PDB-2wj1: 3D-crystal structure of humanized-rat fatty acid amide hydrolase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wj1

タイトル

3D-crystal structure of humanized-rat fatty acid amide hydrolase (FAAH) conjugated with 7-phenyl-1-(4-(pyridin-2-yl)oxazol-2-yl)heptan- 1-one, an alpha-ketooxazole

要素

FATTY-ACID AMIDE HYDROLASE 1

キーワード

HYDROLASE / MONOTOPIC MEMBRANE PROTEIN / FATTY ACID AMIDE HYDROLASE / GOLGI APPARATUS / ENDOPLASMIC RETICULUM / MEMBRANE / TRANSMEMBRANE / PHOSPHOPROTEIN / COVALENT REVERSIBLE INHIBITOR

機能・相同性

機能・相同性情報

Arachidonate metabolism / fatty acid amide hydrolase / regulation of trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / fatty acid amide hydrolase activity / monoacylglycerol catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / amidase activity / fatty acid catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity, acting on ester bonds ...
類似検索 - 分子機能

生物種

RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Mileni, M. / Garfunkle, J. / DeMartino, J.K. / Cravatt, B.F. / Boger, D.L. / Stevens, R.C.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Binding and Inactivation Mechanism of a Humanized Fatty Acid Amide Hydrolase by Alpha-Ketoheterocycle Inhibitors Revealed from Cocrystal Structures.
著者: Mileni, M. / Garfunkle, J. / Demartino, J.K. / Cravatt, B.F. / Boger, D.L. / Stevens, R.C.

履歴

登録	2009年5月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2wj1.ent.gz	358.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2wj1_validation.pdf.gz	908.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wj1_full_validation.pdf.gz	917 KB	表示
XML形式データ	2wj1_validation.xml.gz	45 KB	表示
CIF形式データ	2wj1_validation.cif.gz	66.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/2wj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/2wj1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2wj2C 2vyaS 1mt5 2wap S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3oj8-d 1mt5-3 3k84-d 3qkv-d 4hbp-d 1mt5-5 1mt5-4 3qj8-d 3qj9-d 1mt5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FATTY-ACID AMIDE HYDROLASE 1

B: FATTY-ACID AMIDE HYDROLASE 1

ヘテロ分子

127 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.830, 106.210, 79.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.20, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.2372, -0.0126, -0.9714), (-0.0163, -0.9998, 0.009), (-0.9713, 0.0137, -0.2373)
ベクター: 30.421, -51.27, 39.5068)

#1: タンパク質	FATTY-ACID AMIDE HYDROLASE 1 / OLEAMIDE HYDROLASE 1 / ANANDAMIDE AMIDOHYDROLASE 1 / FATTY ACID AMIDE HYDROLASE 分子量: 63111.664 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 30-579 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 A.I. / 参照: UniProt: P97612, amidase
#2: 化合物	ChemComp-S99 / 7-phenyl-1-(4-pyridin-2-yl-1,3-oxazol-2-yl)heptane-1,1-diol 分子量: 352.427 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₄N₂O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 625 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 192 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 194 TO TYR ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 192 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 194 TO TYR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 377 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 435 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ILE 491 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 495 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 192 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PHE 194 TO TYR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ALA 377 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 435 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ILE 491 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, VAL 495 TO MET
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	7-PHENYL-1-(4-(PYRIDIN-2-YL)OXAZOL-2-YL)HEPTAN-1-ONE (DRG): THE CARBONYL CARBON OF THE ABOVE ...7-PHENYL-1-(4-(PYRIDIN-2-YL)OXAZOL-2-YL)HEPTAN-1-ONE (DRG): THE CARBONYL CARBON OF THE ABOVE INHIBITOR COVALENTLY ATTACHES TO SER241 FORMING A TETRAHEDRAL CARBON AND AN OLATE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→36.3 Å / Num. obs: 106195 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 19.89 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 1.84→1.9 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VYA

2vya

解像度: 1.84→36.306 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.4 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: RESIDUES 1-33 AND 578-579 ARE DISORDERED

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2142	5311	5 %
R_work	0.1858	-	-
obs	0.1873	106195	99.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 52.715 Å² / k_sol: 0.357 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.9808 Å²	0 Å²	-4.4769 Å²
2-	-	-7.3035 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.4175 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→36.306 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8397	0	51	625	9073

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	8653
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.469	11740
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.35	3222
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.104	1309
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1514

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	301	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	301	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.82
2	1	A	494	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	494	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.497
3	1	A	233	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	B	233	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.45
4	1	A	783	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	B	783	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.266
5	1	A	300	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	B	300	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.778
6	1	A	754	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
6	2	B	754	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.555
7	1	A	351	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
7	2	B	351	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.677
8	1	A	965	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
8	2	B	965	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.412

