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- PDB-2wr2: structure of influenza H2 avian hemagglutinin with avian receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wr2
タイトルstructure of influenza H2 avian hemagglutinin with avian receptor
要素HEMAGGLUTININ
キーワードVIRAL PROTEIN / GLYCOPROTEIN / ENVELOPE PROTEIN / LIPROPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sialate O-acetylesterase activity / sialate O-acetylesterase / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin-esterase-fusion glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種UNIDENTIFIED INFLUENZA VIRUS (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Liu, J. / Stevens, D.J. / Haire, L.F. / Walker, P.A. / Coombs, P.J. / Russell, R.J. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: From the Cover: Structures of Receptor Complexes Formed by Hemagglutinins from the Asian Influenza Pandemic of 1957.
著者: Liu, J. / Stevens, D.J. / Haire, L.F. / Walker, P.A. / Coombs, P.J. / Russell, R.J. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J.
履歴
登録2009年8月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMAGGLUTININ
B: HEMAGGLUTININ
C: HEMAGGLUTININ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,7948
ポリマ－172,7813
非ポリマー2,0135
水9,512528
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16680 Å2
ΔGint-27.67 kcal/mol
Surface area59370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.878, 142.723, 199.661
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HEMAGGLUTININ


分子量: 57593.816 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) UNIDENTIFIED INFLUENZA VIRUS (インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: D0VWP8*PLUS
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a3-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.21 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 78786 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.4→29.936 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2477 3956 5 %
Rwork0.2101 --
obs0.212 78786 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.978 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3435 Å20 Å20 Å2
2--2.0543 Å20 Å2
3---0.2891 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.936 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11605 0 133 528 12266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00612051
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00616307
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5644417
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741778
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042110
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.42930.33641350.28942619X-RAY DIFFRACTION99
2.4293-2.460.35791450.28312614X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.49240.36821430.27722662X-RAY DIFFRACTION100
2.4924-2.52650.33911270.28582651X-RAY DIFFRACTION100
2.5265-2.56260.35941480.26542632X-RAY DIFFRACTION100
2.5626-2.60080.35321300.2712650X-RAY DIFFRACTION100
2.6008-2.64140.32441380.25722639X-RAY DIFFRACTION100
2.6414-2.68470.31310.26042671X-RAY DIFFRACTION100
2.6847-2.7310.33021390.25252615X-RAY DIFFRACTION100
2.731-2.78060.29751420.24632663X-RAY DIFFRACTION100
2.7806-2.8340.32721420.24262625X-RAY DIFFRACTION100
2.834-2.89190.2961350.23492671X-RAY DIFFRACTION100
2.8919-2.95470.30991450.24712635X-RAY DIFFRACTION100
2.9547-3.02330.27611310.24312681X-RAY DIFFRACTION100
3.0233-3.09890.26571390.23422648X-RAY DIFFRACTION100
3.0989-3.18260.28841340.22512686X-RAY DIFFRACTION100
3.1826-3.27610.24161440.21482632X-RAY DIFFRACTION100
3.2761-3.38170.2531340.21192700X-RAY DIFFRACTION100
3.3817-3.50240.29991380.21032680X-RAY DIFFRACTION100
3.5024-3.64240.24411180.19992674X-RAY DIFFRACTION100
3.6424-3.80790.23451640.18812658X-RAY DIFFRACTION100
3.8079-4.00820.21021330.18252687X-RAY DIFFRACTION100
4.0082-4.25870.19771610.17462691X-RAY DIFFRACTION100
4.2587-4.58640.18341240.17352703X-RAY DIFFRACTION100
4.5864-5.0460.23141500.16272717X-RAY DIFFRACTION100
5.046-5.77160.19581570.17652719X-RAY DIFFRACTION100
5.7716-7.25450.2221600.19772758X-RAY DIFFRACTION100
7.2545-29.9380.22521690.21042849X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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