PDB-2wwj: STRUCTURE OF JMJD2A COMPLEXED WITH INHIBITOR 10A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wwj

タイトル

STRUCTURE OF JMJD2A COMPLEXED WITH INHIBITOR 10A

要素

LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CHROMATIN REGULATOR / DOUBLE-STRANDED BETA HELIX / TRANSCRIPTION / OXYGENASE / HOST-VIRUS INTERACTION / TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Rose, N.R. / Clifton, I.J. / Oppermann, U. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2010
タイトル: Selective inhibitors of the JMJD2 histone demethylases: combined nondenaturing mass spectrometric screening and crystallographic approaches.
著者: Rose, N.R. / Woon, E.C. / Kingham, G.L. / King, O.N. / Mecinovic, J. / Clifton, I.J. / Ng, S.S. / Talib-Hardy, J. / Oppermann, U. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2009年10月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年3月7日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / entity_src_gen Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wwj.cif.gz	160.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wwj.ent.gz	126.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wwj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2wwj_validation.pdf.gz	1017.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wwj_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	2wwj_validation.xml.gz	30.3 KB	表示
CIF形式データ	2wwj_validation.cif.gz	41.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/2wwj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/2wwj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2oq6S 2gf7 2gfa 2gp3 2gp5 2vd7 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6cg2-2 5a7q-2 5a7w-1 5f2s-2 4k6n-d 5fyc-1 6vhw-1 6h4v-3 5kr7-1 2gp5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A

B: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A

ヘテロ分子

82 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.330, 148.970, 57.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.998847, 0.034129, 0.033748), (-0.029647, -0.991664, 0.125396), (0.037746, 0.124251, 0.991533)
ベクター: -67.168, -77.686, -16.896)

#1: タンパク質	LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A / JUMONJI DOMAIN CONTAINING PROTEIN 2A / JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE DEMETHYLATION PROTEIN 3A 分子量: 40533.199 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 7-353 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PNIC28BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: O75164, [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-Y28 / O-benzyl-N-(carboxycarbonyl)-D-tyrosine / (2R)-2-(carboxycarbonylamino)-3-(4-phenylmethoxyphenyl)propanoic acid / N-(1,2-ジオキソ-2-ヒドロキシエチル)-O-ベンジル-D-チロシンタイプ: D-peptide linking / 分子量: 343.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₇NO₆
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: PROTEIN STOCK 11MG/ML JMJD2A, 10MM HEPES PH7.5, 500MM NACL, 5% GLYCEROL, 0.75MM INHIBITOR 10A. RESERVOIR: 0.1M CITRATE PH5.5, 18.5% PEG3350, 4MM NICL2. 1:1 PROTEIN/RESERVOIR

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9786
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月7日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→49.75 Å / Num. obs: 27338 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.64 % / B_iso Wilson estimate: 47.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 3.37 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0066	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OQ6

2oq6

解像度: 2.6→47.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / SU B: 21.504 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.726 / ESU R Free: 0.311 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24758	1191	4.4 %	RANDOM
R_work	0.17799	-	-	-
obs	0.18104	26102	99.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.58 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5697	0	54	144	5895

