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万見
- PDB-2www: Crystal Structure of Methylmalonic Acidemia Type A Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2www
タイトルCrystal Structure of Methylmalonic Acidemia Type A Protein
要素METHYLMALONIC ACIDURIA TYPE A PROTEIN, MITOCHONDRIAL
キーワードTRANSPORT PROTEIN / NUCLEOTIDE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective MMAA causes MMA, cblA type / Defective MUT causes MMAM / Propionyl-CoA catabolism / cobalamin metabolic process / Cobalamin (Cbl) metabolism / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / mitochondrial matrix / GTPase activity / GTP binding / protein homodimerization activity ...Defective MMAA causes MMA, cblA type / Defective MUT causes MMAM / Propionyl-CoA catabolism / cobalamin metabolic process / Cobalamin (Cbl) metabolism / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / mitochondrial matrix / GTPase activity / GTP binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SIMIBI class G3E GTPase, ArgK/MeaB / Methylmalonyl Co-A mutase-associated GTPase MeaB / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...SIMIBI class G3E GTPase, ArgK/MeaB / Methylmalonyl Co-A mutase-associated GTPase MeaB / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Methylmalonic aciduria type A protein, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Muniz, J.R.C. / Gileadi, C. / Froese, D.S. / Yue, W.W. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Kochan, G. / Sethi, R. / Chaikuad, A. / Pilka, E. ...Muniz, J.R.C. / Gileadi, C. / Froese, D.S. / Yue, W.W. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Kochan, G. / Sethi, R. / Chaikuad, A. / Pilka, E. / Picaud, S. / Phillips, C. / Guo, K. / Krysztofinska, E. / Bray, J. / Burgess-Brown, N. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gravel, R.A. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structures of the Human Gtpase Mmaa and Vitamin B12-Dependent Methylmalonyl-Coa Mutase and Insight Into Their Complex Formation.
著者: Froese, D.S. / Kochan, G. / Muniz, J.R.C. / Wu, X. / Gileadi, C. / Ugochukwu, E. / Krysztofinska, E. / Gravel, R.A. / Oppermann, U. / Yue, W.W.
履歴
登録2009年10月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METHYLMALONIC ACIDURIA TYPE A PROTEIN, MITOCHONDRIAL
B: METHYLMALONIC ACIDURIA TYPE A PROTEIN, MITOCHONDRIAL
C: METHYLMALONIC ACIDURIA TYPE A PROTEIN, MITOCHONDRIAL
D: METHYLMALONIC ACIDURIA TYPE A PROTEIN, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,89211
ポリマ－154,8754
非ポリマー3,0167
水1,56787
1
C: METHYLMALONIC ACIDURIA TYPE A PROTEIN, MITOCHONDRIAL
D: METHYLMALONIC ACIDURIA TYPE A PROTEIN, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,1536
ポリマ－77,4382
非ポリマー1,7154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5760 Å2
ΔGint-46.6 kcal/mol
Surface area28430 Å2
手法PISA
2
A: METHYLMALONIC ACIDURIA TYPE A PROTEIN, MITOCHONDRIAL
B: METHYLMALONIC ACIDURIA TYPE A PROTEIN, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,7395
ポリマ－77,4382
非ポリマー1,3013
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5580 Å2
ΔGint-46.6 kcal/mol
Surface area28200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.430, 149.430, 69.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.991, 0.1322, 0.0217), (0.1306, 0.9895, -0.0622), (-0.0297, -0.0588, -0.9978)
ベクター: 63.8524, 0.729, 183.9624)

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要素

#1: タンパク質
METHYLMALONIC ACIDURIA TYPE A PROTEIN, MITOCHONDRIAL / METHYLMALONIC ACIDEMIA TYPE A


分子量: 38718.867 Da / 分子数: 4 / 断片: GTPASE, RESIDUES 72-418 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: MUSCLE / 器官: LIVER / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q8IVH4
#2: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.75 % / 解説: NONE
結晶化詳細: CUSTOM.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→27.43 Å / Num. obs: 45149 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 82.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.64→2.78 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.64→27.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9438 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9249 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER BUT GDP MOLECULES WERE IDENTIFIED BASED ON ELECTRON DENSITY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2219 2272 5.05 %RANDOM
Rwork0.1819 ---
obs0.184 45022 --
原子変位パラメータBiso mean: 84.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.6144 Å20 Å20 Å2
2---6.6144 Å20 Å2
3---13.2288 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.364 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→27.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8918 0 155 87 9160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0139218HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.3512501HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3068SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes182HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1328HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9058HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.14
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.57
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1256SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9962SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.64→2.71 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2774 150 4.55 %
Rwork0.2162 3146 -
all0.219 3296 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.78740.3415-0.30262.0901-0.57050.4671-0.1856-0.0024-0.06050.27750.3370.2363-0.0795-0.2199-0.1514-0.03330.10430.01630.0630.12970.029729.032577.303101.049
21.7143-0.9302-2.0082.07980.60822.9377-0.50410.0823-0.0456-0.10350.358-0.16551.0240.01960.1460.39370.0182-0.01890.0959-0.0365-0.030846.65176.240276.8144
30.05280.64530.81831.90821.38761.5458-0.23180.1801-0.1764-0.16280.4482-0.2633-0.02370.755-0.2164-0.0439-0.04930.08690.4131-0.04530.024244.5644.477498.4405
41.2372-0.38710.55891.0963-0.32521.585-0.3069-0.253-0.057-0.00070.25390.0414-0.0444-0.16290.0531-0.04250.0750.0281-0.03810.0393-0.111727.45953.049473.5652
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN B)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN C)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN D)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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