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- PDB-2wwj: STRUCTURE OF JMJD2A COMPLEXED WITH INHIBITOR 10A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wwj
タイトルSTRUCTURE OF JMJD2A COMPLEXED WITH INHIBITOR 10A
要素LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A
キーワードOXIDOREDUCTASE / CHROMATIN REGULATOR / DOUBLE-STRANDED BETA HELIX / TRANSCRIPTION / OXYGENASE / HOST-VIRUS INTERACTION / TRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H4K20me2 reader activity / histone H3K36 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin ...[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H4K20me2 reader activity / histone H3K36 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / negative regulation of autophagy / HDMs demethylate histones / fibrillar center / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / regulation of gene expression / chromatin remodeling / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / chromatin / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / JmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Tudor domain / Tudor domain ...: / : / : / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / JmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Tudor domain / Tudor domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / PHD-finger / JmjC domain / JmjC domain profile. / PHD-zinc-finger like domain / jmjN domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / O-benzyl-N-(carboxycarbonyl)-D-tyrosine / Lysine-specific demethylase 4A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Rose, N.R. / Clifton, I.J. / Oppermann, U. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2010
タイトル: Selective inhibitors of the JMJD2 histone demethylases: combined nondenaturing mass spectrometric screening and crystallographic approaches.
著者: Rose, N.R. / Woon, E.C. / Kingham, G.L. / King, O.N. / Mecinovic, J. / Clifton, I.J. / Ng, S.S. / Talib-Hardy, J. / Oppermann, U. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2009年10月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A
B: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,0018
ポリマ－81,0662
非ポリマー9356
水2,594144
1
A: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0014
ポリマ－40,5331
非ポリマー4673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0014
ポリマ－40,5331
非ポリマー4673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.330, 148.970, 57.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.998847, 0.034129, 0.033748), (-0.029647, -0.991664, 0.125396), (0.037746, 0.124251, 0.991533)
ベクター: -67.168, -77.686, -16.896)

-
要素

#1: タンパク質 LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A / JUMONJI DOMAIN CONTAINING PROTEIN 2A / JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE DEMETHYLATION PROTEIN 3A


分子量: 40533.199 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 7-353 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PNIC28BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O75164, [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-Y28 / O-benzyl-N-(carboxycarbonyl)-D-tyrosine / (2R)-2-(carboxycarbonylamino)-3-(4-phenylmethoxyphenyl)propanoic acid / N-(1,2-ジオキソ-2-ヒドロキシエチル)-O-ベンジル-D-チロシン


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 343.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H17NO6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: PROTEIN STOCK 11MG/ML JMJD2A, 10MM HEPES PH7.5, 500MM NACL, 5% GLYCEROL, 0.75MM INHIBITOR 10A. RESERVOIR: 0.1M CITRATE PH5.5, 18.5% PEG3350, 4MM NICL2. 1:1 PROTEIN/RESERVOIR

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9786
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月7日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.75 Å / Num. obs: 27338 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.64 % / Biso Wilson estimate: 47.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 3.37 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0066精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OQ6

2oq6


解像度: 2.6→47.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 21.504 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.726 / ESU R Free: 0.311 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24758 1191 4.4 %RANDOM
Rwork0.17799 ---
obs0.18104 26102 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.58 Å20 Å20 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3---0.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5697 0 54 144 5895
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0225944
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6491.9528036
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.695695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.14323.171287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.48615999
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5241539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2816
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214603
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7461.51504
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48922435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.56131049
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0974.51022
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 73 -
Rwork0.241 1874 -
obs--99.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0158-0.6387-0.13862.05630.84572.80230.03850.3056-0.0432-0.30070.00590.17090.0493-0.1784-0.04430.07090.0052-0.04650.1225-0.0430.1295-42.184-26.463-32.584
20.9907-0.03070.17261.4762-0.96491.79790.04450.34150.0166-0.278-0.0896-0.1140.02660.18460.0450.07850.01760.03850.14110.00930.0971-14.373-23.422-27.792
31.4109-0.3637-0.07861.03820.11870.74670.01720.08190.0477-0.0685-0.02450.0156-0.0348-0.01140.00720.0308-0.0145-0.00870.0561-0.01040.0451-29.324-22.324-21.401
411.564915.9647035.661109.51750.38151.22751.5759-0.970.3229-0.4528-0.3055-0.5784-0.70451.5132-0.23420.42050.91030.4770.7353-24.658-11.245-6.473
511.18522.6074-0.79862.67211.05784.944-0.1903-0.41390.47290.17090.0963-0.0336-0.2243-0.07290.09410.17660.0263-0.01790.101-0.0330.1267-41.326-7.624-12.942
61.3655-0.7946-0.9954.83751.07761.6132-0.0613-0.0826-0.11610.1535-0.01730.21820.1047-0.17590.07870.0225-0.00060.01060.13990.01160.1573-51.383-16.213-13.385
71.44950.2476-0.25710.98970.13391.1263-0.05330.245-0.1589-0.18580.0247-0.01060.1196-0.0840.02850.10430.0013-0.01660.08080.010.0788-42.249-54.504-4.733
83.6289-1.3974-1.36473.24040.9021.80230.1260.27290.0228-0.3665-0.12170.0281-0.0629-0.0881-0.00440.1303-0.0339-0.05960.18480.0240.0614-46.85-52.516-4.158
916.07085.1037-6.868115.7009-1.98828.2728-0.08730.28-1.5236-0.5834-0.0934-0.20421.69910.04270.18060.58450.0652-0.17570.0453-0.04290.2087-27.753-71.4662.746
102.6417-0.34451.13330.91590.19382.42260.0074-0.0896-0.21890.06220.0211-0.04260.23680.0936-0.02840.0566-0.00920.01670.05550.01340.0555-40.096-54.8672.738
118.42582.0761-1.472720.2434-6.414415.30840.152-0.413-0.10660.428-0.2153-0.6147-0.27290.67970.06330.03110.0035-0.02560.0932-0.03140.0453-41.75-46.56922.183
120.97590.03180.18440.9158-0.01241.26940.0055-0.067-0.01490.02690.0108-0.07340.03980.0399-0.01640.0575-0.01370.00310.0750.00510.0875-37.206-50.9065.207
132.71913.9785-0.432110.6033-5.36244.80380.00420.8025-1.1467-1.20130.6552-0.68841.31050.4239-0.65930.89050.0754-0.01320.3985-0.37440.979-43.896-63.54420.312
141.937-0.72381.02342.4082-0.77821.1793-0.0242-0.15-0.04070.1479-0.0437-0.22410.00440.13860.06780.0720.0141-0.00730.1025-0.01060.1388-20.086-62.09212.124
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 53
2X-RAY DIFFRACTION2A54 - 119
3X-RAY DIFFRACTION3A120 - 306
4X-RAY DIFFRACTION4A307 - 311
5X-RAY DIFFRACTION5A312 - 322
6X-RAY DIFFRACTION6A323 - 353
7X-RAY DIFFRACTION7B7 - 109
8X-RAY DIFFRACTION8B110 - 153
9X-RAY DIFFRACTION9B154 - 163
10X-RAY DIFFRACTION10B164 - 220
11X-RAY DIFFRACTION11B221 - 235
12X-RAY DIFFRACTION12B236 - 306
13X-RAY DIFFRACTION13B307 - 311
14X-RAY DIFFRACTION14B312 - 353

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万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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