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万見
- PDB-2wkc: Crystal structure from a single-stranded DNA binding protein from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wkc
タイトルCrystal structure from a single-stranded DNA binding protein from the lactococcal phage p2
要素ORF34P2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / SINGLE-STRANDED DNA BINDING / SSB / LACTOCOCCAL PHAGE PROTEIN
機能・相同性Lactococcus phage single-stranded DNA binding protein / Lactococcus phage single-stranded DNA binding protein / Lactococcus phage SSB superfamily / Lactococcus phage single-stranded DNA binding protein / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta / SSB protein
機能・相同性情報
生物種LACTOCOCCUS PHAGE P2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Scaltriti, E. / Cambillau, C. / Ortiz-Lombardia, M.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2009
タイトル: Structure and Function of Phage P2 Orf34(P2), a New Type of Single-Stranded DNA Binding Protein.
著者: Scaltriti, E. / Tegoni, M. / Rivetti, C. / Launay, H. / Masson, J.Y. / Magadan, A.H. / Tremblay, D. / Moineau, S. / Ramoni, R. / Lichiere, J. / Campanacci, V. / Cambillau, C. / Ortiz-Lombardia, M.
履歴
登録2009年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年5月29日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF34P2
B: ORF34P2
C: ORF34P2
D: ORF34P2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7494
ポリマ－51,7494
非ポリマー00
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7720 Å2
ΔGint-26.77 kcal/mol
Surface area19750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.280, 71.710, 109.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
ORF34P2


分子量: 12937.332 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 15-131 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) LACTOCOCCUS PHAGE P2 (ウイルス) / プラスミド: PETG-20A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: Q09WL7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: PROTEIN AT 7 MG/ML IN 10 MM TRIS, 300 MM NACL PH 8.0 WAS CRYSTALLIZED BY SITTING-DROP VAPOUR DIFFUSION AGAINST 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.2, 45% MME-PEG2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 12049 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.54 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.72
反射 シェル解像度: 2.6→2.62 Å / 冗長度: 3.55 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.03 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0088精密化
TRUNCATEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WKD

2wkd


解像度: 2.6→60.028 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 24.007 / SU ML: 0.238 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.338 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2509 974 8.11 %SHELLS
Rwork0.192 ---
obs0.197 12038 98.141 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.516 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.338 Å20 Å2
3----0.177 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→60.028 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2751 0 0 28 2779
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222793
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0321.9513779
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6635352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.78725.398113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.60615486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.233158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212036
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1790.2808
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.21860
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.268
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1640.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0790.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.11.51770
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.06222890
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.48131023
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.94.5889
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.454 1 -
Rwork0.205 884 -
obs--99.438 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5016-2.54010.94736.587-0.92113.8469-0.0353-0.05780.25710.1736-0.0452-0.5801-0.06240.17070.08050.0677-0.0197-0.02840.068-0.02160.0689-11.283815.0104-17.061
25.6173-0.25580.01366.4865-0.13183.10990.087-0.2903-0.3860.40970.1305-0.30870.28870.1531-0.21750.15250.0499-0.07190.19620.00670.0731-6.3399-5.1883-6.0079
36.1774-0.93690.27845.56131.80734.18280.00240.2627-0.0949-0.2633-0.0722-0.11270.07320.29470.06980.0934-0.0021-0.0040.0576-0.01370.0437-19.8573-7.9352-27.3493
44.3538-0.9694-0.04298.24912.75395.4682-0.0049-0.3120.03720.4202-0.280.64310.0849-0.60310.28490.07840.0050.05480.1776-0.03450.1189-30.98763.5402-9.1614
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 89
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 88
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 89
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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