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.84-1.8609	0.2631	177	0.2381	3363	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8609-1.8828	0.2931	175	0.2278	3324	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8828-1.9058	0.2759	174	0.2645	3307	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9058-1.9299	0.3503	174	0.3295	3302	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9299-1.9553	0.2832	174	0.245	3309	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9553-1.9821	0.2379	179	0.1927	3394	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9821-2.0104	0.2209	179	0.1869	3393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0104-2.0404	0.2155	179	0.1916	3397	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0404-2.0723	0.2463	175	0.2205	3341	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0723-2.1062	0.2424	177	0.2	3361	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1062-2.1425	0.2115	178	0.1853	3371	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1425-2.1815	0.2157	176	0.178	3354	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1815-2.2235	0.2141	177	0.1938	3367	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2235-2.2688	0.3456	168	0.2892	3186	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2688-2.3182	0.2208	176	0.1944	3343	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3182-2.3721	0.2195	180	0.1749	3418	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3721-2.4314	0.2209	176	0.1776	3352	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4314-2.4971	0.1969	178	0.1739	3377	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4971-2.5706	0.2047	177	0.1768	3363	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5706-2.6535	0.2256	179	0.1821	3400	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6535-2.7483	0.2127	177	0.1818	3357	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7483-2.8583	0.2136	177	0.1785	3373	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8583-2.9884	0.23	179	0.1843	3396	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9884-3.1458	0.2417	179	0.185	3403	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1458-3.3428	0.1968	179	0.172	3400	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3428-3.6007	0.1895	178	0.1633	3379	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6007-3.9626	0.1745	176	0.1636	3350	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9626-4.5351	0.1794	180	0.1552	3405	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5351-5.7102	0.1664	179	0.1613	3399	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7102-36.3126	0.1792	179	0.1769	3400	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7102	0.1508	0.0623	1.0566	-0.0367	0.8035	0.163	0.5879	0.2566	-0.3995	0.058	0.5677	-0.1732	-0.3612	0.0668	0.2515	0.0188	-0.173	0.3638	0.0762	0.2657	-3.0089	-29.1039	-17.3076
2	0.4386	0.4275	-0.1959	0.926	-0.1727	0.6424	-0.0055	0.3554	0.1463	-0.3549	0.015	0.1735	-0.0277	0.0911	-0.0042	0.2556	-0.0148	-0.0469	0.3352	0.0378	0.1309	12.9961	-30.5645	-17.957
3	0.5268	0.0905	0.2378	0.5019	-0.2823	0.3253	-0.0281	0.0793	0.0867	-0.0978	0.0221	0.2597	-0.0325	-0.0337	-0.0075	0.076	-0.0076	-0.0241	0.1251	0.0015	0.1748	4.3175	-31.6259	-3.1194
4	0.3368	0.1928	0.1332	0.3335	-0.1428	0.1818	0.0121	0.0564	0.039	-0.056	-0.01	0.1276	-0.0369	0.0249	-0	0.1085	0.0003	0.0035	0.1384	-0.0138	0.1392	17.4891	-30.76	2.2875
5	0.5963	-0	0.1489	0.8055	0.0834	0.3784	0.0263	-0.0053	-0.1088	0.0555	-0.019	0.145	0.1034	-0.0103	0	0.1172	-0.0158	0.0312	0.1241	-0.0038	0.1575	11.001	-44.6147	12.1322
6	0.4698	-0.076	-0.1155	0.7976	0.163	0.4611	0.0484	-0.0215	-0.0971	0.0707	-0.0039	0.094	0.1022	0.0117	0.0588	0.0911	-0.0171	0.011	0.0854	-0.0019	0.1204	11.5285	-46.628	12.021
7	0.6195	-0.2032	0.1654	0.9083	0.1322	0.5427	-0.2231	-0.3749	0.0192	0.5666	0.0272	-0.2514	-0.0435	0.4762	-0.0625	0.4646	-0.0186	-0.2003	0.4379	0.0952	0.2518	46.8538	-22.6315	46.1298
8	0.5198	0.0165	-0.1142	0.6346	0.1508	0.3506	-0.0247	-0.1053	-0.0965	0.3813	-0.0838	-0.471	0.1515	0.3627	-0.0127	0.2438	0.0205	-0.1037	0.3019	0.0456	0.3017	51.3865	-21.2816	30.695
9	0.2766	-0.1235	-0.0759	0.2626	0.1419	0.5116	0.0231	-0.0905	-0.0196	0.3462	-0.0157	-0.0912	0.0723	0.077	-0.0001	0.2401	-0.0104	-0.0373	0.1219	0.0126	0.0817	34.8876	-19.878	35.6663
10	0.336	-0.2908	0.0616	0.3694	0.0377	0.4263	-0.0023	-0.0017	-0.0351	0.1255	-0.0449	-0.0603	-0.0096	0.0608	-0	0.1551	-0.0283	-0.0065	0.1442	0.003	0.1289	32.7635	-20.8406	21.6048
11	0.6071	0.2688	0.108	0.9229	0.0326	0.6462	-0.0031	-0.0779	0.1437	0.215	-0.0718	0.0921	-0.1214	-0.0172	-0.0146	0.1705	0.0043	0.0286	0.1152	-0.0238	0.1375	21.8733	-6.7905	25.4176
12	0.6416	0.3736	-0.0634	1.0353	0.0181	0.3137	-0.0258	-0.0258	0.0975	0.1563	-0.0506	0.0855	-0.1375	-0.0106	-0.0648	0.1784	-0.0017	-0.0013	0.1044	-0.0233	0.1237	22.3044	-4.8008	24.8691

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 34:72)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 73:139)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 140:242)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 243:315)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 316:415)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 416:576)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 34:72)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 73:139)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 140:242)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 243:315)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 316:415)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 416:577)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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