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- PDB-2wl1: Pyrin PrySpry domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wl1
タイトルPyrin PrySpry domain
要素PYRIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / AMYLOIDOSIS / POLYMORPHISM / CYTOSKELETON / ACTIN-BINDING INFLAMMATORY RESPONSE / METAL-BINDING / DISEASE MUTATION / PRYSPRY
機能・相同性
機能・相同性情報


pyroptosome complex assembly / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / regulation of interleukin-1 beta production / canonical inflammasome complex / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / negative regulation of interleukin-12 production / microtubule associated complex / pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-1 beta production / pyroptotic inflammatory response ...pyroptosome complex assembly / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / regulation of interleukin-1 beta production / canonical inflammasome complex / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / negative regulation of interleukin-12 production / microtubule associated complex / pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-1 beta production / pyroptotic inflammatory response / The NLRP3 inflammasome / response to type II interferon / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / ruffle / positive regulation of autophagy / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / autophagosome / positive regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of inflammatory response / ubiquitin protein ligase activity / lamellipodium / actin binding / regulation of gene expression / cytoplasmic vesicle / microtubule / inflammatory response / innate immune response / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SPRY domain / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / : / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain ...SPRY domain / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / : / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Death-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Pyrin
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Weinert, C. / Mittl, P.R. / Gruetter, M.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The Crystal Structure of Human Pyrin B30.2 Domain: Implications for Mutations Associated with Familial Mediterranean Fever.
著者: Weinert, C. / Gruetter, C. / Roschitzki-Voser, H. / Mittl, P.R. / Gruetter, M.G.
履歴
登録2009年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PYRIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3666
ポリマ－21,0641
非ポリマー3025
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.270, 60.270, 182.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 PYRIN / MARENOSTRIN


分子量: 21064.078 Da / 分子数: 1 / 断片: PRYSPRY, RESIDUES 586-776 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX6P / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O15553
#2: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.6 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 詳細: 0.2M KSCN 25% PEG 2K MME 0.1M TRIS-ACOH, PH 7.5 20C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→30 Å / Num. obs: 42229 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 15.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.35→1.5 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 4.85 / % possible all: 80

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FBE

2fbe


解像度: 1.35→29.73 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 19.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 2130 5 %
Rwork0.193 --
obs0.194 42229 96.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.31 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0837 Å20 Å2-0 Å2
2--0.0837 Å2-0 Å2
3----0.1675 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→29.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1482 0 18 162 1662
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011631
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3252231
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.127617
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087247
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006290
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3517-1.38310.3093740.28481346X-RAY DIFFRACTION50
1.3831-1.41770.2631610.25852564X-RAY DIFFRACTION95
1.4177-1.4560.27111470.23262655X-RAY DIFFRACTION98
1.456-1.49890.25831440.22042718X-RAY DIFFRACTION99
1.4989-1.54730.21961390.21352726X-RAY DIFFRACTION100
1.5473-1.60250.24361470.20082718X-RAY DIFFRACTION100
1.6025-1.66670.21391480.20262738X-RAY DIFFRACTION100
1.6667-1.74260.22651460.19542733X-RAY DIFFRACTION100
1.7426-1.83440.22611250.1952788X-RAY DIFFRACTION100
1.8344-1.94930.21121440.18342758X-RAY DIFFRACTION100
1.9493-2.09980.19991470.17792779X-RAY DIFFRACTION100
2.0998-2.3110.20141460.17712807X-RAY DIFFRACTION100
2.311-2.64530.17471480.1792808X-RAY DIFFRACTION100
2.6453-3.3320.24321530.1782884X-RAY DIFFRACTION100
3.332-29.73750.19511610.18743077X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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