PDB-2wme: Crystallographic structure of betaine aldehyde dehydrogenase from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wme

タイトル

Crystallographic structure of betaine aldehyde dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa

要素

(BETAINE ALDEHYDE ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ALDEHYDE OXIDATION / NAD / NADP COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / glycine betaine biosynthetic process from choline / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Gonzalez-Segura, L. / Rudino-Pinera, E. / Munoz-Clares, R.A. / Horjales, E.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The Crystal Structure of a Ternary Complex of Betaine Aldehyde Dehydrogenase from Pseudomonas Aeruginosa Provides New Insight Into the Reaction Mechanism and Shows a Novel Binding Mode ...
著者: Gonzalez-Segura, L. / Rudino-Pinera, E. / Munoz-Clares, R.A. / Horjales, E.

履歴

登録	2009年6月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2009年8月4日	ID: 2VE5
改定 1.0	2009年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wme.cif.gz	808 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wme.ent.gz	665.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wme.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wme_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wme_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	2wme_validation.xml.gz	168.5 KB	表示
CIF形式データ	2wme_validation.cif.gz	241.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/2wme ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/2wme	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1a4sS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6bpg-1 2xdr-d 2wox-d 4cbb-2 3zqa-d 4cbb-1 5exf-2 3rhj-d 5gtk-d 4nu9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (7)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (7)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (1)

登録構造単位

A: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

B: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

C: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

D: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

E: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

F: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

G: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

H: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

436 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

E: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

F: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

G: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

H: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
218 kDa, 4 ポリマー
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2

A: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

B: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

C: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

D: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
218 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	334.947, 133.011, 101.814
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.94, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-2234- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	E
2	2	F
3	2	G
4	2	H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 2 - 490 / Label seq-ID: 2 - 490

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
3	1	C	C
4	1	D	D
1	2	E	E
2	2	F	F
3	2	G	G
4	2	H	H

NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
BETAINE ALDEHYDE ... , 2種, 8分子 ABDFGHCE

#1: タンパク質	BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE / BADH 分子量: 53390.262 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / プラスミド: PCALBETB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HTJ1, betaine-aldehyde dehydrogenase
#2: タンパク質	BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE / BADH 分子量: 53406.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / プラスミド: PCALBETB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HTJ1, betaine-aldehyde dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 2982分子

#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2932 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.95 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: CRYSTALS WERE GROWN IN 85 MM HEPES, PH 7.5, 8.5 % (V:V) ISOPROPANOL, 17 % PEG 4000 AND 1 MM NADP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月11日詳細: DOUBLE CRYSTAL CHANNEL CUT, SI(111), 1M LONG RH COATED TOROIDAL MIRROR FOR VERTICAL AND HORIZONTAL FOCUSING.
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→47.3 Å / Num. obs: 277775 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 22.83 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 79.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A4S

1a4s

解像度: 2.1→42.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 7.919 / SU ML: 0.124 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21123	12459	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16598	-	-	-
obs	0.16876	233530	95.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.707 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0.01 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29954	0	410	2932	33296

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	31154
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.703	1.973	42284
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.135	5.015	3967
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.553	23.531	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.293	15	5121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.816	15	275
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	4747
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	23647
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	13664
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.294	0.2	20451
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.206	0.2	2500
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.118	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.32	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.193	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.712	1.5	19533
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.207	2	31387
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.344	3	11743
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.66	4.5	10897
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	3632	loose positional	0.24	5
1	2	B	3632	loose positional	0.24	5
1	3	C	3632	loose positional	0.23	5
1	4	D	3632	loose positional	0.22	5
2	1	E	3705	loose positional	0.3	5
2	2	F	3705	loose positional	0.26	5
2	3	G	3705	loose positional	0.24	5
2	4	H	3705	loose positional	0.35	5
1	1	A	3632	loose thermal	1.57	10
1	2	B	3632	loose thermal	1.33	10
1	3	C	3632	loose thermal	1.43	10
1	4	D	3632	loose thermal	1.53	10
2	1	E	3705	loose thermal	2.03	10
2	2	F	3705	loose thermal	1.66	10
2	3	G	3705	loose thermal	2.2	10
2	4	H	3705	loose thermal	3.2	10

