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万見
- PDB-3k5u: Identification, SAR Studies and X-ray Cocrystal Analysis of a Nov... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k5u
タイトルIdentification, SAR Studies and X-ray Cocrystal Analysis of a Novel Furano-pyrimidine Aurora Kinase A Inhibitor
要素Serine/threonine-protein kinase 6
キーワードTRANSFERASE / Aurora kinase inhibitors / Virtual screening / X-ray co-crystal analysis / Structure-based drug design (SBDD) / H-bonding / ATP-binding site / Cell cycle / Cytoskeleton / Kinase / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / chromosome passenger complex / positive regulation of oocyte maturation / mitotic centrosome separation / pronucleus ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / chromosome passenger complex / positive regulation of oocyte maturation / mitotic centrosome separation / pronucleus / germinal vesicle / meiotic spindle / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / neuron projection extension / spindle organization / centrosome localization / positive regulation of mitochondrial fission / mitotic spindle pole / SUMOylation of DNA replication proteins / spindle midzone / negative regulation of protein binding / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / centriole / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of mitotic cell cycle / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / molecular function activator activity / regulation of cytokinesis / AURKA Activation by TPX2 / regulation of signal transduction by p53 class mediator / mitotic spindle organization / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H3S10 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / histone H3T45 kinase activity / liver regeneration / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / regulation of protein stability / kinetochore / response to wounding / spindle / spindle pole / G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic spindle / peptidyl-serine phosphorylation / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / protein autophosphorylation / midbody / basolateral plasma membrane / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / microtubule / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / postsynaptic density / protein phosphorylation / ciliary basal body / protein heterodimerization activity / negative regulation of gene expression / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aurora kinase A / Aurora kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Aurora kinase A / Aurora kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PFQ / Aurora kinase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Wu, J.S. / Leou, J.S. / Coumar, M.S. / Hsieh, H.P. / Wu, S.Y.
引用
ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2010
タイトル: Identification, SAR studies, and X-ray co-crystallographic analysis of a novel furanopyrimidine aurora kinase A inhibitor
著者: Coumar, M.S. / Tsai, M.T. / Chu, C.Y. / Uang, B.J. / Lin, W.H. / Chang, C.Y. / Chang, T.Y. / Leou, J.S. / Teng, C.H. / Wu, J.S. / Fang, M.Y. / Chen, C.H. / Hsu, J.T. / Wu, S.Y. / Chao, Y.S. / Hsieh, H.P.
#1: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure-based drug design of novel Aurora kinase A inhibitors: structural basis for potency and specificity
著者: Coumar, M.S. / Leou, J.S. / Shukla, P. / Wu, J.S. / Dixit, A.K. / Lin, W.H. / Chang, C.Y. / Lien, T.W. / Tan, U.K. / Chen, C.H. / Hsu, J.T. / Chao, Y.S. / Wu, S.Y. / Hsieh, H.P.
履歴
登録2009年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6902
ポリマ－32,3591
非ポリマー3311
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.313, 82.313, 171.741
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2127-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase 6 / Aurora kinase A / Aurora-A / Serine/threonine kinase 15 / Aurora/IPL1-related kinase 1 / Aurora- ...Aurora kinase A / Aurora-A / Serine/threonine kinase 15 / Aurora/IPL1-related kinase 1 / Aurora-related kinase 1 / hARK1 / Breast tumor-amplified kinase


分子量: 32359.123 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain / 変異: T288D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AURKA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-PFQ / 2-[(5,6-DIPHENYLFURO[2,3-D]PYRIMIDIN-4-YL)AMINO]ETHANOL


分子量: 331.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H17N3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 % / Mosaicity: 0.331 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 22% PEG400, 0.1mM ammonia sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 14897 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Χ2: 1.059 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.444 / Num. unique all: 1435 / Χ2: 1.084 / % possible all: 99.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
SHELX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FDN

3fdn


解像度: 2.35→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2604 740 RANDOM
Rwork0.2298 --
obs0.2422 14897 -
all-14897 -
原子変位パラメータBiso max: 120.57 Å2 / Biso mean: 53.949 Å2 / Biso min: 23.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2130 0 25 213 2368
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.087
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.044
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.301
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.44 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.281 -
obs-1447

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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