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- PDB-2x5i: Crystal structure echovirus 7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x5i
タイトルCrystal structure echovirus 7
要素
  • VP1
  • VP2
  • VP3
  • VP4
キーワードVIRUS / CAPSID PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein ...Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Few Secondary Structures / Irregular / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LAURIC ACID / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN ECHOVIRUS 7 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Plevka, P. / Hafenstein, S. / Zhang, Y. / Bowman, V.D. / Chipman, P.R. / Bator, C.M. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2010
タイトル: Interaction of decay-accelerating factor with echovirus 7.
著者: Pavel Plevka / Susan Hafenstein / Katherine G Harris / Javier O Cifuente / Ying Zhang / Valorie D Bowman / Paul R Chipman / Carol M Bator / Feng Lin / M Edward Medof / Michael G Rossmann /
要旨: Echovirus 7 (EV7) belongs to the Enterovirus genus within the family Picornaviridae. Many picornaviruses use IgG-like receptors that bind in the viral canyon and are required to initiate viral ...Echovirus 7 (EV7) belongs to the Enterovirus genus within the family Picornaviridae. Many picornaviruses use IgG-like receptors that bind in the viral canyon and are required to initiate viral uncoating during infection. However, in addition, some of the enteroviruses use an alternative or additional receptor that binds outside the canyon. Decay-accelerating factor (DAF) has been identified as a cellular receptor for EV7. The crystal structure of EV7 has been determined to 3.1-Å resolution and used to interpret the 7.2-Å-resolution cryo-electron microscopy reconstruction of EV7 complexed with DAF. Each DAF binding site on EV7 is near a 2-fold icosahedral symmetry axis, which differs from the binding site of DAF on the surface of coxsackievirus B3, indicating that there are independent evolutionary processes by which DAF was selected as a picornavirus accessory receptor. This suggests that there is an advantage for these viruses to recognize DAF during the initial process of infection.
履歴
登録2010年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,4135
ポリマ－96,2124
非ポリマー2001
水00
1
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,784,759300
ポリマ－5,772,740240
非ポリマー12,01960
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 482 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)482,06325
ポリマ－481,06220
非ポリマー1,0025
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 578 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)578,47630
ポリマ－577,27424
非ポリマー1,2026
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)297.100, 297.700, 300.600
Angle α, β, γ (deg.)119.00, 100.10, 108.40
Int Tables number1
Space group name H-MP1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
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4generate(0.385527, -0.520453, -0.761904), (-0.520453, -0.804499, 0.286198), (-0.761904, 0.286198, -0.581028)
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31generate(-0.762837, 0.646509, -0.010344), (0.646509, 0.762385, -0.028198), (-0.010344, -0.028198, -0.999549)
32generate(-0.987835, 0.076451, -0.135412), (0.076451, -0.519522, -0.85103), (-0.135412, -0.85103, 0.507358)
33generate(-0.858096, 0.238973, 0.454491), (0.238973, -0.597557, 0.765387), (0.454491, 0.765387, 0.455654)
34generate(-0.622691, -0.126055, 0.772248), (-0.126055, -0.957886, -0.258), (0.772248, -0.258, 0.580577)
35generate(-0.317456, 0.948264, 0.004158), (0.413862, 0.134603, 0.900333), (0.853194, 0.287537, -0.435181)
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37generate(0.37439, 0.925585, 0.055892), (0.925585, -0.376663, 0.03764), (0.055892, 0.03764, -0.997727)
38generate(-0.224468, -0.394611, -0.891008), (0.967086, -0.202642, -0.153887), (-0.11983, -0.896224, 0.42711)
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50generate(0.759079, 0.329854, 0.561245), (-0.650852, 0.366254, 0.665019), (0.013801, -0.870089, 0.492701)
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55generate(-0.852259, -0.522169, 0.031535), (-0.522169, 0.845528, -0.111455), (0.031535, -0.111455, -0.993269)
56generate(-0.37997, 0.524196, 0.76213), (-0.923489, -0.167926, -0.344918), (-0.052823, -0.834877, 0.547896)
57generate(-0.498562, 0.636169, -0.588834), (-0.69549, 0.111904, 0.709768), (0.517425, 0.763392, 0.386658)
58generate(-0.080831, 0.87267, 0.481573), (-0.55645, -0.440361, 0.704589), (0.82694, -0.211018, 0.521192)
59generate(-0.499085, 0.165904, -0.850523), (-0.092666, 0.965656, 0.242738), (0.861584, 0.199962, -0.466571)
60generate(-0.619083, -0.596467, 0.510846), (-0.596467, -0.06601, -0.799919), (0.510846, -0.799919, -0.314907)
詳細THE ASSEMBLY REPRESENTED IN THIS ENTRY HAS REGULAR ICOSAHEDRAL POINT SYMMETRY (SCHOENFLIES SYMBOL = I). THIS IS A MATRIX TO BRING THE MODEL TO STANDARD ORIENTATION (MATRIX IS IN O/USF FORMAT) - AS PROVIDED BY THE DEPOSITOR: ROT_MAT R 12 (3F15.9) 0.8323242 0.3443569 0.4343440 -0.3126505 0.9387187 -0.1451101 -0.4576965 -0.0150192 0.8889817 0.0000000 0.0000000 0.0000000

