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- PDB-2wfx: Crystal structure of the complex between human hedgehog-interacti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wfx
タイトルCrystal structure of the complex between human hedgehog-interacting protein HIP and Sonic Hedgehog in the presence of calcium
要素
  • HEDGEHOG-INTERACTING PROTEIN
  • SONIC HEDGEHOG PROTEIN N-PRODUCT
キーワードSIGNALING PROTEIN / AUTOCATALYTIC CLEAVAGE / PROTEASE / MEMBRANE / SECRETED / PALMITATE / HYDROLASE / SIGNAL TRANSDUCTION / DEVELOPMENTAL PROTEIN / LIPOPROTEIN / DEVELOPMENT / GLYCOPROTEIN / CELL MEMBRANE / DISULFIDE BOND / EGF-LIKE DOMAIN / HEDGEHOG SIGNALING
機能・相同性
機能・相同性情報


forebrain regionalization / cell proliferation in external granule layer / epithelial-mesenchymal signaling involved in prostate gland development / Release of Hh-Np from the secreting cell / ventral spinal cord interneuron specification / respiratory tube development / Ligand-receptor interactions / striated muscle tissue development / regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / Activation of SMO ...forebrain regionalization / cell proliferation in external granule layer / epithelial-mesenchymal signaling involved in prostate gland development / Release of Hh-Np from the secreting cell / ventral spinal cord interneuron specification / respiratory tube development / Ligand-receptor interactions / striated muscle tissue development / regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / Activation of SMO / trachea development / positive regulation of skeletal muscle cell proliferation / right lung development / left lung development / primary prostatic bud elongation / regulation of mesenchymal cell proliferation involved in prostate gland development / mesenchymal smoothened signaling pathway involved in prostate gland development / positive regulation of sclerotome development / tracheoesophageal septum formation / negative regulation of ureter smooth muscle cell differentiation / positive regulation of ureter smooth muscle cell differentiation / negative regulation of kidney smooth muscle cell differentiation / positive regulation of kidney smooth muscle cell differentiation / regulation of odontogenesis / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in prostate gland development / positive regulation of mesenchymal cell proliferation involved in ureter development / trunk neural crest cell migration / anatomical structure formation involved in morphogenesis / hindgut morphogenesis / polarity specification of anterior/posterior axis / negative regulation of alpha-beta T cell differentiation / regulation of prostatic bud formation / formation of anatomical boundary / positive regulation of striated muscle cell differentiation / regulation of glial cell proliferation / metanephric mesenchymal cell proliferation involved in metanephros development / regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / trachea morphogenesis / hedgehog family protein binding / cholesterol-protein transferase activity / telencephalon regionalization / bud outgrowth involved in lung branching / epithelial-mesenchymal cell signaling / Ligand-receptor interactions / lung epithelium development / Hedgehog ligand biogenesis / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / laminin-1 binding / salivary gland cavitation / negative regulation of cholesterol efflux / myotube differentiation / spinal cord dorsal/ventral patterning / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / cell development / spinal cord motor neuron differentiation / negative regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of T cell differentiation in thymus / establishment of epithelial cell polarity / skeletal muscle cell proliferation / prostate gland development / intermediate filament organization / limb bud formation / stem cell development / embryonic skeletal system development / skeletal muscle fiber differentiation / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / mesenchymal cell apoptotic process / patched binding / animal organ formation / hindbrain development / embryonic digestive tract morphogenesis / positive regulation of skeletal muscle tissue development / somite development / ectoderm development / embryonic foregut morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / neuron fate commitment / cerebellar granule cell precursor proliferation / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / branching involved in prostate gland morphogenesis / mesenchymal cell proliferation / lymphoid progenitor cell differentiation / dorsal/ventral neural tube patterning / self proteolysis / lung lobe morphogenesis / smooth muscle tissue development / embryonic morphogenesis / artery development / positive regulation of astrocyte differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative thymic T cell selection / pattern specification process / regulation of stem cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / male genitalia development / branching involved in salivary gland morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development
類似検索 - 分子機能
Glucose/Sorbosone dehydrogenase / Glucose / Sorbosone dehydrogenase / Folate receptor-like / Folate receptor family / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module ...Glucose/Sorbosone dehydrogenase / Glucose / Sorbosone dehydrogenase / Folate receptor-like / Folate receptor family / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Soluble quinoprotein glucose/sorbosone dehydrogenase / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Laminin / Laminin / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sonic hedgehog protein / Hedgehog-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Bishop, B. / Aricescu, A.R. / Harlos, K. / O'Callaghan, C.A. / Jones, E.Y. / Siebold, C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural Insights Into Hedgehog Ligand Sequestration by the Human Hedgehog-Interacting Protein Hip
著者: Bishop, B. / Aricescu, A.R. / Harlos, K. / O'Callaghan, C.A. / Jones, E.Y. / Siebold, C.
履歴
登録2009年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SONIC HEDGEHOG PROTEIN N-PRODUCT
B: HEDGEHOG-INTERACTING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5939
ポリマ－68,3382
非ポリマー2557
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-90.88 kcal/mol
Surface area26460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.150, 89.150, 171.429
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 SONIC HEDGEHOG PROTEIN N-PRODUCT / SONIC HEDGEHOG SHH / SONIC HEDGEHOG PROTEIN / HHG-1 / SHH