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	883	-
R_work	0.191	15910	-
obs	-	-	88.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7786	0.0362	0.0493	0.6144	0.1827	0.9961	-0.008	-0.1201	0.0137	0.1756	-0.0031	0.0778	-0.0236	-0.0858	0.0111	-0.1335	0.0207	0.0101	-0.0985	0.0013	-0.1437	36.9342	-62.2729	-9.721
2	0.9095	0.2198	0.1276	1.1348	-0.1399	0.8232	-0.0178	-0.0524	-0.1159	-0.0405	0.0076	0.0305	0.1897	-0.0467	0.0103	-0.1113	0.0005	-0.0053	-0.1329	0.0113	-0.1332	42.9984	-98.3199	-32.257
3	0.7955	-0.111	-0.1863	0.6991	-0.0887	1.1013	-0.0079	0.1518	-0.0043	-0.2315	0.0153	-0.0761	0.0564	0.0522	-0.0074	-0.0359	-0.018	0.0076	-0.082	0.0056	-0.1664	54.8272	-74.0902	-68.0114
4	0.7132	0.0046	0.0751	0.9627	-0.0455	0.763	-0.0056	0.0676	0.1769	-0.0817	0.0334	-0.0024	-0.2354	-0.0271	-0.0277	-0.072	-0.0085	-0.0073	-0.1061	0.0248	-0.0965	44.5712	-38.0194	-46.6937
5	0.9283	0.1526	-0.0826	1.9247	-0.5089	0.8589	0.0963	-0.0096	-0.0317	0.2471	-0.0879	0.0582	-0.0061	0.0499	-0.0084	-0.0858	-0.0234	0.0326	-0.1167	0.0188	-0.1085	38.7498	-32.1765	16.8942
6	0.6989	0.0822	0.1719	1.5263	0.2353	1.0847	-0.0413	0.0963	-0.0739	-0.2957	0.0088	0.0608	0.0941	0.0155	0.0325	-0.1012	0.0137	0.0184	-0.0868	0.0245	-0.0888	46.2856	-10.4229	-19.5419
7	1.1227	0.2031	0.0812	1.5956	0.0638	0.4977	0.0298	-0.051	0.1734	0.19	-0.0516	0.1072	-0.1065	0.0127	0.0218	-0.1199	0.0024	0.0125	-0.1162	0.0296	-0.0688	47.6016	27.7369	4.2545
8	0.5751	-0.051	-0.0751	0.4524	0.3797	0.6429	-0.0406	-0.2284	0.1337	0.2861	-0.0058	0.1257	-0.0197	-0.0586	0.0464	0.3164	-0.0464	0.1201	0.0433	-0.0175	0.0265	35.9953	6.1995	39.6207
9	0.9582	-0.1812	-0.0193	1.0472	0.2078	1.451	0.0225	-0.1064	-0.0319	0.1591	-0.0179	-0.1235	-0.0231	0.1278	-0.0046	-0.1497	-0.0001	-0.0447	-0.0865	0.0186	-0.1172	66.7435	-69.8622	-7.3323
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24	0.8847	1.1859	-0.1147	2.4927	-0.216	0.8377	0.0461	0.0064	-0.0176	0.2499	-0.0457	-0.0417	0.0513	-0.0354	-0.0003	-0.0781	0.0012	-0.0489	-0.1093	0.0558	-0.1222	57.7197	3.8701	13.5026

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 122
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	145 - 253
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	460 - 462
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 122
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	145 - 253
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	460 - 462
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 122
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	145 - 253
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	460 - 462
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 122
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	145 - 253
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	460 - 462
13	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 122
14	X-RAY DIFFRACTION	5	E	145 - 253
15	X-RAY DIFFRACTION	5	E	460 - 462
16	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 122
17	X-RAY DIFFRACTION	6	F	145 - 253
18	X-RAY DIFFRACTION	6	F	460 - 462
19	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 122
20	X-RAY DIFFRACTION	7	G	145 - 253
21	X-RAY DIFFRACTION	7	G	460 - 462
22	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 122
23	X-RAY DIFFRACTION	8	H	145 - 253
24	X-RAY DIFFRACTION	8	H	460 - 462
25	X-RAY DIFFRACTION	9	A	255 - 442
26	X-RAY DIFFRACTION	10	B	255 - 442
27	X-RAY DIFFRACTION	11	C	255 - 442
28	X-RAY DIFFRACTION	12	D	255 - 442
29	X-RAY DIFFRACTION	13	E	255 - 442
30	X-RAY DIFFRACTION	14	F	255 - 442
31	X-RAY DIFFRACTION	15	G	255 - 442
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33	X-RAY DIFFRACTION	17	A	125 - 142
34	X-RAY DIFFRACTION	17	A	467 - 490
35	X-RAY DIFFRACTION	18	B	125 - 142
36	X-RAY DIFFRACTION	18	B	467 - 490
37	X-RAY DIFFRACTION	19	C	125 - 142
38	X-RAY DIFFRACTION	19	C	467 - 490
39	X-RAY DIFFRACTION	20	D	125 - 142
40	X-RAY DIFFRACTION	20	D	467 - 490
41	X-RAY DIFFRACTION	21	E	125 - 142
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46	X-RAY DIFFRACTION	23	G	467 - 490
47	X-RAY DIFFRACTION	24	H	125 - 142
48	X-RAY DIFFRACTION	24	H	467 - 490

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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