PDB-2wr4: structure of influenza H2 duck Ontario hemagglutinin with human r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wr4

タイトル

structure of influenza H2 duck Ontario hemagglutinin with human receptor

要素

HEMAGGLUTININ

キーワード

VIRAL PROTEIN / GLYCOPROTEIN / ENVELOPE PROTEIN / LIPROPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

sialate O-acetylesterase activity / sialate O-acetylesterase / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

UNIDENTIFIED INFLUENZA VIRUS (インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Liu, J. / Stevens, D.J. / Haire, L.F. / Walker, P.A. / Coombs, P.J. / Russell, R.J. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: From the Cover: Structures of Receptor Complexes Formed by Hemagglutinins from the Asian Influenza Pandemic of 1957.
著者: Liu, J. / Stevens, D.J. / Haire, L.F. / Walker, P.A. / Coombs, P.J. / Russell, R.J. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J.

履歴

登録	2009年8月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2wr4.ent.gz	491.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	2wr4_full_validation.pdf.gz	946 KB	表示
XML形式データ	2wr4_validation.xml.gz	70 KB	表示
CIF形式データ	2wr4_validation.cif.gz	91.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/2wr4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/2wr4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2wr0C 2wr1C 2wr2C 2wr3C 2wr5C 2wr7C 2wrbC 2wrcC 2wrdC 2wreC 2wrfC 2wrgC 2wrhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wr2-d 2wr3-d 6v47-d 2wr0-d 3ubj-1 3ubn-1 3ube-1 6tvb-d 2wrf-2 5tgv-d 5xrs-2 6y5h-d 5xl8-d 4jul-2 4mhj-4 10696 3m6s-1 3ubj-2 3ubn-2 3s12-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (5) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (5)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HEMAGGLUTININ

B: HEMAGGLUTININ

C: HEMAGGLUTININ

ヘテロ分子

173 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.780, 150.020, 195.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

HEMAGGLUTININ

分子量: 57350.535 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成)

UNIDENTIFIED INFLUENZA VIRUS (インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: D0VWP9*PLUS

#2: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 6'-sialyl-N-acetyllactosamine

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 糖鎖要素 / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 6'-sialyl-N-acetyllactosamine

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b6-c2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.78 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 84304 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3.7 / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 62.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.08

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→19.944 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.79 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2549	4245	5 %
R_work	0.2193	-	-
obs	0.2211	84304	94.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 48.673 Å² / k_sol: 0.292 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.7024 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.4831 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.7807 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.944 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11446	0	45	543	12034

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	11783
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.143	15954
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.489	4245
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.103	1734
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2073

