PDB-2wla: Streptococcus pyogenes Dpr

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wla

タイトル

Streptococcus pyogenes Dpr

要素

DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on metal ions / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Haikarainen, T. / Tsou, C.-C. / Wu, J.-J. / Papageorgiou, A.C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of Streptococcus Pyogenes Dpr Reveal a Dodecameric Iron-Binding Protein with a Ferroxidase Site.
著者: Haikarainen, T. / Tsou, C.-C. / Wu, J.-J. / Papageorgiou, A.C.

履歴

登録	2009年6月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_special_symmetry / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wla.cif.gz	53.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wla.ent.gz	39.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wla.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wla_validation.pdf.gz	432.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wla_full_validation.pdf.gz	432.7 KB	表示
XML形式データ	2wla_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	2wla_validation.cif.gz	16.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/2wla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/2wla	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wluC 1umnS 2xgw S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wlu-1 2xgw-1 5lbh-d 3t9j-1 4eve-1 2v15-d 3ta8-1 2bw1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (3) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN

ヘテロ分子

19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN

ヘテロ分子

x 12

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
233 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	12_665	-y+1,-z+3/2,x+1/2	1
crystal symmetry operation	31_665	-z+1,-x+1,y	1
crystal symmetry operation	82_656	-y+1,z,-x+1	1
crystal symmetry operation	6_466	z-1/2,-x+1,-y+3/2	1
crystal symmetry operation	50_565	-x+1/2,-y+3/2,z	1
crystal symmetry operation	57_455	y-1/2,z,x+1/2	1
crystal symmetry operation	27_556	-x+1/2,y,-z+3/2	1
crystal symmetry operation	56_656	-z+1,x+1/2,-y+3/2	1
crystal symmetry operation	35_466	y-1/2,-z+3/2,-x+1	1
crystal symmetry operation	76_566	x,-y+3/2,-z+3/2	1
crystal symmetry operation	77_455	z-1/2,x+1/2,y	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	189.268, 189.268, 189.268
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	210
Space group name H-M	F4₁32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2063- HOH
2	1	A-2127- HOH

#1: タンパク質	DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN 分子量: 19336.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7CN02, UniProt: Q99YU7*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 0.1M HEPES PH 7.0, 1M SUCCINIC ACID PH 7.0, 1% W/V PEG 2000 MME, 5% 2-PROPANOL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8132
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月13日 / 詳細: BENT, VERTICALLY FOCUSSING
放射	モノクロメーター: SI (111), HORIZONTALLY FOCUSSING / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8132 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→33 Å / Num. obs: 20144 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0078	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UMN

1umn

解像度: 2→33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 2.293 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18198	1025	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15296	-	-	-
obs	0.15443	19097	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.065 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1291	0	6	242	1539

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	1394
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.987	1.965	1912
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.269	5	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.335	25.714	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.641	15	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.434	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	223
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1053
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.508	1.5	869
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.98	2	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.648	3	525
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.814	4.5	491
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	81	-
R_work	0.196	1346	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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