タンパク質 REACTION CENTER PROTEIN L CHAIN / PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER L SUBUNIT


分子量: 30600.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: DEUTSCHE SAMMLUNG VON MIKROORGANISMEN UND ZELLKULTUREN GMBH (DSMZ)
由来: (天然) BLASTOCHLORIS VIRIDIS (バクテリア) / 参照: UniProt: P06009
#4: タンパク質 REACTION CENTER PROTEIN M CHAIN / PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER M SUBUNIT


分子量: 36063.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: DEUTSCHE SAMMLUNG VON MIKROORGANISMEN UND ZELLKULTUREN GMBH (DSMZ)
由来: (天然) BLASTOCHLORIS VIRIDIS (バクテリア) / 参照: UniProt: P06010

-
非ポリマー , 5種, 12分子

#5: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#6: 化合物
ChemComp-BCB / BACTERIOCHLOROPHYLL B


分子量: 909.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O6
#7: 化合物 ChemComp-BPB / BACTERIOPHEOPHYTIN B / (7R,7α)-31-オキソ-7-ヒドロ-81-デヒドロ-132(以下略)


分子量: 887.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O6
#8: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#9: 化合物 ChemComp-MQ7 / MENAQUINONE-7 / 2-メチル-3-(3,7,11,15,19,23,27-ヘプタメチル-2,6,10,14,18,22,26-オクタコサ(以下略)


分子量: 648.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H64O2

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: MONOOLEIN WAS MIXED WITH 0.1M HEPES PH 8.1, 0.1% LDAO IN 60:40 (W/W) RATIO. THEN THE CUBIC PHASE WAS MIXED WITH 16% JEFFAMINE M600, 1M HEPES PH 8.1, 0.7M AMMONIUM SULFATE, 2.5% 1,2,3- ...詳細: MONOOLEIN WAS MIXED WITH 0.1M HEPES PH 8.1, 0.1% LDAO IN 60:40 (W/W) RATIO. THEN THE CUBIC PHASE WAS MIXED WITH 16% JEFFAMINE M600, 1M HEPES PH 8.1, 0.7M AMMONIUM SULFATE, 2.5% 1,2,3-HEPTANETRIOL IN 1 TO 4 RATIO AND EQUILIBRATED UNTIL PHASE SEPARATION OCCURED. THE UPPER LIPIDIC-SPONGE PHASE WAS HARVESTED AND 1UL WAS USED AS A PRECIPITANT SOLUTION TOGETHER WITH 1UL OF 25 MG/ML PROTEIN SOLUTION IN A HANGING-DROP, VAPOUR-DIFFUSION EXPERIMENT.

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID09 / 波長: 0.8-1.1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月12日
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.81
21.11
反射解像度: 3→61.8 Å / Num. obs: 40855 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 35.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 3→3.14 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / % possible all: 75.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
Precognitionデータ削減
Epinormデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WJN

2wjn


解像度: 3→48.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.799 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.746 / SU B: 21.167 / SU ML: 0.388 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.45 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28434 2077 5.1 %RANDOM
Rwork0.24995 ---
obs0.25167 38773 91.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.866 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20 Å2
2--3.29 Å20 Å2
3----3.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→48.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9234 0 610 0 9844
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02210205
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.752.04514021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.77451170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.67622.279408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.082151371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7341564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217969
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2271.55828
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.42429367
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.45934377
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7884.54652
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 118 -
Rwork0.306 2360 -
obs--76.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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