PDB-2wva: Structural insights into the pre-reaction state of pyruvate decar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wva

タイトル

Structural insights into the pre-reaction state of pyruvate decarboxylase from Zymomonas mobilis

要素

PYRUVATE DECARBOXYLASE

キーワード

LYASE / THIAMIN DIPHOSPHATE / FLAVOPROTEIN / METAL-BINDING / ALCOHOL FERMENTATION

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate decarboxylase / aromatic amino acid family catabolic process to alcohol via Ehrlich pathway / pyruvate decarboxylase activity / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

ZYMOMONAS MOBILIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Pei, X.Y. / Erixon, K. / Luisi, B.F. / Leeper, F.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural Insights Into the Pre-Reaction State of Pyruvate Decarboxylase from Zymomonas Mobilis
著者: Pei, X.Y. / Erixon, K. / Luisi, B.F. / Leeper, F.J.

履歴

登録	2009年10月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月19日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wva.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wva.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wva.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/2wva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/2wva	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wvgC 2wvhC 1zpdS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2wvg-d 2wvh-2 3oe1-d 1zpd-d 5tma-1 27 5euj-4 2vbi-2 5euj-2 4zp1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (11) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
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サーチュイン (Sirtuins)
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乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#153 - 2012年9月
ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PYRUVATE DECARBOXYLASE

B: PYRUVATE DECARBOXYLASE

E: PYRUVATE DECARBOXYLASE

F: PYRUVATE DECARBOXYLASE

V: PYRUVATE DECARBOXYLASE

X: PYRUVATE DECARBOXYLASE

Y: PYRUVATE DECARBOXYLASE

Z: PYRUVATE DECARBOXYLASE

ヘテロ分子

492 kDa, 8 ポリマー
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1

V: PYRUVATE DECARBOXYLASE

X: PYRUVATE DECARBOXYLASE

Y: PYRUVATE DECARBOXYLASE

Z: PYRUVATE DECARBOXYLASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
246 kDa, 4 ポリマー
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2

A: PYRUVATE DECARBOXYLASE

B: PYRUVATE DECARBOXYLASE

E: PYRUVATE DECARBOXYLASE

F: PYRUVATE DECARBOXYLASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
246 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.619, 111.585, 167.432
Angle α, β, γ (deg.)	89.82, 90.11, 78.94
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 2:565 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 2:565 )
3	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 2:565 )
4	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 2:565 )
5	1	1	CHAIN X AND (RESSEQ 2:565 )
6	1	1	CHAIN Y AND (RESSEQ 2:565 )
7	1	1	CHAIN V AND (RESSEQ 2:565 )
8	1	1	CHAIN Z AND (RESSEQ 2:565 )

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.9998, 0.01807, -0.008517), (0.01866, 0.6925, -0.7212), (-0.007135, -0.7212, -0.6927)	-0.2284, -0.00322, -0.02674
2	given	(-1, 0.001253, -0.002173), (-0.001261, -1, 0.003988), (-0.002168, 0.003991, 1)	-7.003, 0.8857, 83.73
3	given	(0.9996, -0.02682, -0.01051), (-0.02687, -0.9996, -0.004498), (-0.01038, 0.004779, -0.9999)	-0.01826, -0.01709, 0.0526
4	given	(0.9998, -0.01939, -0.007185), (-0.01865, -0.6954, -0.7184), (0.008936, 0.7184, -0.6956)	5.943, -59.95, -58.58
5	given	(-0.9998, 0.007992, 0.02018), (0.008962, -0.6947, 0.7192), (0.01977, 0.7192, 0.6945)	-0.2668, -0.01691, -0.03341
6	given	(0.9997, -0.007679, 0.02118), (-0.009836, 0.6969, 0.7171), (-0.02027, -0.7171, 0.6967)	8.382, 59.51, 58.59
7	given	(-0.9996, 0.0258, -0.01184), (0.02589, 0.9996, -0.007765), (0.01163, -0.008069, -0.9999)	-7.812, -1.029, -83.54

#1: タンパク質	PYRUVATE DECARBOXYLASE / PDC 分子量: 60990.328 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ZYMOMONAS MOBILIS (バクテリア) / プラスミド: PPL450 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5[ALPHA] / 参照: UniProt: P06672, pyruvate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-TPU / 2-{1-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-5-METHYL-1H-1,2,3-TRIAZOL-4-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / 1-(2-メチル-4-アミノ-5-ピリミジニルメチル)-5-メチル-1H-1,2,3-トリアゾ-ル-4-エタノ-ル二り(以下略) 分子量: 408.244 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₆O₇P₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸分子量: 88.062 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2663 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 67 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: CO-CRYSTALLISATION USING VAPOUR DIFFUSION METHODS. A RESERVIOR CONTAINING POTASSIUM CHLORIDE 0.2 M, PEG3350 17% W/V AND XYLITOL 3 OR 1.5% W/V, PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.951
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.951 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 214702 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 40.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
TRUNCATE		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZPD

1zpd

解像度: 2.2→34.65 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 0.59 / 位相誤差: 28.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.213	21216	5.1 %
R_work	0.194	-	-
obs	0.195	419578	82.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.39 Å² / k_sol: 0.34 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-12.5853 Å²	-10.3775 Å²	-1.5632 Å²
2-	-	22.262 Å²	1.2742 Å²
3-	-	-	-21.2084 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	34136	0	234	2663	37033

