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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wlw | ||||||
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タイトル | Structure of the N-terminal capsid domain of HIV-2 | ||||||
要素 | PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASEプロリルイソメラーゼ | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / ROTAMASE / RHESUS MACAQUE TRIM-CYP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / endothelial cell activation / cyclosporin A binding / protein peptidyl-prolyl isomerization ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / endothelial cell activation / cyclosporin A binding / protein peptidyl-prolyl isomerization / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein dephosphorylation / activation of protein kinase B activity / 好中球 / negative regulation of protein phosphorylation / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / negative regulation of protein kinase activity / 凝固・線溶系 / 血小板 / integrin binding / フォールディング / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to oxidative stress / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of protein phosphorylation / apoptotic process / extracellular region / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MACACA MULATTA (アカゲザル) | ||||||
手法 | X線回折 / その他 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Price, A.J. / Marzetta, F. / Lammers, M. / Ylinen, L.M.J. / Schaller, T. / Wilson, S.J. / Towers, G.J. / James, L.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009 タイトル: Active Site Remodelling Switches HIV Specificity of Antiretroviral Trimcyp 著者: Price, A.J. / Marzetta, F. / Lammers, M. / Ylinen, L.M.J. / Schaller, T. / Wilson, S.J. / Towers, G.J. / James, L.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wlw.cif.gz | 84.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2wlw.ent.gz | 64.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wlw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/2wlw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/2wlw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18016.473 Da / 分子数: 1 / 断片: CYPA DOMAIN, RESIDUES 46-210 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MACACA MULATTA (アカゲザル) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: B1P761, UniProt: P62940*PLUS, プロリルイソメラーゼ |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.18 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→41 Å / Num. obs: 23059 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.2 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0088 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: その他 開始モデル: NONE 解像度: 1.5→88.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.322 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.659 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→88.57 Å
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拘束条件 |
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