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- PDB-2wft: Crystal structure of the human HIP ectodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wft
タイトルCrystal structure of the human HIP ectodomain
要素HEDGEHOG-INTERACTING PROTEIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / MEMBRANE / SECRETED / CYTOPLASM / DEVELOPMENT / DISULFIDE BOND / EGF-LIKE DOMAIN / HEDGEHOG SIGNALLING / SIGNAL TRANSDUCTION / ALTERNATIVE SPLICING / POLYMORPHISM / GLYCOPROTEIN / CELL MEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / hedgehog family protein binding / Ligand-receptor interactions / dorsal/ventral pattern formation / skeletal system morphogenesis / ciliary membrane / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / neuroblast proliferation / negative regulation of signal transduction / negative regulation of smoothened signaling pathway ...regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / hedgehog family protein binding / Ligand-receptor interactions / dorsal/ventral pattern formation / skeletal system morphogenesis / ciliary membrane / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / neuroblast proliferation / negative regulation of signal transduction / negative regulation of smoothened signaling pathway / cell surface / signal transduction / extracellular region / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glucose/Sorbosone dehydrogenase / Glucose / Sorbosone dehydrogenase / Folate receptor-like / Folate receptor family / Soluble quinoprotein glucose/sorbosone dehydrogenase / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Laminin / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Laminin ...Glucose/Sorbosone dehydrogenase / Glucose / Sorbosone dehydrogenase / Folate receptor-like / Folate receptor family / Soluble quinoprotein glucose/sorbosone dehydrogenase / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Laminin / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Laminin / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hedgehog-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bishop, B. / Aricescu, A.R. / Harlos, K. / O'Callaghan, C.A. / Jones, E.Y. / Siebold, C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural Insights Into Hedgehog Ligand Sequestration by the Human Hedgehog-Interacting Protein Hip
著者: Bishop, B. / Aricescu, A.R. / Harlos, K. / O'Callaghan, C.A. / Jones, E.Y. / Siebold, C.
履歴
登録2009年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEDGEHOG-INTERACTING PROTEIN
B: HEDGEHOG-INTERACTING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,4338
ポリマ－102,2582
非ポリマー1756
水68538
1
A: HEDGEHOG-INTERACTING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2104
ポリマ－51,1291
非ポリマー813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: HEDGEHOG-INTERACTING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2234
ポリマ－51,1291
非ポリマー943
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)100.976, 100.976, 305.916
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 215:274 OR RESSEQ 276:306 OR RESSEQ...
211CHAIN B AND (RESSEQ 215:274 OR RESSEQ 276:306 OR RESSEQ...

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.6017, -0.7931, -0.09495), (-0.7875, 0.5692, 0.2363), (-0.1334, 0.217, -0.967)
ベクター: 160.8, 44.49, 252.1)

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要素

#1: タンパク質 HEDGEHOG-INTERACTING PROTEIN / HEDGEHOG-INTERACTING PROTEIN HIP / HIP / HHIP


分子量: 51129.043 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 214-671 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHLSEC
細胞株 (発現宿主): HUMAN EMBRYONIC KIDNEY (HEK) 293T CELLS
発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q96QV1
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.6 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5 3.5 M POTASSIUM FORMATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9792
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 45408 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 67.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.8→19.89 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 2294 5.1 %
Rwork0.199 --
obs0.201 45390 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.64 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.2402 Å2-0 Å2-0 Å2
2--6.2402 Å20 Å2
3----12.4805 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6580 0 6 38 6624
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0146746
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7249078
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.8272484
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.117976
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061194
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2875X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2875X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.131
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8001-2.86080.3521490.29742618X-RAY DIFFRACTION100
2.8608-2.92720.34041420.2812626X-RAY DIFFRACTION100
2.9272-3.00010.34561600.28042623X-RAY DIFFRACTION100
3.0001-3.0810.30011450.24552661X-RAY DIFFRACTION100
3.081-3.17130.29291460.23532685X-RAY DIFFRACTION100
3.1713-3.27320.23821500.2282631X-RAY DIFFRACTION100
3.2732-3.38960.25851340.21062681X-RAY DIFFRACTION100
3.3896-3.52460.26771500.19282656X-RAY DIFFRACTION100
3.5246-3.68410.23191330.18112669X-RAY DIFFRACTION100
3.6841-3.8770.20091410.1782728X-RAY DIFFRACTION100
3.877-4.11790.19111420.15882656X-RAY DIFFRACTION100
4.1179-4.43260.19521330.14092723X-RAY DIFFRACTION100
4.4326-4.87270.15731380.13292733X-RAY DIFFRACTION100
4.8727-5.56420.17231490.14422740X-RAY DIFFRACTION100
5.5642-6.96010.22031400.18252754X-RAY DIFFRACTION100
6.9601-19.8920.26841420.23572912X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.12781.17520.18981.62090.15722.7965-0.29060.20960.0733-0.7820.3814-0.0016-0.41110.15040.19430.6723-0.1250.06190.0680.01430.225982.391229.922296.0316
2-0.0069-0.3526-0.05970.02540.27470.8996-0.0597-0.2379-0.337-0.45510.02460.15840.2390.078400.5873-0.0033-0.05610.1217-0.04250.439176.952910.5907103.7939
3-0.28410.40870.61230.5208-0.47772.6735-0.0412-0.2057-0.0875-0.46460.0775-0.0429-0.30670.5959-00.4904-0.07320.11990.1964-0.04560.424586.955325.5032110.4514
40.02970.2795-0.48110.2094-0.11920.0342-0.339-0.57710.32960.05170.02380.23450.9486-1.4085-0.01880.6334-0.35330.11550.4590.0650.3051109.482461.862882.6065
50.96030.1190.19360.42770.07342.32850.168-0.3335-0.0054-0.0028-0.05250.0267-0.13210.0291-0.00010.1748-0.06520.06260.24750.00230.213472.654222.9081146.7886
60.9160.23780.80340.27040.50030.71140.0685-0.9809-0.22380.44760.1524-0.02710.04530.3987-0.00010.5456-0.1283-0.01620.9943-0.00230.376283.716819.6109162.6518
70.67560.1837-0.72930.4946-0.39882.95250.0909-0.4008-0.14650.1169-0.1113-0.07590.2010.38600.2718-0.0484-0.02220.34910.0570.398183.203715.9889140.886
80.34470.218-0.11110.1392-0.060.0842-0.27680.55330.1699-0.33560.06220.1111-1.17610.5627-0.00750.7676-0.21630.27290.5557-0.03810.51639.407413.275173.5493
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 214:484)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 485:532)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 533:624)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 625:671)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESID 214:337)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 338:490)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 491:627)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 628:670)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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