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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wkb | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Macrophage Migration Inhibitory Factor from Plasmodium berghei | ||||||
要素 | MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR | ||||||
キーワード | CYTOKINE | ||||||
機能・相同性 | Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | PLASMODIUM BERGHEI (ネズミマラリア原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å | ||||||
データ登録者 | Dobson, S.E. / Augustijn, K.D. / Brannigan, J.A. / Dodson, E.J. / Waters, A.P. / Wilkinson, A.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009 タイトル: The Crystal Structures of Macrophage Migration Inhibition Factor (Mif) from Plasmodium Falciparum and Plasmodium Berghei. 著者: Dobson, S.E. / Augustijn, K.D. / Brannigan, J.A. / Schnick, C. / Janse, C.J. / Dodson, E.J. / Waters, A.P. / Wilkinson, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wkb.cif.gz | 155.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2wkb.ent.gz | 124.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wkb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2wkb_validation.pdf.gz | 507.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2wkb_full_validation.pdf.gz | 535.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2wkb_validation.xml.gz | 37.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2wkb_validation.cif.gz | 51.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/2wkb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/2wkb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.9979, -0.0204, 0.0621), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14109.884 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 2-116 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: CYS2 IS MODIFIED TO CME IN ALL CHAINS DUE TO BINDING TO BETA-MERCAPTOETHANOL 由来: (組換発現) PLASMODIUM BERGHEI (ネズミマラリア原虫) 株: ANKA / プラスミド: PQE-70 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR (DE3) / 参照: UniProt: Q4YQW0 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | S,S-(2-HYDROXYETHYL)THIOCYSTEINE (CME): BETA MERCAPTOETHANOL IS COVALENTLY BOUND TO CYS2 VIA A ...S,S-(2-HYDROXYETH | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.06 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 13% PEG 6000, 0.2 M KSCN |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月31日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9395 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 72962 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 27.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.35 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / % possible all: 95.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2OS5 解像度: 1.78→70.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 2.872 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.256 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→70.71 Å
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拘束条件 |
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