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	35128
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.021	47790
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.562	12489
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	5327
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	6221

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	4249	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	4249	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.1
1	3	E	4255	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.148
1	4	F	4255	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.108
1	5	X	4249	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.089
1	6	Y	4255	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.102
1	7	V	4255	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.096
1	8	Z	4249	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.115

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.225	0.4696	315	0.4586	5842	X-RAY DIFFRACTION	36
2.225-2.2512	0.4612	346	0.4326	6337	X-RAY DIFFRACTION	40
2.2512-2.2786	0.4236	358	0.4102	6902	X-RAY DIFFRACTION	42
2.2786-2.3075	0.3694	379	0.3888	7555	X-RAY DIFFRACTION	47
2.3075-2.3378	0.3637	410	0.3671	8204	X-RAY DIFFRACTION	51
2.3378-2.3698	0.3677	497	0.3589	8956	X-RAY DIFFRACTION	56
2.3698-2.4037	0.386	487	0.3434	9730	X-RAY DIFFRACTION	61
2.4037-2.4396	0.3491	511	0.3268	10821	X-RAY DIFFRACTION	66
2.4396-2.4777	0.3347	637	0.3189	11987	X-RAY DIFFRACTION	75
2.4777-2.5183	0.3051	803	0.2918	14548	X-RAY DIFFRACTION	90
2.5183-2.5617	0.301	813	0.2843	15276	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5617-2.6083	0.2849	813	0.2697	15636	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6083-2.6584	0.2969	835	0.2631	15316	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6584-2.7126	0.2638	840	0.2516	15642	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7126-2.7716	0.2703	818	0.2485	15210	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7716-2.836	0.274	864	0.2376	15570	X-RAY DIFFRACTION	96
2.836-2.9069	0.247	886	0.2291	15276	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9069-2.9855	0.2287	808	0.2171	15510	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9855-3.0733	0.2207	874	0.2095	15588	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0733-3.1724	0.2461	793	0.1998	15392	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1724-3.2857	0.2044	825	0.1931	15414	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2857-3.4172	0.1891	871	0.1816	15398	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4172-3.5725	0.2103	824	0.177	15441	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5725-3.7607	0.1721	752	0.1587	15458	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7607-3.996	0.1751	841	0.1532	15415	X-RAY DIFFRACTION	96
3.996-4.304	0.1576	800	0.1335	15406	X-RAY DIFFRACTION	95
4.304-4.7362	0.1432	799	0.1258	15227	X-RAY DIFFRACTION	95
4.7362-5.4192	0.1618	852	0.1427	15200	X-RAY DIFFRACTION	94
5.4192-6.8191	0.158	750	0.1449	14659	X-RAY DIFFRACTION	91
6.8191-34.6585	0.1473	815	0.1395	15446	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2445	0.1208	0.1165	0.0782	0.0582	0.9122	-0.0026	-0.0141	-0.0871	-0.0003	0.0109	-0.0465	-0.1761	-0.1151	-0.0004	0.26	0.0354	-0.0029	0.2593	-0.0006	0.266	8.3044	25.7377	6.2457
2	0.044	0.0369	-0.0533	0.2618	0.2164	0.5558	-0.0177	0.0674	0.0077	-0.1376	-0.0192	-0.0074	-0.1215	-0.3683	0.0345	0.2973	0.0189	-0.0333	0.5669	0.0382	0.2173	-8.1323	13.4691	-23.0277
3	0.2738	0.0372	-0.1366	0.1377	-0.0078	0.7605	-0.0156	0.0049	0.0191	-0.0254	-0.0016	-0.0623	0.2501	-0.1249	0.0122	0.3536	-0.1029	0.0274	0.3035	-0.025	0.2991	7.545	-25.9618	-6.3847
4	0.0897	-0.2451	-0.0396	0.3583	0.1309	0.5575	-0.0239	-0.0448	0.0351	0.0793	0.0281	-0.0449	0.1238	-0.3249	-0.014	0.2493	-0.1048	0.014	0.5343	0.0328	0.2201	-8.2355	-13.3224	23.0882
5	0.2325	0.063	-0.1786	0.119	-0.0762	0.9866	-0.0059	-0.0408	0.0401	-0.0221	0.0101	0.0617	0.2013	0.1133	-0.0006	0.2676	0.0365	-0.0019	0.2537	0.014	0.2729	-15.1306	-25.181	-77.3711
6	0.0748	0.0069	0.011	0.2953	-0.2301	0.521	-0.0226	0.061	0.0019	-0.1457	-0.0196	0.0096	0.1229	0.3844	0.0366	0.2953	0.027	0.0369	0.5476	-0.0246	0.2144	1.3676	-13.0716	-106.6959
7	0.2629	0.1312	0.0761	0.1409	0.092	0.7783	-0.0264	-0.0072	0.0175	-0.0295	0.014	0.0914	-0.2794	0.1199	0.0114	0.3623	-0.0966	-0.01	0.2827	0.0386	0.3068	-14.3562	26.4729	-90.1694
8	0.0954	-0.234	0.0902	0.347	-0.1509	0.5832	-0.0139	-0.0596	-0.0319	0.0617	0.0183	0.0417	-0.1377	0.3288	-0.0127	0.2527	-0.1055	-0.008	0.5057	-0.0215	0.2281	1.3112	14.0268	-60.6679

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN E
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN F
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN X
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN Y
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN V
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN Z

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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