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- PDB-2x23: crystal structure of M. tuberculosis InhA inhibited by PT70 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x23
タイトルcrystal structure of M. tuberculosis InhA inhibited by PT70
要素ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS / ANTIBIOTIC RESISTANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NAD(P)H] activity / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process ...enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NAD(P)H] activity / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 5-HEXYL-2-(2-METHYLPHENOXY)PHENOL / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.807 Å
データ登録者Luckner, S.R. / Liu, N. / am Ende, C.W. / Tonge, P.J. / Kisker, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: A Slow, Tight Binding Inhibitor of Inha, the Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase from Mycobacterium Tuberculosis.
著者: Luckner, S.R. / Liu, N. / Am Ende, C.W. / Tonge, P.J. / Kisker, C.
履歴
登録2010年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]
B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]
E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]
G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,08913
ポリマ－114,2194
非ポリマー3,8699
水12,286682
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22040 Å2
ΔGint-146.1 kcal/mol
Surface area33390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.480, 90.270, 89.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.2445, 0.96496, -0.0952), (0.96792, 0.23702, -0.08345), (-0.05796, -0.11255, -0.99195)-9.3546, 4.4115, -36.10949
2given(-0.2445, 0.96496, -0.0952), (0.96792, 0.23702, -0.08345), (-0.05796, -0.11255, -0.99195)-9.3546, 4.4115, -36.10949
3given(0.23787, -0.97121, 0.0127), (-0.97112, -0.23805, -0.01581), (0.01838, -0.00857, -0.99979)-37.7084, -48.44903, -32.31175

-
要素

#1: タンパク質
ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH] / NADH-DEPENDENT ENOYL-ACP REDUCTASE / ENOYL REDUCTASE


分子量: 28554.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS
参照: UniProt: P0A5Y6, UniProt: P9WGR1*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-TCU / 5-HEXYL-2-(2-METHYLPHENOXY)PHENOL / 2-(O-TOLYLOXY)-5-HEXYLPHENOL / 2-(2-メチルフェノキシ)-5-ヘキシルフェノ-ル


分子量: 284.393 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24O2
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 682 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.09 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 12-16% (W/V) PEG 4000, 1% DMSO, 250MM AMMONIUM ACETATE, 100MM ADA PH 6.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年9月5日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→78.57 Å / Num. obs: 112937 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 1.81→1.9 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 77.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.807→78.567 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.589 / SU ML: 0.076 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 5469 5 %RANDOM
Rwork0.1676 ---
obs0.169 108944 96.529 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.641 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.196 Å20 Å20.201 Å2
2---0.171 Å20 Å2
3---0.169 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.807→78.567 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7980 0 264 682 8926
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0228480
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5342.00511555
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.14651092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.41623.918319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.443151342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2731553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.21321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.24278
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.25833
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2676
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8731.55504
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2328514
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.11533465
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2254.53029
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.807→1.854 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 367 -
Rwork0.233 6437 -
obs--82.253 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8672-0.1288-0.06550.83210.06070.65760.01140.02630.103-0.0403-0.0080.0187-0.0794-0.0279-0.0034-0.07380.00450.0016-0.07760.0069-0.0926-25.7390.1462-22.4136
21.1329-0.06120.14411.24570.02340.33230.0023-0.0990.02490.12140.005-0.07760.01130.0452-0.0073-0.0809-0.0074-0.0125-0.062-0.0064-0.0959-0.7907-18.5957-12.4004
30.8239-0.11830.1210.7482-0.0580.56750.00650.0485-0.0677-0.04930.0009-0.01810.06080.0184-0.0074-0.0707-0.0077-0.0037-0.0806-0.0053-0.1091-20.0821-42.9978-20.5345
40.8939-0.0401-0.05061.2775-0.09010.4278-0.0018-0.1377-0.01340.15010.00910.1209-0.0148-0.0838-0.0074-0.0747-0.00120.0252-0.03660.0084-0.0631-44.2702-23.1208-10.3812
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 269
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 269
3X-RAY DIFFRACTION3E2 - 269
4X-RAY DIFFRACTION4G2 - 269

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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