+
Open data
-
Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5ugs | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of M. tuberculosis InhA inhibited by PT501 | ||||||
Components | Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / bacterial enoyl-ACP reductase / diphenylether / residence time | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationtrans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / response to antibiotic / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Eltschkner, S. / Pschibul, A. / Spagnuolo, L.A. / Yu, W. / Tonge, P.J. / Kisker, C. | ||||||
| Funding support | Germany, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J. Am. Chem. Soc. / Year: 2017Title: Evaluating the Contribution of Transition-State Destabilization to Changes in the Residence Time of Triazole-Based InhA Inhibitors. Authors: Spagnuolo, L.A. / Eltschkner, S. / Yu, W. / Daryaee, F. / Davoodi, S. / Knudson, S.E. / Allen, E.K. / Merino, J. / Pschibul, A. / Moree, B. / Thivalapill, N. / Truglio, J.J. / Salafsky, J. / ...Authors: Spagnuolo, L.A. / Eltschkner, S. / Yu, W. / Daryaee, F. / Davoodi, S. / Knudson, S.E. / Allen, E.K. / Merino, J. / Pschibul, A. / Moree, B. / Thivalapill, N. / Truglio, J.J. / Salafsky, J. / Slayden, R.A. / Kisker, C. / Tonge, P.J. | ||||||
| History |
|
-
Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
|---|
-
Downloads & links
-
Download
| PDBx/mmCIF format | 5ugs.cif.gz | 607.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5ugs.ent.gz | 506.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5ugs.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5ugs_validation.pdf.gz | 3.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5ugs_full_validation.pdf.gz | 3.8 MB | Display | |
| Data in XML | 5ugs_validation.xml.gz | 63.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 5ugs_validation.cif.gz | 82.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/5ugs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/5ugs | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5mtpC ![]() 5mtqC ![]() 5mtrC ![]() 5ugtC ![]() 5uguC ![]() 2x23S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
| Deposited unit | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 2 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Components on special symmetry positions |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 269 / Label seq-ID: 22 - 289
NCS ensembles :
|
-
Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABEGCD
| #1: Protein | Mass: 30726.131 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis / Gene: inhA, Rv1484, MTCY277.05 / Production host: ![]() References: UniProt: P9WGR1, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 248 molecules 








| #2: Chemical | ChemComp-NAD / #3: Chemical | ChemComp-XT5 / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | ChemComp-NA / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.08 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 / Details: 0.1 M Tris/HCl, pH 8.0; 2.5 M NaCl |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.918409 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 17, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.918409 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.8→46.3 Å / Num. obs: 52514 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 9.1 |
| Reflection shell | Resolution: 2.8→2.89 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.629 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / CC1/2: 0.587 / % possible all: 98.9 |
-
Processing
| Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 2x23 Resolution: 2.8→46.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 33.272 / SU ML: 0.309 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.351 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 38.275 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.8→46.3 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refine LS restraints |
|
Movie
Controller
About Yorodumi





X-RAY DIFFRACTION
Germany, 1items
Citation















PDBj



