PDB-2wkv: BIOSYNTHETIC THIOLASE FROM Z. RAMIGERA. COMPLEX OF THE N316D MUTA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wkv

タイトル

BIOSYNTHETIC THIOLASE FROM Z. RAMIGERA. COMPLEX OF THE N316D MUTANT WITH COENZYME A.

要素

ACETYL-COA ACETYLTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / ACYLTRANSFERASE / PHB BIOSYNTHESIS / CYTOPLASM / THIOLASE FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / small molecule metabolic process / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

ZOOGLOEA RAMIGERA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Merilainen, G. / Poikela, V. / Kursula, P. / Wierenga, R.K.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: The Thiolase Reaction Mechanism: The Importance of Asn316 and His348 for Stabilizing the Enolate Intermediate of the Claisen Condensation.
著者: Merilainen, G. / Poikela, V. / Kursula, P. / Wierenga, R.K.

履歴

登録	2009年6月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年11月2日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年8月9日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wkv.cif.gz	572.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wkv.ent.gz	471.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wkv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/2wkv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/2wkv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wktC 2wkuC 2wl4C 2wl5C 2wl6C 1dluS 1dlv 1dm3 1m1o 1m1t 1m3k 1m3z 1m4s 1m4t 1nl7 1ou6 1qfl 2vtz 2vu0 2vu1 2vu2 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1qfl-d 1m1o-d 2wkt-d 1nl7-d 4w61-1 4o99-d 4wys-d 1dlv-d 4nzs-1 6arr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (14) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (14)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ACETYL-COA ACETYLTRANSFERASE

B: ACETYL-COA ACETYLTRANSFERASE

C: ACETYL-COA ACETYLTRANSFERASE

D: ACETYL-COA ACETYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

166 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.700, 79.300, 151.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.60, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-1, -0.003501), (-1, -0.001187), (-0.003501, -0.001187, 1)	42.34, 0.7439, 0.09644
2	given	(0.4302, -0.9025, 0.02033), (-0.9027, -0.4298, 0.01921), (-0.008602, -0.02662, -0.9996)	11.63, 18.98, 68.2
3	given	(-0.4316, 0.9019, 0.01735), (0.902, 0.4313, 0.01863), (0.009321, 0.0237, -0.9997)	29.18, -19.55, 67.87

#1: タンパク質	ACETYL-COA ACETYLTRANSFERASE / ACETOACETYL-COA THIOLASE 分子量: 40542.191 Da / 分子数: 4 / 断片: 2-11,12-292 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ZOOGLOEA RAMIGERA (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P07097, acetyl-CoA C-acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A 分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 786 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 316 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASN 316 TO ASP ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 316 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASN 316 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ASN 316 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ASN 316 TO ASP
配列の詳細	A11 INSERTION AND A129R MUTATIONS WERE FOUND TO EXIST IN THE WILD TYPE CLONE USED AND ARE ALREADY ...A11 INSERTION AND A129R MUTATIONS WERE FOUND TO EXIST IN THE WILD TYPE CLONE USED AND ARE ALREADY DESCRIBED IN THE FIRST PUBLISHED STRUCTURE OF THIS ENZYME, (STRUCTURE 1999, 7:1279-1290)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.7 詳細: 1.9 M (NH4)2SO4, 0.1 M MES (PH 5.7), 1 MM EDTA, 1 MM NAN3 AND 1 MM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 69019 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 24.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DLU

1dlu

解像度: 2.5→19.69 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	3450	5 %
R_work	0.172	-	-
obs	0.176	69015	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 53.86 Å² / k_sol: 0.41 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2113 Å²	0 Å²	-0.2299 Å²
2-	-	0.6053 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.8166 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11252	0	244	786	12282

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	11665
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.001	15793
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.527	4343
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	1737
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2066

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5342	0.283	135	0.2082	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5342-2.5703	0.3172	139	0.2099	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5703-2.6086	0.2843	136	0.2214	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6086-2.6493	0.3055	139	0.2094	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6493-2.6926	0.2768	135	0.205	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6926-2.7389	0.2854	140	0.195	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7389-2.7886	0.2379	135	0.1798	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7886-2.842	0.2685	139	0.1803	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.842-2.8999	0.2865	136	0.1715	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8999-2.9627	0.2354	137	0.1795	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9627-3.0314	0.2512	138	0.171	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0314-3.1069	0.24	136	0.1716	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1069-3.1906	0.2469	138	0.1658	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1906-3.2841	0.2358	141	0.1585	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2841-3.3896	0.2532	136	0.16	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3896-3.5101	0.2358	137	0.1667	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5101-3.6497	0.2147	139	0.1555	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6497-3.8147	0.2089	137	0.1509	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8147-4.0142	0.2039	139	0.1465	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0142-4.2633	0.1899	139	0.1406	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2633-4.5887	0.2042	137	0.1433	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5887-5.0434	0.2046	140	0.1503	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0434-5.7572	0.2004	139	0.1683	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7572-7.1941	0.2378	141	0.1766	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1941-19.6906	0.187	142	0.1676	2707	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3027	-0.2601	-0.0799	0.2378	-0.0149	0.2134	-0.0229	-0.0139	-0.0519	0.0139	0.0375	-0.0159	0.0124	0.0178	0.0038	0.0107	0.0025	-0.006	0.0296	-0.0061	0.0463	30.5434	-11.9533	6.9934
2	0.2869	-0.1606	0.1443	0.3612	0.0491	0.2077	-0.0129	-0.0058	0.0407	-0.0191	0.0302	0.0128	0.0007	-0.0136	0.0002	0.0268	-0.0059	0.0162	0.0328	0.0073	0.0564	11.7392	12.7	7.0134
3	0.1276	-0.1987	0.004	0.2987	0.0424	0.0984	0.0183	-0.0342	-0.0281	0.017	-0.0181	-0.0419	0.0302	0.0418	-0.0015	0.1255	0.0449	-0.04	0.0855	-0.0046	0.0264	35.7268	-3.3312	61.2298
4	0.2974	-0.0292	0.0639	0.2817	0.0143	0.2107	0.0076	-0.0324	-0.0214	0.0257	-0.0389	0.0997	-0.0063	-0.118	0.0006	0.0567	0.0435	0.0253	0.0788	-0.0215	0.0461	5.3166	3.0008	60.8717

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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