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	5944
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.649	1.952	8036
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.69	5	695
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.143	23.171	287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.486	15	999
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.524	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	816
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	4603
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.746	1.5	1504
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.489	2	2435
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.561	3	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.097	4.5	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	73	-
R_work	0.241	1874	-
obs	-	-	99.39 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0158	-0.6387	-0.1386	2.0563	0.8457	2.8023	0.0385	0.3056	-0.0432	-0.3007	0.0059	0.1709	0.0493	-0.1784	-0.0443	0.0709	0.0052	-0.0465	0.1225	-0.043	0.1295	-42.184	-26.463	-32.584
2	0.9907	-0.0307	0.1726	1.4762	-0.9649	1.7979	0.0445	0.3415	0.0166	-0.278	-0.0896	-0.114	0.0266	0.1846	0.045	0.0785	0.0176	0.0385	0.1411	0.0093	0.0971	-14.373	-23.422	-27.792
3	1.4109	-0.3637	-0.0786	1.0382	0.1187	0.7467	0.0172	0.0819	0.0477	-0.0685	-0.0245	0.0156	-0.0348	-0.0114	0.0072	0.0308	-0.0145	-0.0087	0.0561	-0.0104	0.0451	-29.324	-22.324	-21.401
4	11.5649	15.9647	0	35.6611	0	9.5175	0.3815	1.2275	1.5759	-0.97	0.3229	-0.4528	-0.3055	-0.5784	-0.7045	1.5132	-0.2342	0.4205	0.9103	0.477	0.7353	-24.658	-11.245	-6.473
5	11.1852	2.6074	-0.7986	2.6721	1.0578	4.944	-0.1903	-0.4139	0.4729	0.1709	0.0963	-0.0336	-0.2243	-0.0729	0.0941	0.1766	0.0263	-0.0179	0.101	-0.033	0.1267	-41.326	-7.624	-12.942
6	1.3655	-0.7946	-0.995	4.8375	1.0776	1.6132	-0.0613	-0.0826	-0.1161	0.1535	-0.0173	0.2182	0.1047	-0.1759	0.0787	0.0225	-0.0006	0.0106	0.1399	0.0116	0.1573	-51.383	-16.213	-13.385
7	1.4495	0.2476	-0.2571	0.9897	0.1339	1.1263	-0.0533	0.245	-0.1589	-0.1858	0.0247	-0.0106	0.1196	-0.084	0.0285	0.1043	0.0013	-0.0166	0.0808	0.01	0.0788	-42.249	-54.504	-4.733
8	3.6289	-1.3974	-1.3647	3.2404	0.902	1.8023	0.126	0.2729	0.0228	-0.3665	-0.1217	0.0281	-0.0629	-0.0881	-0.0044	0.1303	-0.0339	-0.0596	0.1848	0.024	0.0614	-46.85	-52.516	-4.158
9	16.0708	5.1037	-6.8681	15.7009	-1.9882	8.2728	-0.0873	0.28	-1.5236	-0.5834	-0.0934	-0.2042	1.6991	0.0427	0.1806	0.5845	0.0652	-0.1757	0.0453	-0.0429	0.2087	-27.753	-71.466	2.746
10	2.6417	-0.3445	1.1333	0.9159	0.1938	2.4226	0.0074	-0.0896	-0.2189	0.0622	0.0211	-0.0426	0.2368	0.0936	-0.0284	0.0566	-0.0092	0.0167	0.0555	0.0134	0.0555	-40.096	-54.867	2.738
11	8.4258	2.0761	-1.4727	20.2434	-6.4144	15.3084	0.152	-0.413	-0.1066	0.428	-0.2153	-0.6147	-0.2729	0.6797	0.0633	0.0311	0.0035	-0.0256	0.0932	-0.0314	0.0453	-41.75	-46.569	22.183
12	0.9759	0.0318	0.1844	0.9158	-0.0124	1.2694	0.0055	-0.067	-0.0149	0.0269	0.0108	-0.0734	0.0398	0.0399	-0.0164	0.0575	-0.0137	0.0031	0.075	0.0051	0.0875	-37.206	-50.906	5.207
13	2.7191	3.9785	-0.4321	10.6033	-5.3624	4.8038	0.0042	0.8025	-1.1467	-1.2013	0.6552	-0.6884	1.3105	0.4239	-0.6593	0.8905	0.0754	-0.0132	0.3985	-0.3744	0.979	-43.896	-63.544	20.312
14	1.937	-0.7238	1.0234	2.4082	-0.7782	1.1793	-0.0242	-0.15	-0.0407	0.1479	-0.0437	-0.2241	0.0044	0.1386	0.0678	0.072	0.0141	-0.0073	0.1025	-0.0106	0.1388	-20.086	-62.092	12.124

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 53
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	54 - 119
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	120 - 306
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	307 - 311
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	312 - 322
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	323 - 353
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	7 - 109
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	110 - 153
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	154 - 163
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	164 - 220
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	221 - 235
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	236 - 306
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	307 - 311
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	312 - 353

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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