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- PDB-2wjg: Structure and function of the FeoB G-domain from Methanococcus ja... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wjg
タイトルStructure and function of the FeoB G-domain from Methanococcus jannaschii
要素
  • FERROUS IRON TRANSPORT PROTEIN B HOMOLOG
  • POLYALANINE
キーワードMETAL TRANSPORT / MEMBRANE G-PROTEINS / FERROUS IRON TRANSPORT / CELL MEMBRANE / ION TRANSPORT / TRANSMEMBRANE / NUCLEOTIDE BINDING MOTIFS / IRON / GNBPS / MEMBRANE / TRANSPORT / GTP-BINDING / IRON TRANSPORT / NUCLEOTIDE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


ferrous iron transmembrane transporter activity / GTP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ferrous iron transport protein B, C-terminal / Ferrous iron transport protein B C terminus / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / : / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleoside transporter/FeoB GTPase, Gate domain ...Ferrous iron transport protein B, C-terminal / Ferrous iron transport protein B C terminus / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / : / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleoside transporter/FeoB GTPase, Gate domain / Nucleoside recognition / GTP binding domain / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Fe(2+) transporter FeoB
類似検索 - 構成要素
生物種METHANOCALDOCOCCUS JANNASCHII (メタン生成菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Koester, S. / Wehner, M. / Herrmann, C. / Kuehlbrandt, W. / Yildiz, O.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure and Function of the Feob G-Domain from Methanococcus Jannaschii.
著者: Koester, S. / Wehner, M. / Herrmann, C. / Kuehlbrandt, W. / Yildiz, O.
履歴
登録2009年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年10月9日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERROUS IRON TRANSPORT PROTEIN B HOMOLOG
B: FERROUS IRON TRANSPORT PROTEIN B HOMOLOG
C: POLYALANINE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9425
ポリマ－42,0563
非ポリマー8862
水2,432135
1
A: FERROUS IRON TRANSPORT PROTEIN B HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2132
ポリマ－20,7701
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: FERROUS IRON TRANSPORT PROTEIN B HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2132
ポリマ－20,7701
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: POLYALANINE


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 516 Da, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5161
ポリマ－5161
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.770, 84.770, 137.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2081-

HOH

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要素

#1: タンパク質 FERROUS IRON TRANSPORT PROTEIN B HOMOLOG / FEOB


分子量: 20770.178 Da / 分子数: 2 / 断片: FEOB G-DOMAIN, RESIDUES 1-184 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) METHANOCALDOCOCCUS JANNASCHII (メタン生成菌)
プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57986
#2: タンパク質・ペプチド POLYALANINE


分子量: 515.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.62 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 24483 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): 4.8 / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 38.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 29.2
反射 シェル解像度: 2.23→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 89.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→29.287 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2442 1225 5 %
Rwork0.2162 --
obs0.2177 24457 93.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 75.994 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.3496 Å20 Å2-0 Å2
2--7.3496 Å20 Å2
3----14.6991 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.287 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2620 0 56 135 2811
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072711
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2153673
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3191007
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074439
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004452
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.28820.61231320.61772496X-RAY DIFFRACTION92
2.2882-2.39230.2609700.28091330X-RAY DIFFRACTION49
2.3923-2.51830.29921430.23452709X-RAY DIFFRACTION100
2.5183-2.6760.26591430.21622717X-RAY DIFFRACTION100
2.676-2.88250.2261440.20142737X-RAY DIFFRACTION100
2.8825-3.17220.26921450.21332756X-RAY DIFFRACTION100
3.1722-3.63050.27541450.20452746X-RAY DIFFRACTION99
3.6305-4.57130.19221470.15832790X-RAY DIFFRACTION99
4.5713-29.28960.17121560.16032951X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.6248 Å / Origin y: 21.1218 Å / Origin z: -17.9231 Å
111213212223313233
T0.2925 Å20.0584 Å20.0041 Å2-0.2822 Å20.0601 Å2--0.2557 Å2
L0.7487 °20.071 °2-1.1627 °2-0.7926 °20.2207 °2--2.04 °2
S-0.1065 Å °-0.2768 Å °-0.051 Å °0.1779 Å °-0.0818 Å °0.0536 Å °0.0371 Å °0.4213 Å °0.1731 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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