PDB-2wul: CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN GLUTAREDOXIN 5 WITH BOUND GLUTATHI...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wul

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN GLUTAREDOXIN 5 WITH BOUND GLUTATHIONE IN AN FES CLUSTER

要素

GLUTAREDOXIN RELATED PROTEIN 5

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CHROMOSOME 14 OPEN READING FRAME 87 / THIOREDOXIN FAMILY / GLRX5 / PR01238 / FLB4739

機能・相同性

機能・相同性情報

protein maturation by [4Fe-4S] cluster transfer / protein maturation by [2Fe-2S] cluster transfer / Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / iron-sulfur cluster assembly complex / [2Fe-2S] cluster assembly / iron-sulfur cluster assembly / hemopoiesis / cell redox homeostasis / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / intracellular iron ion homeostasis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Roos, A.K. / Johansson, C. / Guo, K. / Yue, W.W. / Pike, A.C.W. / Cooper, C.D.O. / Pilka, E.S. / Kavanagh, K.L. / Chaikuad, A. / von Delft, F. ...

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2011
タイトル: The Crystal Structure of Human Glrx5: Iron Sulphur Cluster Coordination, Tetrameric Assembly and Monomer Activity.
著者: Johansson, C. / Roos, A.K. / Montano, S.J. / Sengupta, R. / Filippakopoulos, P. / Guo, K. / von Delft, F. / Holmgren, A. / Oppermann, U. / Kavanagh, K.L.

履歴

登録	2009年10月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2009年10月20日	ID: 2WEM
改定 1.0	2009年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2011年12月7日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wul.cif.gz	102.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wul.ent.gz	78.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wul.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wul_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wul_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	2wul_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	2wul_validation.cif.gz	25.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/2wul ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/2wul	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2e7pS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6fqj-4 3h06-10 6fqj-2 3h06-12 3b7d-4 6fqj-3 4f1y-d 6fqj-1 1ftl-d 1bmt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#212 - 2017年8月
グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases)
類似性 (1)
#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: GLUTAREDOXIN RELATED PROTEIN 5

B: GLUTAREDOXIN RELATED PROTEIN 5

C: GLUTAREDOXIN RELATED PROTEIN 5

D: GLUTAREDOXIN RELATED PROTEIN 5

ヘテロ分子

53.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.995, 68.995, 229.331
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-2001- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	B
2	2	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LYS	LYS	VAL	VAL	2	A	A	51 - 82	19 - 50
2	1	1	LYS	LYS	VAL	VAL	2	C	C	51 - 82	19 - 50
1	2	1	ALA	ALA	VAL	VAL	2	A	A	86 - 135	54 - 103
2	2	1	ALA	ALA	VAL	VAL	2	C	C	86 - 135	54 - 103
1	3	1	GLU	GLU	LEU	LEU	5	A	A	136 - 148	104 - 116
2	3	1	GLU	GLU	LEU	LEU	5	C	C	136 - 148	104 - 116
1	1	2	LYS	LYS	VAL	VAL	2	B	B	51 - 82	19 - 50
2	1	2	LYS	LYS	VAL	VAL	2	D	D	51 - 82	19 - 50
1	2	2	ALA	ALA	VAL	VAL	2	B	B	86 - 135	54 - 103
2	2	2	ALA	ALA	VAL	VAL	2	D	D	86 - 135	54 - 103
1	3	2	GLU	GLU	LEU	LEU	5	B	B	136 - 148	104 - 116
2	3	2	GLU	GLU	LEU	LEU	5	D	D	136 - 148	104 - 116

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.989, 0.087, -0.117), (0.093, -0.994, 0.053), (-0.112, -0.063, -0.992)	2.75935, -6.3694, 47.68388
2	given	(-0.992, -0.122, -0.021), (-0.121, 0.993, -0.014), (0.023, -0.011, -1)	67.30732, 4.51347, 43.19992
3	given	(-0.991, 0.033, 0.13), (-0.022, -0.996, 0.087), (0.132, 0.084, 0.988)	64.6461, -3.26724, -4.21723

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	GLUTAREDOXIN RELATED PROTEIN 5 分子量: 12865.564 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 35-150 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q86SX6

-
非ポリマー , 5種, 104分子

#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#3: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.8 % 解説: INITIAL PHASES BY SE-SAD ALLOWED AN INITIAL MODEL BASED ON 2E7P TO BE PLACED FOR SUBSEQUENT MR INTO THE HIGHER RESOLUTION DATA
結晶化	pH: 6.5 詳細: 50% PEG300, 0.2 M MGCL2, 0.1 M CACODYLATE PH 6.5, 0.01 M SPERMINE TETRAHYDROCHLORIDE

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.979, 0.9794

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2	0.9794	1

反射

解像度: 2.4→69.05 Å / Num. obs: 22752 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 39.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 9.2

反射シェル

解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.96 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELX		位相決定
SHARP		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 2E7P

2e7p

解像度: 2.4→66.07 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 15.349 / SU ML: 0.184 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.337 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25079	1146	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19966	-	-	-
obs	0.20216	21497	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.087 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→66.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3337	0	99	93	3529

