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- PDB-2wkx: Crystal structure of the native E. coli zinc amidase AmiD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wkx
タイトルCrystal structure of the native E. coli zinc amidase AmiD
要素N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE AMIDASE AMID
キーワードHYDROLASE / OUTER MEMBRANE / CELL WALL BIOGENESIS/DEGRADATION / CELL MEMBRANE / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyl-anhydromuramoyl-L-alanine amidase activity / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan turnover / outer membrane / peptidoglycan catabolic process / cell outer membrane / cell wall organization / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 1 / PGBD-like superfamily/PGBD / PGBD superfamily / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / PGBD-like superfamily ...Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 1 / PGBD-like superfamily/PGBD / PGBD superfamily / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / PGBD-like superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiD
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Petrella, S. / Kerff, F. / Herman, R. / Genereux, C. / Pennartz, A. / Sauvage, E. / Joris, B. / Charlier, P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Specific Structural Features of the N-Acetylmuramoyl-L-Alanine Amidase Amid from Escherichia Coli and Mechanistic Implications for Enzymes of This Family.
著者: Kerff, F. / Petrella, S. / Mercier, F. / Sauvage, E. / Herman, R. / Pennartz, A. / Zervosen, A. / Luxen, A. / Frere, J.M. / Joris, B. / Charlier, P.
履歴
登録2009年6月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2010年1月12日ID: 2BGX
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE AMIDASE AMID
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8818
ポリマ－29,3761
非ポリマー5057
水4,306239
1
A: N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE AMIDASE AMID
ヘテロ分子

A: N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE AMIDASE AMID
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,76216
ポリマ－58,7522
非ポリマー1,00914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+5/61
Buried area8320 Å2
ΔGint-122.96 kcal/mol
Surface area22670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.990, 88.990, 183.923
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE AMIDASE AMID


分子量: 29376.240 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 18-276 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 MG1655 / プラスミド: PBAD/MYC-HISA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): LMG194 / 参照: UniProt: P75820, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE N-TERMINAL CYSTEINE OF THE PROCESSED PROTEIN WAS REPLACED BY A GLYCINE. A METHIONINE WAS ADDED ...THE N-TERMINAL CYSTEINE OF THE PROCESSED PROTEIN WAS REPLACED BY A GLYCINE. A METHIONINE WAS ADDED AT THE N- TERMINUS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4 / 詳細: 1M LICL, 10 % PEG 6K, 0.1M ZNCL2, PH 4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9791
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→21.38 Å / Num. obs: 41725 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 19.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BH7

2bh7


解像度: 1.8→21.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.842 / SU ML: 0.049 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18367 4027 10 %RANDOM
Rwork0.16077 ---
obs0.16302 36115 98.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.313 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20.27 Å20 Å2
2--0.54 Å20 Å2
3----0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→21.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2056 0 27 239 2322
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222168
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4031.962958
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6595268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.76123.889108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.47115346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.7951517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021700
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.180.2997
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.21468
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2139
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1130.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1750.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1030.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.79721362
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3832116
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1862946
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3833836
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 219 -
Rwork0.25 2022 -
obs--76.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
118.44851.5596-1.040516.6279-3.35484.0129-0.10570.1892-0.0972-0.1977-0.0611-1.32130.90740.75720.1668-0.08510.1965-0.10410.1608-0.12820.061640.866714.732164.3252
20.46640.41780.74950.84331.30932.0721-0.02290.0702-0.1030.1250.1498-0.17890.11530.2611-0.12690.04070.0394-0.04420.072-0.04430.045336.773136.579385.3468
31.3281-0.04730.80551.0840.19121.436-0.02470.0754-0.07860.05680.1002-0.02730.1550.1527-0.07550.04180.0236-0.03710.0435-0.03250.017734.146540.299787.37
410.66520.5112-7.808517.62-1.299427.0776-0.6067-0.51250.30361.94561.17771.1687-2.0703-1.5479-0.57110.34730.4030.04710.13570.00130.024827.541158.3995104.3375
51.4403-0.44720.2121.07110.28681.5301-0.10780.06990.0360.02240.0963-0.0818-0.10640.16570.01150.0269-0.001-0.04950.0373-0.020.013136.434750.32386.5016
61.1121-0.40860.21111.3168-0.12851.12-0.07650.02990.117-0.05510.0404-0.0303-0.2760.07780.03620.1-0.0246-0.07390.0030.02130.009427.698164.142478.2674
712.55283.15634.931518.783618.035940.99050.07050.0485-0.83570.2894-0.07850.61160.5832-0.89350.008-0.0840.0667-0.02340.05160.05120.102110.574255.744485.7095
814.83494.59131.21756.2511-3.4143.2848-0.0532-0.3010.40160.14120.1330.3359-0.2559-0.2117-0.07980.0840.0516-0.05440.0116-0.01320.01920.00459.082587.7619
91.2155-0.65010.16221.16140.32472.4669-0.0960.04880.15940.0320.0189-0.031-0.36530.0620.0770.0962-0.0046-0.0853-0.01050.02050.030627.563263.394681.3959
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2A14 - 66
3X-RAY DIFFRACTION3A67 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4A109 - 118
5X-RAY DIFFRACTION5A119 - 170
6X-RAY DIFFRACTION6A171 - 214
7X-RAY DIFFRACTION7A215 - 221
8X-RAY DIFFRACTION8A222 - 231
9X-RAY DIFFRACTION9A232 - 261

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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