分子量: 17366.393 Da / 分子数: 1
断片: N-TERMINAL SIGNALLING DOMAIN OF SHH, RESIDUES 40-191
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 解説: IMAGE CLONE / プラスミド: PHLSEC
細胞株 (発現宿主): HUMAN EMBRYONIC KIDNEY (HEK) 293T CELLS
発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q62226
#2: タンパク質 HEDGEHOG-INTERACTING PROTEIN / HHIP / HIP / HEDGEHOG-INTERACTING PROTEIN HIP


分子量: 50971.848 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN OF HIP, RESIDUES 214-670 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: IMAGE CLONE / プラスミド: PHLSEC
細胞株 (発現宿主): HUMAN EMBRYONIC KIDNEY (HEK) 293T CELLS
発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q96QV1
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.6 0.5 M POTASSIUM THIOCYANATE 5 MM CACL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9792
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→20 Å / Num. obs: 13529 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 60.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1VHH AND 2WFT

1vhh

2wft


解像度: 3.2→19.774 Å / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3003 1056 7.9 %
Rwork0.24 --
obs0.2448 13372 99.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 7.909 Å2 / ksol: 0.248 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.8101 Å20 Å2-0 Å2
2--12.8101 Å20 Å2
3----25.6202 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→19.774 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4465 0 7 0 4472
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044592
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5246166
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4331680
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032667
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002810
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2001-3.34510.38531320.32721519X-RAY DIFFRACTION100
3.3451-3.52050.37271380.28561508X-RAY DIFFRACTION100
3.5205-3.73970.38341350.30121448X-RAY DIFFRACTION95
3.7397-4.02620.34121180.24181509X-RAY DIFFRACTION98
4.0262-4.42720.21671090.18141575X-RAY DIFFRACTION100
4.4272-5.05850.22541280.16071547X-RAY DIFFRACTION100
5.0585-6.33810.24061450.19691576X-RAY DIFFRACTION100
6.3381-19.77390.30531510.26741634X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-2.4294-3.13344.7324.91351.61742.1742-0.0499-0.821-1.23160.46651.4941-0.7643-0.0026-0.2846-1.14990.5297-0.1245-0.11631.037-0.21380.6838-15.535322.8480.345
23.1371-1.8838-0.49537.57431.6011-4.91820.54951.09680.1377-1.5653-0.4481-0.230.0118-0.2764-0.06820.86070.0941-0.00321.0365-0.01060.4562-11.83334.0435-19.9891
31.3094-0.4983-0.70011.44620.53892.65020.22471.1195-0.1708-0.3408-0.15390.4019-0.1673-1.1965-0.14070.51650.0075-0.08860.97480.03040.597-26.329536.9906-9.4577
41.14350.24771.28330.0843-0.58121.3815-0.20390.20140.10940.00430.33890.00460.1828-0.705-0.17830.29920.0356-0.07030.7566-0.17850.4464-16.992432.7139-5.8563
51.5604-0.7924-0.18740.12350.48410.4431-0.01970.49950.3204-0.0475-0.0054-0.1371-0.09530.4436-0.01380.3652-0.0163-0.0330.7194-0.05060.527720.156545.091917.4177
6-0.0457-0.37370.42481.3461-0.30781.1187-0.04910.2367-0.1060.0121-0.07610.03420.0209-0.09270.09060.27230.0659-0.02130.7624-0.09810.39373.001834.619812.687
70.79050.72180.38971.2980.01431.0919-0.0249-0.54640.25770.1862-0.08510.31930.0958-0.38450.01530.15970.1170.0120.7029-0.10890.4017-2.188744.973530.0318
81.2024-0.1183-0.13881.2333-0.0028-0.03510.2409-0.28810.1975-0.1675-0.1381-0.54380.04830.0114-0.10520.27320.12150.02170.7627-0.05590.3617.266335.220122.3916
98.3785-0.2192.63733.5831-0.93091.82690.30350.16571.041-1.0186-0.927-0.14150.6768-0.1210.52891.66440.5014-0.25141.5525-0.19461.23515.4861-1.5974-6.2923
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 40:50)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 51:77)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 78:129)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 130:188)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESID 215:276)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 277:442)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 443:530)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 531:637)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 638:666)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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