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- PDB-2wxt: Clostridium perfringens alpha-toxin strain NCTC8237 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wxt
タイトルClostridium perfringens alpha-toxin strain NCTC8237
要素PHOSPHOLIPASE C
キーワードHYDROLASE / CYTOLYSIS / HEMOLYSIS / MEMBRANE BINDING / GANGRENE DETERMINANT / C2 DOMAIN / VIRULENCE
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase C / phosphatidylcholine phospholipase C activity / hemolysis in another organism / symbiont-mediated killing of host cell / toxin activity / hydrolase activity / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Zinc-dependent phospholipase C / Phospholipase C/D / Zinc dependent phospholipase C / Prokaryotic zinc-dependent phospholipase C signature. / Prokaryotic zinc-dependent phospholipase C domain profile. / Zinc dependent phospholipase C (alpha toxin) / P1 Nuclease / P1 Nuclease / Phospholipase C/P1 nuclease domain superfamily / PLAT/LH2 domain ...Zinc-dependent phospholipase C / Phospholipase C/D / Zinc dependent phospholipase C / Prokaryotic zinc-dependent phospholipase C signature. / Prokaryotic zinc-dependent phospholipase C domain profile. / Zinc dependent phospholipase C (alpha toxin) / P1 Nuclease / P1 Nuclease / Phospholipase C/P1 nuclease domain superfamily / PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase-1 / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile. / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Phospholipase C
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Justin, N. / Naylor, C.E. / Basak, A.K.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Comparison of a Nontoxic Variant of Clostridium Perfringens [Alpha]-Toxin with the Toxic Wild-Type Strain
著者: Vachieri, S.G. / Clark, G.C. / Alape-Giron, A. / Flores-Diaz, M. / Justin, N. / Naylor, C.E. / Titball, R.W. / Basak, A.K.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structure of the Key Toxin in Gas Gangrene.
著者: Naylor, C.E. / Eaton, J.T. / Howells, A. / Justin, N. / Moss, D.S. / Titball, R.W. / Basak, A.K.
履歴
登録2009年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月10日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOLIPASE C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,62312
ポリマ－42,5781
非ポリマー1,04511
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.180, 174.370, 79.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOLIPASE C / PLC / PHOSPHATIDYLCHOLINE CHOLINEPHOSPHOHYDROLASE / ALPHA-TOXIN / HEMOLYSIN / LECITHINASE


分子量: 42577.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌)
株: NCTC8237 / プラスミド: PKSA3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q0TV31, phospholipase C
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.6 / 詳細: 1 M NA ACETATE, 0.1 M NA-HEPES, PH7.6, 0.05 M CDSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1997年11月25日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SILICON (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→38.35 Å / Num. obs: 25562 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 18.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2→2.13 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CA1

1ca1


解像度: 2→29.062 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 20.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2321 1378 5.4 %
Rwork0.1747 --
obs0.1778 25554 88.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.25 Å2 / ksol: 0.428 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.5508 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.7914 Å2-0 Å2
3----2.7594 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.062 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2900 0 11 243 3154
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142973
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3464021
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4271052
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089411
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006521
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.07150.26351390.21592445X-RAY DIFFRACTION92
2.0715-2.15440.26721370.18772460X-RAY DIFFRACTION91
2.1544-2.25240.22741600.1692403X-RAY DIFFRACTION91
2.2524-2.37110.21321320.16562433X-RAY DIFFRACTION90
2.3711-2.51960.25231430.16392411X-RAY DIFFRACTION90
2.5196-2.7140.24371390.16732434X-RAY DIFFRACTION90
2.714-2.98690.22861220.172427X-RAY DIFFRACTION89
2.9869-3.41850.2371510.16382392X-RAY DIFFRACTION88
3.4185-4.30470.20591130.15512414X-RAY DIFFRACTION87
4.3047-29.06470.22651420.19272357X-RAY DIFFRACTION82
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8452-0.0425-0.22472.2034-0.33751.67260.0480.0232-0.0244-0.088-0.07620.0604-0.1345-0.04910.02880.07440.0485-0.01790.0784-0.01640.093715.933169.049838.1608
21.51180.55270.48681.5271-0.04040.85110.0702-0.19670.14320.0170.01360.0442-0.0035-0.1271-0.06070.0492-0.00240.03530.25080.03290.2303-5.65251.349336.9425
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 1:244
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 245:370

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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