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- PDB-2wkb: Crystal Structure of Macrophage Migration Inhibitory Factor from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wkb
タイトルCrystal Structure of Macrophage Migration Inhibitory Factor from Plasmodium berghei
要素MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR
キーワードCYTOKINE
機能・相同性Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種PLASMODIUM BERGHEI (ネズミマラリア原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Dobson, S.E. / Augustijn, K.D. / Brannigan, J.A. / Dodson, E.J. / Waters, A.P. / Wilkinson, A.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: The Crystal Structures of Macrophage Migration Inhibition Factor (Mif) from Plasmodium Falciparum and Plasmodium Berghei.
著者: Dobson, S.E. / Augustijn, K.D. / Brannigan, J.A. / Schnick, C. / Janse, C.J. / Dodson, E.J. / Waters, A.P. / Wilkinson, A.J.
履歴
登録2009年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月9日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR
B: MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR
C: MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR
D: MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR
E: MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR
F: MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,39614
ポリマ－84,6596
非ポリマー7378
水8,863492
1
D: MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR
E: MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR
F: MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6066
ポリマ－42,3303
非ポリマー2763
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7770 Å2
ΔGint-21.3 kcal/mol
Surface area14850 Å2
手法PISA
2
A: MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR
B: MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR
C: MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7908
ポリマ－42,3303
非ポリマー4605
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8100 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area14440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.703, 69.169, 80.217
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9979, -0.0204, 0.0621), (0.0199, 0.9998, 0.0088), (-0.0623, -0.0075, 0.998)
ベクター: 39.323, 31.052, 0.043)

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要素

#1: タンパク質
MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR


分子量: 14109.884 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 2-116 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CYS2 IS MODIFIED TO CME IN ALL CHAINS DUE TO BINDING TO BETA-MERCAPTOETHANOL
由来: (組換発現) PLASMODIUM BERGHEI (ネズミマラリア原虫)
株: ANKA / プラスミド: PQE-70 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR (DE3) / 参照: UniProt: Q4YQW0
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細S,S-(2-HYDROXYETHYL)THIOCYSTEINE (CME): BETA MERCAPTOETHANOL IS COVALENTLY BOUND TO CYS2 VIA A ...S,S-(2-HYDROXYETHYL)THIOCYSTEINE (CME): BETA MERCAPTOETHANOL IS COVALENTLY BOUND TO CYS2 VIA A DISULPHIDE LINKAGE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.06 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 13% PEG 6000, 0.2 M KSCN

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月31日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 72962 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 27.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.35
反射 シェル解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OS5

2os5


解像度: 1.78→70.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 2.872 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25455 3657 5 %RANDOM
Rwork0.19914 ---
obs0.2019 68813 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.256 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20.2 Å2
2---0.57 Å20 Å2
3---0.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→70.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5309 0 48 492 5849
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0225560
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0391.9777492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8475694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.53824.38258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.82615947
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4541535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1540.2828
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214155
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4371.53413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.57725526
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.57532147
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6034.51957
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.779→1.826 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 273 -
Rwork0.361 4833 -
obs--95.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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