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- PDB-2wkd: Crystal structure of a double Ile-to-Met mutant of protein ORF34 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wkd
タイトルCrystal structure of a double Ile-to-Met mutant of protein ORF34 from lactococcus phage p2
要素ORF34P2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / SSB / SINGLE-STRANDED DNA BINDING
機能・相同性Lactococcus phage single-stranded DNA binding protein / Lactococcus phage single-stranded DNA binding protein / Lactococcus phage SSB superfamily / Lactococcus phage single-stranded DNA binding protein / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta / SSB protein
機能・相同性情報
生物種LACTOCOCCUS PHAGE P2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Scaltriti, E. / Cambillau, C. / Ortiz-Lombardia, M.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2009
タイトル: Structure and Function of Phage P2 Orf34(P2), a New Type of Single-Stranded DNA Binding Protein.
著者: Scaltriti, E. / Tegoni, M. / Rivetti, C. / Launay, H. / Masson, J.Y. / Magadan, A.H. / Tremblay, D. / Moineau, S. / Ramoni, R. / Lichiere, J. / Campanacci, V. / Cambillau, C. / Ortiz-Lombardia, M.
履歴
登録2009年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年5月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF34P2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0671
ポリマ－13,0671
非ポリマー00
水46826
1
A: ORF34P2

A: ORF34P2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1342
ポリマ－26,1342
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-5.6 kcal/mol
Surface area9720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.740, 75.740, 88.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2003-

HOH

21A-2006-

HOH

31A-2018-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ORF34P2


分子量: 13067.198 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 15-131 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) LACTOCOCCUS PHAGE P2 (ウイルス) / プラスミド: PETG-20A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: Q09WL7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 62 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 68 TO MSE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.9 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: PROTEIN AT 7 MG/ML IN 10 MM TRIS, 300 MM NACL, 1 MM TCEP, PH 8.0 WAS CRYSTALLIZED BY SITTING-DROP VAPOUR DIFFUSION AGAINST 0.1 M HEPES PH 7.2, 60% MME-PEG550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.976
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→88.04 Å / Num. obs: 9205 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.18 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 25.79
反射 シェル解像度: 2.1→2.12 Å / 冗長度: 10.54 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.77 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0088精密化
TRUNCATEデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.1→44.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 10.471 / SU ML: 0.12 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2562 918 10.08 %RANDOM
Rwork0.2386 ---
obs0.24 9182 99.783 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.152 Å21.576 Å20 Å2
2--3.152 Å20 Å2
3----4.728 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数610 0 0 26 636
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.022618
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1861.949832
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.932576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.8122524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.68815111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.773152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2101
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021440
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.2419
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1110.234
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1310.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6261.5390
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.532637
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3153228
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5434.5195
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 67 -
Rwork0.307 591 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3768-0.2883-6.37592.4517-0.617710.7160.37560.26380.2304-0.0658-0.25220.0063-0.609-0.1977-0.12340.0594-0.00680.03480.0809-0.01250.117227.866740.7297-11.5124
210.1362-6.0087-4.0675.9042.57744.40850.15680.1040.47020.0899-0.03310.0056-0.49770.1584-0.12380.1275-0.05750.0390.038-0.00130.064433.871241.0312-11.6056
34.74782.15470.49121.1231.40029.74910.214-0.22370.25260.0045-0.10530.0935-0.66860.0693-0.10880.11660.00370.08040.1752-0.04330.093129.700137.9781-12.0228
43.86884.37933.51810.12465.376411.77450.4853-0.28220.0730.4027-0.296-0.3820.16360.6314-0.18930.0766-0.05350.0360.2305-0.04770.084430.579736.9456-5.3845
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2A16 - 35
3X-RAY DIFFRACTION3A40 - 63
4X-RAY DIFFRACTION4A64 - 88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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