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3491
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.306	1.998	4730
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.424	5	432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.999	25.973	149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.453	15	568
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.35	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	539
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2624
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.753	3	2159
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.834	5	3459
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.346	8	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.369	1	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	328	tight positional	0.1	0.05
1	2	C	328	tight positional	0.1	0.05
2	1	B	328	tight positional	0.14	0.05
2	2	D	328	tight positional	0.14	0.05
1	1	A	349	medium positional	0.24	0.5
1	2	C	349	medium positional	0.24	0.5
2	1	B	365	medium positional	0.39	0.5
2	2	D	365	medium positional	0.39	0.5
1	1	A	42	loose positional	0.45	5
1	2	C	42	loose positional	0.45	5
2	1	B	49	loose positional	0.6	5
2	2	D	49	loose positional	0.6	5
1	1	A	328	tight thermal	1.81	10
1	2	C	328	tight thermal	1.81	10
2	1	B	328	tight thermal	1.61	10
2	2	D	328	tight thermal	1.61	10
1	1	A	349	medium thermal	2.36	20
1	2	C	349	medium thermal	2.36	20
2	1	B	365	medium thermal	1.73	20
2	2	D	365	medium thermal	1.73	20
1	1	A	42	loose thermal	2.77	30
1	2	C	42	loose thermal	2.77	30
2	1	B	49	loose thermal	3.51	30
2	2	D	49	loose thermal	3.51	30

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	74	-
R_work	0.285	1560	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5043	-1.1484	-0.1283	1.4497	-1.7922	5.7445	0.0856	0.0822	-0.0983	-0.0891	0.1102	0.4424	-0.2098	-0.9132	-0.1958	0.1647	0.1405	-0.0325	0.3367	-0.0161	0.2292	19.497	2.0155	9.9385
2	5.3944	-2.0975	0.274	9.1798	-4.0314	2.9753	-0.2149	0.4046	0.9423	-0.7126	0.0016	-0.5296	-0.3407	-0.0619	0.2133	0.5528	0.0498	-0.0638	0.303	0.0772	0.1961	28.9778	12.8494	4.6328
3	4.2432	-0.0683	-0.1655	2.0471	-1.6566	6.4297	-0.0396	0.2365	-0.0492	0.0211	0.0639	0.2864	-0.0135	-0.6756	-0.0243	0.1003	-0.0317	0.013	0.1498	0.0007	0.07	19.334	-8.8458	34.5506
4	3.0307	0.1632	-1.3399	1.407	0.1586	3.7889	-0.1166	0.0365	0.328	0.2224	0.0634	-0.0791	-0.1339	-0.0756	0.0532	0.1365	-0.0082	0.0005	0.1386	-0.0114	0.0815	27.3904	-3.366	37.4004
5	14.6131	6.5468	-5.6953	5.6861	-4.1846	10.0573	0.1381	0.0381	-1.0777	0.4166	0.0554	-0.8294	0.5824	0.7432	-0.1935	0.2441	0.1097	-0.0818	0.1322	-0.0684	0.2957	31.9773	-20.496	41.0165
6	5.8638	0.5641	0.2891	4.1664	1.6354	3.2092	0.0928	-0.3201	0.3658	0.3274	0.158	-0.6127	-0.2048	0.7712	-0.2508	0.205	-0.0671	0.0369	0.2679	-0.0856	0.2117	48.9255	6.6898	32.424
7	3.3726	1.5316	0.2619	3.7647	0.3675	4.3706	0.0975	-0.6217	0.4118	0.6149	0.0242	0.1739	-0.3147	0.1028	-0.1217	0.2327	-0.0641	0.0406	0.2798	-0.081	0.1525	40.0546	7.1741	38.087
8	2.5004	-0.7476	0.1828	2.48	0.4107	4.1937	0.0328	0.0164	0.266	-0.0648	-0.0435	-0.3281	-0.1242	0.5559	0.0107	0.1131	0.0292	0.0036	0.1415	-0.0231	0.0923	48.4601	-6.0167	8.8561
9	2.2361	0.2712	-1.098	6.6939	3.6228	3.3413	-0.0398	0.0177	0.121	-0.2202	0.0731	0.1383	-0.1556	-0.3196	-0.0333	0.083	0.0515	-0.0065	0.1922	0.0304	0.0367	37.6707	-7.2143	6.855
10	10.4277	-6.3255	-6.3723	12.4969	1.8622	15.0509	0.0059	0.1533	-0.7338	-0.0243	-0.2396	1.1078	0.4153	-0.4898	0.2337	0.1477	-0.0536	0.0345	0.1263	-0.0318	0.1142	38.9163	-21.3901	1.8499

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	41 - 116
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	117 - 149
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	41 - 96
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	97 - 128
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	129 - 149
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	40 - 96
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	97 - 148
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	41 - 103
9	X-RAY DIFFRACTION	9	D	104 - 132
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	133 - 149

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 5種, 104分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-非ポリマー , 5種, 104分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 5種, 104分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)