PDB-2x22: crystal structure of M. tuberculosis InhA inhibited by PT70

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x22

タイトル

crystal structure of M. tuberculosis InhA inhibited by PT70

要素

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS / ANTIBIOTIC RESISTANCE

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NAD(P)H] activity / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Luckner, S.R. / Liu, N. / am Ende, C.W. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: A Slow, Tight Binding Inhibitor of Inha, the Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase from Mycobacterium Tuberculosis.
著者: Luckner, S.R. / Liu, N. / Am Ende, C.W. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

履歴

登録	2010年1月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x22.cif.gz	119.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x22.ent.gz	93.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x22.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2x22_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x22_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	2x22_validation.xml.gz	23.7 KB	表示
CIF形式データ	2x22_validation.cif.gz	32.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/2x22 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/2x22	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2x23C 2b37S 1bvr 1eny 1enz 1p44 1p45 1zid 2aqi 2aqk 2b35 2b36 2nv6 4tzk 4tzt 4u0j S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2x23-d 1bvr-3 5oin-d 1bvr-1 4tzt-1 4u0j-1 6sql-1 2ntj-1 4r9r-d 4uvd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

ヘテロ分子

59.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

ヘテロ分子

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
118 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.806, 157.513, 91.229
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.30554, -0.0161, -0.95204), (-0.01045, -0.99985, 0.01355), (-0.95212, 0.00581, -0.30567)
ベクター: 21.2852, -46.11066, 29.90835)

#1: タンパク質	ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH] / NADH-DEPENDENT ENOYL-ACP REDUCTASE / ENOYL REDUCTASE 分子量: 28554.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 株: H37RV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS 参照: UniProt: P0A5Y6, UniProt: P9WGR1*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-TCU / 5-HEXYL-2-(2-METHYLPHENOXY)PHENOL / 2-(O-TOLYLOXY)-5-HEXYLPHENOL 分子量: 284.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₄O₂
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	2-(O-TOLYLOXY)-5-HEXYLPHENOL (TCU): TRICLOSAN DERIVATIVE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.33 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 12-16% (W/V) PEG4000, 1% DMSO, 100MM ADA PH 6.8, 250MM AMMONIUM ACETATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年8月1日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→36.16 Å / Num. obs: 37379 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.41 % / B_iso Wilson estimate: 24.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 2.1→2.12 Å / 冗長度: 2.89 % / R_merge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / % possible all: 89.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
TRUNCATE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2B37

2b37

解像度: 2.1→91.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 7.104 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2164	1869	5 %	RANDOM
R_work	0.17195	-	-	-
obs	0.17416	35508	98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.134 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.94 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.76 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→91.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3990	0	138	143	4271

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	4298
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.465	2.008	5862
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.065	5	559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.971	23.78	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.737	15	691
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.318	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	671
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3211
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	2137
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	2904
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	218
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.218	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.199	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.474	3	2775
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.21	4	4300
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.312	5	1769
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.434	8	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	116	-
R_work	0.199	2290	-
obs	-	-	87.02 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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