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- PDB-2wsv: Galectin domain of porcine adenovirus type 4 NADC-1 isolate fibre... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wsv
タイトルGalectin domain of porcine adenovirus type 4 NADC-1 isolate fibre complexed with lactose
要素PUTATIVE FIBER PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / TANDEM-REPEAT-TYPE / CARBOHYDRATE RECOGNITION DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


galactoside binding / viral capsid / carbohydrate binding / cell adhesion / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能
Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenovirus fibre protein / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. ...Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenovirus fibre protein / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-lactose / NITRATE ION / Galectin domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種PORCINE ADENOVIRUS 4 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Guardado-Calvo, P. / Munoz, E.M. / Llamas-Saiz, A.L. / Fox, G.C. / Glasgow, J.N. / van Raaij, M.J.
引用
ジャーナル: J. Virol. / 年: 2010
タイトル: Crystallographic structure of porcine adenovirus type 4 fiber head and galectin domains.
著者: Guardado-Calvo, P. / Munoz, E.M. / Llamas-Saiz, A.L. / Fox, G.C. / Kahn, R. / Curiel, D.T. / Glasgow, J.N. / van Raaij, M.J.
#1: ジャーナル: Virus Res. / 年: 1995
タイトル: Sequence Analysis of the Fiber Genomic Region of a Porcine Adenovirus Predicts a Novel Fiber Protein.
著者: Kleiboeker, S.B.
#2: ジャーナル: Cancer Biol.Ther. / 年: 2008
タイトル: Characterization of Infectivity of Knob-Modified Adenoviral Vectors in Glioma.
著者: Paul, C.P.L. / Everts, M. / Glasgow, J.N. / Dent, P. / Fisher, P.B. / Ulasov, I.V. / Lesniak, M.S. / Stoff-Khalili, M.A. / Roth, J.C. / Preuss, M.A. / Dirven, C.M.F. / Lamfers, M.L.M. / ...著者: Paul, C.P.L. / Everts, M. / Glasgow, J.N. / Dent, P. / Fisher, P.B. / Ulasov, I.V. / Lesniak, M.S. / Stoff-Khalili, M.A. / Roth, J.C. / Preuss, M.A. / Dirven, C.M.F. / Lamfers, M.L.M. / Siegal, G.P. / Zhu, Z.B. / Curiel, D.T.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2009
タイトル: Crystallization of the head and galectin-like domains of porcine adenovirus isolate NADC-1 fibre.
著者: Guardado-Calvo, P. / Llamas-Saiz, A.L. / Fox, G.C. / Glasgow, J.N. / van Raaij, M.J.
履歴
登録2009年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE FIBER PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7185
ポリマ－37,9091
非ポリマー8094
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.620, 38.780, 70.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.53, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-519-

ARG

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要素

#1: タンパク質 PUTATIVE FIBER PROTEIN


分子量: 37909.156 Da / 分子数: 1 / 断片: GALECTIN DOMAIN, RESIDUES 393-703 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PORCINE ADENOVIRUS 4 (ウイルス) / Variant: NADC-1 ISOLATE / プラスミド: PET28C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83467
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.1 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 10 MM TRIS-HCL PH 8.0, 1 MM EDTA, 28% (W/V) POLY-ETHYLENE GLYCOL 3350, 100 MM SODIUM NITRATE, 5 MM DITHIOTHREITOL, 70 MM LACTOSE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9797
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月26日 / 詳細: TWO CYLINDRICAL VERTICAL FOCUSING PARABOLIC MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111), SI(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 21094 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 23.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0070精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WSU, CHAIN A

2wsu


解像度: 2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 10.059 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22752 1087 5.2 %RANDOM
Rwork0.18252 ---
obs0.18498 20006 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.951 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8 Å20 Å2-2.32 Å2
2---1.41 Å20 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2347 0 54 184 2585
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222491
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021671
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3091.9933412
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7934079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9565302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.01323.704108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.14915379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6841515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02487
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.02375
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.021590
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.021149
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.021316
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.02160
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.260.026
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2180.0229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0850.028
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.07251518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7415595
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9572483
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2657973
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3569929
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.108 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 140 -
Rwork0.244 2873 -
obs--99.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8372.1346-2.785113.4664-8.95829.70210.18910.17780.28280.61570.81461.1558-0.6546-0.6758-1.00370.38270.1221-0.07760.4176-0.04330.3466-6.845-3.04335.817
22.74880.8346-0.14363.07240.13493.1110.07180.1131-0.1571-0.0519-0.011-0.4872-0.00850.4017-0.06070.0741-0.0011-0.03090.0602-0.0020.09890.388-13.18317.826
34.5257-6.19411.93498.6083-1.469112.05040.0459-0.33320.171-0.07160.4209-0.3189-0.1320.0498-0.46670.5661-0.0679-0.24540.33630.11680.2252-0.154-21.78532.988
42.4710.44271.90332.32590.74433.16630.0007-0.14320.14780.002-0.08340.21730.0132-0.22530.08270.0493-0.0043-0.01470.0167-0.00830.0319-23.458-6.72412.946
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A386 - 391
2X-RAY DIFFRACTION2A392 - 525
3X-RAY DIFFRACTION3A526 - 543
4X-RAY DIFFRACTION4A544 - 684

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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