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5002-2.5285	0.4775	34	0.3475	848	X-RAY DIFFRACTION	30
2.5285-2.5582	0.3708	93	0.2989	1556	X-RAY DIFFRACTION	56
2.5582-2.5893	0.3409	101	0.3041	2023	X-RAY DIFFRACTION	73
2.5893-2.6221	0.3416	140	0.2982	2464	X-RAY DIFFRACTION	88
2.6221-2.6565	0.3407	156	0.3051	2705	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6565-2.6928	0.3065	145	0.2972	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6928-2.7312	0.3481	142	0.2946	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7312-2.7718	0.3161	149	0.2911	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7718-2.815	0.3269	140	0.2849	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.815-2.861	0.278	132	0.285	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.861-2.9102	0.3011	152	0.2871	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9102-2.963	0.3545	140	0.2962	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.963-3.0198	0.3381	145	0.2829	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0198-3.0812	0.302	172	0.2805	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0812-3.1479	0.3349	148	0.2747	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1479-3.2209	0.3123	130	0.2759	2813	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2209-3.3011	0.331	141	0.2482	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3011-3.3899	0.2714	132	0.253	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3899-3.4892	0.3092	153	0.2503	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4892-3.6011	0.2687	142	0.2242	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6011-3.729	0.2348	158	0.2053	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
3.729-3.8773	0.2274	153	0.1984	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8773-4.0524	0.2311	156	0.1858	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0524-4.2641	0.2326	135	0.1694	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2641-4.5283	0.193	140	0.1528	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5283-4.8732	0.1809	169	0.149	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8732-5.355	0.2178	174	0.1556	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
5.355-6.1103	0.191	145	0.167	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1103-7.6261	0.2383	167	0.1872	2889	X-RAY DIFFRACTION	100
7.6261-19.9449	0.1747	161	0.1838	2993	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7998	-0.3384	0.6915	0.4231	-0.7544	2.3003	-0.019	-0.0605	0.0779	-0.1212	-0.2487	-0.0274	0.3692	0.821	0.2877	0.3086	0.255	0.089	0.6876	0.1957	0.2882	62.967	-2.7125	34.9374
2	1.2309	-0.2075	0.8021	0.2408	-1.0447	2.8687	-0.0398	-0.3004	0.0863	-0.0338	-0.3746	-0.0376	-0.0472	0.5428	0.3127	0.2548	0.0013	-0.0175	0.4946	0.111	0.3079	49.4389	6.4943	48.1707
3	0.4716	-0.3613	0.5832	0.2234	-1.1842	2.1888	-0.03	-0.0967	-0.1789	-0.328	-0.1181	0.1698	0.6665	0.1877	0.161	0.5608	0.2672	0.091	0.2745	0.1602	0.3097	46.5859	-13.5293	42.0469
4	-0.0574	-0.379	0.4886	-0.2645	-0.6075	1.0664	-0.2291	-0.1431	-0.0386	-0.0012	-0.2192	-0.1251	-0.016	1.1181	0.4931	0.3298	0.103	0.0089	0.9781	0.2566	0.4819	63.8999	7.2263	25.6334
5	2.3348	-0.1759	1.1088	1.0902	-1.5363	0.7626	-0.103	-0.7774	0.2007	-0.4103	0.0458	0.2181	-0.2139	-0.4091	0.1314	0.3153	0.1272	-0.0279	0.3276	-0.078	0.1711	36.5323	10.9197	46.4183
6	0.1613	-0.1069	0.9598	-0.6713	0.0999	1.8177	0.2215	0.4274	-0.4806	-0.0547	-0.0105	0.4738	1.6765	0.0725	-0.5263	1.0978	0.3385	-0.1108	0.1029	0.2174	0.5787	41.9826	-18.93	30.0823
7	0.4129	-0.1285	0.1037	0.207	0.051	1.6453	-0.0501	0.1472	0.0717	0.0847	0.0319	0.0362	-0.2099	0.0869	-0.0024	0.407	0.0202	0.043	0.3097	0.0003	0.3494	42.7795	15.607	-12.4696
8	0.6483	-0.833	0.3928	0.45	-1.566	0.7951	-0.1059	-0.0611	0.0734	0.1201	0.1041	0.04	-0.0178	-0.0335	-0.0081	0.3276	0.0566	-0.0651	0.2314	-0.0128	0.5442	16.6338	31.7502	12.656
9	0.7986	-0.6799	0.2446	-1.554	0.1047	1.378	0.0747	0.0543	-0.2694	-0.0446	-0.0108	-0.1235	0.6284	-0.0454	-0.0753	0.5398	-0.107	-0.0451	0.319	-0.086	0.5286	11.8151	-5.5373	0.1037
10	1.8607	1.6152	0.1836	3.5111	0.3837	0.4734	-0.279	0.5794	0.1124	-0.2801	0.3466	0.4006	0.0227	-0.0105	-0.0663	0.3303	-0.0197	-0.0234	0.3989	0.0471	0.2885	28.9949	18.4384	-25.9369
11	0.6685	0.1217	0.5087	0.9887	-0.3166	1.3858	0.0751	-0.0269	0.1807	-0.1437	0.0187	0.0561	-0.0195	-0.1661	-0.0603	0.2788	0.0146	-0.0493	0.2657	0.0507	0.4661	10.4839	37.2572	-4.9261
12	1.4187	-1.3309	0.3849	0.955	-0.0643	1.7751	0.1238	0.1664	-0.1602	-0.097	-0.1198	0.1008	-0.1008	-0.4336	0.081	0.3334	-0.0852	-0.0031	0.4746	-0.1625	0.3767	1.5992	5.4162	-12.3719
13	1.1858	0.1643	0.4092	0.1694	-0.2297	1.501	-0.1504	0.047	-0.1366	-0.0114	-0.039	-0.027	0.003	0.2859	0.1482	0.3419	0.0714	0.0283	0.298	0.0598	0.3479	48.0128	9.8397	1.1158
14	0.9091	-0.39	0.3379	-0.0125	-0.6543	1.0177	-0.0502	-0.1538	0.0583	0.0421	0.0369	-0.0373	-0.2232	-0.0292	0.0306	0.3605	0.0211	-0.0873	0.1475	-0.0019	0.368	26.3627	24.2691	22.4271
15	0.8057	0.0553	0.8878	-0.1987	0.4155	1.6748	0.1445	-0.026	-0.3478	0.0737	-0.0385	0.1134	0.5991	-0.1132	-0.101	0.6	0.0023	0.008	0.3129	0.0651	0.4456	21.6198	-7.2882	12.2883

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND RESID 330:492
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B AND RESID 330:492
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C AND RESID 330:492
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND RESID 5:49
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND RESID 5:49
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN C AND RESID 5:49
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND RESID 50:113
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND RESID 50:113
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN C AND RESID 50:113
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN A AND RESID 114-240
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND RESID 114-240
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN C AND RESID 114-240
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN A AND RESID 241-323
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND RESID 241-323
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN C AND RESID 241-323

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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