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万見
- PDB-2wtw: Aurora-A Inhibitor Structure (2nd crystal form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wtw
タイトルAurora-A Inhibitor Structure (2nd crystal form)
要素SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 6 AURORA/IPL1-RELATED KINASE 1, BREAST TUMOR-AMPLIFIED KINASE, AURORA-A, AURORA-RELATED KINASE 1, HARK1
キーワードTRANSFERASE / KINASE / CELL CYCLE / PHOSPHOPROTEIN / PROTEIN KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / chromosome passenger complex / positive regulation of oocyte maturation / histone H3S10 kinase activity / mitotic centrosome separation ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / chromosome passenger complex / positive regulation of oocyte maturation / histone H3S10 kinase activity / mitotic centrosome separation / pronucleus / germinal vesicle / meiotic spindle / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / neuron projection extension / spindle organization / centrosome localization / positive regulation of mitochondrial fission / mitotic spindle pole / spindle midzone / SUMOylation of DNA replication proteins / negative regulation of protein binding / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / centriole / liver regeneration / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of mitotic cell cycle / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / molecular function activator activity / regulation of signal transduction by p53 class mediator / AURKA Activation by TPX2 / regulation of cytokinesis / mitotic spindle organization / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / peptidyl-serine phosphorylation / kinetochore / regulation of protein stability / response to wounding / spindle / G2/M transition of mitotic cell cycle / spindle pole / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / mitotic spindle / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / protein autophosphorylation / midbody / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / basolateral plasma membrane / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / microtubule / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / postsynaptic density / ciliary basal body / protein heterodimerization activity / negative regulation of gene expression / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / centrosome / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aurora kinase A / Aurora kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Aurora kinase A / Aurora kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZZL / Aurora kinase A
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.302 Å
データ登録者Kosmopoulou, M. / Bayliss, R.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of an Aurora-A Mutant that Mimics Aurora-B Bound to Mln8054: Insights Into Selectivity and Drug Design.
著者: Dodson, C.A. / Kosmopoulou, M. / Richards, M.W. / Atrash, B. / Bavetsias, V. / Blagg, J. / Bayliss, R.
履歴
登録2009年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 6 AURORA/IPL1-RELATED KINASE 1, BREAST TUMOR-AMPLIFIED KINASE, AURORA-A, AURORA-RELATED KINASE 1, HARK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4702
ポリマ－32,9931
非ポリマー4771
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.038, 84.038, 171.056
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 6 AURORA/IPL1-RELATED KINASE 1, BREAST TUMOR-AMPLIFIED KINASE, AURORA-A, AURORA-RELATED KINASE 1, HARK1


分子量: 32992.816 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 122-403 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET M11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS RPIL
参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-ZZL / 4-{[9-CHLORO-7-(2,6-DIFLUOROPHENYL)-5H-PYRIMIDO[5,4-D][2]BENZAZEPIN-2-YL]AMINO}BENZOIC ACID / MLN-8054


分子量: 476.862 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H15ClF2N4O2
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 215 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 217 TO GLU ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 215 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 217 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 220 TO LYS
配列の詳細L215R, T217E, R220K MUTATIONS TO MIMIC AURORA-B, N- TERMINAL 'GAM' SEQUENCE FROM VECTOR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.56 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1M MES SODIUM SALT PH6.5, 2.0M AMMONIUM SULFATE, 5%(W/V) PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→72.9 Å / Num. obs: 5790 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 14.8 % / Biso Wilson estimate: 76.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DWB

2dwb


解像度: 3.302→66.97 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 24.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2883 265 4.6 %
Rwork0.2339 --
obs0.2363 5738 98.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.397 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 76.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.2733 Å20 Å20 Å2
2---8.2733 Å2-0 Å2
3---16.5465 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.302→66.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2070 0 34 0 2104
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042161
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.822928
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.183792
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054309
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003373
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3023-4.16050.29191310.23092628X-RAY DIFFRACTION98
4.1605-66.98340.28561340.23462845X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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