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要素

#1: タンパク質 VP1


分子量: 33313.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: THE ECHOVIRUS7 (WALLACE) WAS PURCHASED FROM THE AMERICAN TYPE CULTURE COLLECTION.
由来: (天然) HUMAN ECHOVIRUS 7 (ウイルス) / 株: WALLACE / 参照: UniProt: Q6W9E5
#2: タンパク質 VP2


分子量: 29072.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: THE ECHOVIRUS7 (WALLACE) WAS PURCHASED FROM THE AMERICAN TYPE CULTURE COLLECTION.
由来: (天然) HUMAN ECHOVIRUS 7 (ウイルス) / 株: WALLACE / 参照: UniProt: Q6W9E5
#3: タンパク質 VP3


分子量: 26226.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: THE ECHOVIRUS7 (WALLACE) WAS PURCHASED FROM THE AMERICAN TYPE CULTURE COLLECTION.
由来: (天然) HUMAN ECHOVIRUS 7 (ウイルス) / 株: WALLACE / 参照: UniProt: Q6W9E5
#4: タンパク質 VP4


分子量: 7599.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: THE ECHOVIRUS7 (WALLACE) WAS PURCHASED FROM THE AMERICAN TYPE CULTURE COLLECTION.
由来: (天然) HUMAN ECHOVIRUS 7 (ウイルス) / 株: WALLACE / 参照: UniProt: Q6W9E5
#5: 化合物 ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.2 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: HANGING DROP, BOTTOM SOLUTION CONTAINED 0.25% PEG 8000, 0.25% GLYCEROL, 400 MM NACL, 150 MM CACL, 100 MM TRIS PH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→25 Å / Num. obs: 655131 / % possible obs: 45.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 5.95
反射 シェル解像度: 3.1→3.24 Å / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / % possible all: 32.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
GLRF位相決定
CNS位相決定
CNS1.21精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1COV

1cov


解像度: 3.1→25 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: NONE / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: CRYSTALLOGRAPHIC RESIDUAL
Rfactor反射数%反射
Rwork0.2882 --
obs0.2882 655131 46.1 %
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 7.03341 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.32 Å20.22 Å2-0.27 Å2
2--5.54 Å2-12.84 Å2
3---7.78 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.51 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6526 0 14 0 6540
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.68
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.091.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.912
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.72
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.692.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.24 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.3655 57383 -
obs--32.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DAO_XPLOR_PAR.TXTDAO_XPLOR_PAR.TXT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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