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- PDB-2wzk: Structure of the Cul5 N-terminal domain at 2.05A resolution. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wzk
タイトルStructure of the Cul5 N-terminal domain at 2.05A resolution.
要素CULLIN-5
キーワードPROTEIN BINDING / UBL CONJUGATION PATHWAY / HIV / PHOSPHOPROTEIN / ISOPEPTIDE BOND
機能・相同性
機能・相同性情報


radial glia guided migration of Purkinje cell / cerebral cortex radially oriented cell migration / Downregulation of ERBB2 signaling / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / reelin-mediated signaling pathway / regulation of neuron migration / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / SCF ubiquitin ligase complex ...radial glia guided migration of Purkinje cell / cerebral cortex radially oriented cell migration / Downregulation of ERBB2 signaling / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / reelin-mediated signaling pathway / regulation of neuron migration / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin ligase complex scaffold activity / site of DNA damage / regulation of cytosolic calcium ion concentration / protein-macromolecule adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cullin Repeats / 5 helical Cullin repeat like / Cullin protein neddylation domain / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Cullin ...Cullin Repeats / 5 helical Cullin repeat like / Cullin protein neddylation domain / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Muniz, J.R.C. / Ayinampudi, V. / Zhang, Y. / Babon, J.J. / Chaikuad, A. / Krojer, T. / Pike, A.C.W. / Vollmar, M. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. ...Muniz, J.R.C. / Ayinampudi, V. / Zhang, Y. / Babon, J.J. / Chaikuad, A. / Krojer, T. / Pike, A.C.W. / Vollmar, M. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Bullock, A.N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Molecular Architecture of the Ankyrin Socs Box Family of Cul5-Dependent E3 Ubiquitin Ligases
著者: Muniz, J.R.C. / Guo, K. / Kershaw, N.J. / Ayinampudi, V. / von Delft, F. / Babon, J.J. / Bullock, A.N.
履歴
登録2009年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22013年7月3日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Other / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.32013年7月10日Group: Database references
改定 1.42013年8月28日Group: Database references
改定 1.52018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.62024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CULLIN-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8366
ポリマ－45,5261
非ポリマー3105
水6,575365
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.180, 64.500, 197.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CULLIN-5 / CUL-5


分子量: 45525.980 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL, RESIDUES 1-386 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q9D5V5
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 341 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 345 TO ASP

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.96 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20% JEFFAMINE ED 2001 PH 7.0, 0.1M HEPES PH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97960, 0.98000
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
20.981
反射解像度: 2.05→33.69 Å / Num. obs: 25439 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 28.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.8.0精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.05→33.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9402 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9244 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2235 1280 5.07 %RANDOM
Rwork0.1883 ---
obs0.1901 25227 --
原子変位パラメータBiso mean: 35.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5956 Å20 Å20 Å2
2---4.2876 Å20 Å2
3---5.8832 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→33.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2940 0 20 365 3325
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083033HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.944092HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1086SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes88HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes429HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3033HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.09
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.26
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion400SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3905SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.13 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2598 133 4.74 %
Rwork0.2156 2672 -
all0.2177 2805 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0068-1.7271.41520.00980.53860.71770.02330.0490.0515-0.16070.02350.05610.0340.0115-0.0467-0.13890.0904-0.00430.3229-0.061-0.1703-2.521216.0024105.13
20.53080.1082-0.44880.86610.3882.9850.07070.1969-0.0002-0.0487-0.04680.0576-0.3609-0.2952-0.0239-0.13470.0793-0.00250.07820.0014-0.1177-7.380921.4183122.72
30.07960.16621.64771.57551.01111.1981-0.0103-0.0332-0.05570.020.0025-0.0405-0.0280.05090.0079-0.00320.0299-0.06070.17730.02690.0231.995511.3088130.118
41.1396-0.3005-1.53380.96081.72766.37460.219-0.03680.0555-0.0417-0.0983-0.1348-0.26150.3408-0.1207-0.0422-0.02670.02630.00350.0219-0.0825-5.847427.2189144.933
50.8361-0.3865-1.11991.19420.52785.4855-0.085-0.1206-0.1391-0.066-0.09380.0724-0.1238-0.19990.1788-0.0577-0.09940.00720.07680.0058-0.1133-15.846925.2856165.919
60.8647-0.12460.13570.9832-1.95855.03210.1668-0.11860.06730.06740.0073-0.10910.5234-0.2436-0.17410.0401-0.1453-0.02270.12920.0228-0.1358-13.32417.7993174.889
70.01450.0393-0.38181.8205-1.20242.7597-0.1606-0.0530.05570.03280.12180.0829-0.40220.0870.0389-0.1137-0.0612-0.05210.13770.0437-0.1335-17.66064.3703197.421
81.8849-0.0034-2.0762.8009-2.17972.1884-0.2292-0.11990.0079-0.58040.44290.03710.24590.0013-0.2137-0.0839-0.1722-0.07370.09860.0542-0.1251-15.54712.4024193.244
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 12:18)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 19:119)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 120:133)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 134:210)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 211:252)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 253:301)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 302:348)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 349:388)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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