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万見
- PDB-2wfl: Crystal structure of polyneuridine aldehyde esterase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wfl
タイトルCrystal structure of polyneuridine aldehyde esterase
要素(POLYNEURIDINE-ALDEHYDE ESTERASE) x 2
キーワードHYDROLASE / ALKALOID METABOLISM / MONOTERPENOID INDOLE ALKALOIDS / PNAE / SERINE ESTERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


polyneuridine-aldehyde esterase / polyneuridine-aldehyde esterase activity / indole alkaloid metabolic process / methyl salicylate esterase activity / methyl indole-3-acetate esterase activity / methyl jasmonate esterase activity / salicylic acid metabolic process / jasmonic acid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Methylesterase/Alpha-hydroxynitrile lyase / Alpha/beta hydrolase family / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyneuridine aldehyde esterase
類似検索 - 構成要素
生物種RAUVOLFIA SERPENTINA (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Yang, L. / Hill, M. / Panjikar, S. / Wang, M. / Stoeckigt, J.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2009
タイトル: Structural Basis and Enzymatic Mechanism of the Biosynthesis of C9- from C10-Monoterpenoid Indole Alkaloids.
著者: Yang, L. / Hill, M. / Wang, M. / Panjikar, S. / Stockigt, J.
履歴
登録2009年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLYNEURIDINE-ALDEHYDE ESTERASE
B: POLYNEURIDINE-ALDEHYDE ESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8034
ポリマ－59,6112
非ポリマー1922
水5,459303
1
A: POLYNEURIDINE-ALDEHYDE ESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8642
ポリマ－29,7671
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: POLYNEURIDINE-ALDEHYDE ESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9402
ポリマ－29,8441
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.758, 176.917, 75.697
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNARGARGAA9 - 549 - 54
21GLNGLNARGARGBB9 - 549 - 54
12THRTHRMETMETAA60 - 11360 - 113
22THRTHRMETMETBB60 - 11360 - 113
13LEULEUSERSERAA157 - 262157 - 262
23LEULEUSERSERBB157 - 262157 - 262

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.7085, 0.6818, 0.182), (0.6858, -0.726, 0.05036), (0.1665, 0.08917, -0.982)
ベクター: -73.44, 173.2, 43.62)

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要素

#1: タンパク質 POLYNEURIDINE-ALDEHYDE ESTERASE


分子量: 29767.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RAUVOLFIA SERPENTINA (植物) / プラスミド: PQE-2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15PREP4 / 参照: UniProt: Q9SE93, polyneuridine-aldehyde esterase
#2: タンパク質 POLYNEURIDINE-ALDEHYDE ESTERASE


分子量: 29843.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RAUVOLFIA SERPENTINA (植物) / プラスミド: PQE-2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15PREP4 / 参照: UniProt: Q9SE93, polyneuridine-aldehyde esterase
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.8
詳細: 0.20M BIS-TRIS, 0.25M LI2SO4, 25%POLYETHYLENE GLYCOL 3350, PH6.30., pH 6.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 詳細: DOUBLE CRYSTAL SI 111
放射モノクロメーター: SILICON 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 36861 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 38.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 32.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC5.4.0069精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XKL

1xkl


解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 6.78 / SU ML: 0.115 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 1046 2.8 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.183 35684 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.17 Å20 Å20 Å2
2---1.32 Å20 Å2
3----1.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4034 0 10 303 4347
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0224146
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8971.9795566
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.555502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.09924.659176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.99515741
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1041514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2590
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213072
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8991.52548
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6262.54086
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6351598
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.229101480
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A820tight positional0.060.05
2B820tight positional0.060.05
1A797medium positional0.220.5
2B797medium positional0.220.5
1A820tight thermal0.220.5
2B820tight thermal0.220.5
1A797medium thermal0.32
2B797medium thermal0.32
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 77 -
Rwork0.197 2599 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.26270.6366-0.23492.6489-0.60942.74340.08460.1758-0.3988-0.3401-0.1053-0.11320.38450.00490.0207-0.10910.0724-0.0301-0.1664-0.0517-0.148926.3615104.613318.9323
23.72231.05440.17823.731.81933.82140.10310.3797-0.2945-0.4545-0.053-0.30660.49970.3896-0.05020.02620.15280.0274-0.042-0.0573-0.158533.0912106.5379.0303
32.7187-0.4033-0.1872.05220.09062.50490.20030.4894-0.061-0.5389-0.06890.12350.142-0.1995-0.1314-0.04270.0881-0.055-0.087-0.0272-0.138620.4344113.955910.5591
46.501-1.28031.0912.89420.03142.4192-0.0669-0.02060.24930.11030.01290.2217-0.1706-0.23480.054-0.20790.03290.006-0.2150.0022-0.187519.7378115.625238.9784
54.52150.0487-0.43623.02411.25522.8976-0.039-0.29870.19720.32010.08980.0239-0.1515-0.0205-0.0508-0.11090.05740.0136-0.1389-0.0121-0.186623.9437117.930450.1232
61.6015-0.18840.03052.48480.53842.07070.0042-0.3765-0.17490.41480.0590.3250.2978-0.2524-0.0633-0.11220.01030.0351-0.10090.05-0.076420.327104.028946.6786
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 54
2X-RAY DIFFRACTION2A60 - 113
3X-RAY DIFFRACTION3A157 - 262
4X-RAY DIFFRACTION4B9 - 54
5X-RAY DIFFRACTION5B60 - 113
6X-RAY DIFFRACTION6B157 - 262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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