[日本語] English
万見
- PDB-2wfc: Crystal structure of peroxiredoxin 5 from Arenicola Marina -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wfc
タイトルCrystal structure of peroxiredoxin 5 from Arenicola Marina
要素PEROXIREDOXIN 5
キーワードOXIDOREDUCTASE / ANTIOXIDANT ENZYMES
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / peroxisome / cellular response to oxidative stress / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin-5-like / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Peroxiredoxin-5
類似検索 - 構成要素
生物種ARENICOLA MARINA (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Smeets, A. / Declercq, J.P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Peroxiredoxin 5 from Arenicola Marina
著者: Smeets, A. / Knoops, B. / Declercq, J.P.
履歴
登録2009年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PEROXIREDOXIN 5
B: PEROXIREDOXIN 5
C: PEROXIREDOXIN 5
D: PEROXIREDOXIN 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1235
ポリマ－70,0644
非ポリマー591
水11,295627
1
A: PEROXIREDOXIN 5
D: PEROXIREDOXIN 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0322
ポリマ－35,0322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-11.8 kcal/mol
Surface area12670 Å2
手法PISA
2
B: PEROXIREDOXIN 5
C: PEROXIREDOXIN 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0913
ポリマ－35,0322
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-12.6 kcal/mol
Surface area12670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.210, 112.070, 68.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.70006, 0.67805, -0.22397), (-0.6789, -0.72922, -0.08563), (-0.22138, 0.0921, 0.97083)-27.85693, 133.74178, 17.19934
2given(0.39762, -0.89875, 0.18477), (-0.90257, -0.41935, -0.09751), (0.16512, -0.128, -0.97793)37.60585, 120.47395, 31.58232
3given(0.23292, 0.95799, 0.16736), (0.95858, -0.25517, 0.12653), (0.16392, 0.13096, -0.97774)-40.09594, 51.82991, -0.88668

-
要素

#1: タンパク質
PEROXIREDOXIN 5 / PRDX5


分子量: 17516.062 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 28-186 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARENICOLA MARINA (無脊椎動物) / プラスミド: PQE-60 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q1AN23, peroxiredoxin
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 74 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 74 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 74 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 74 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, CYS 74 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, CYS 74 TO SER

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % / 解説: NONE
結晶化詳細: PEG 4000 29%(W/V), DTT 0.001 M

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9797
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: SECOND CRYSTAL SAGITALLY BENT
放射モノクロメーター: FIRST CRYSTAL FLAT AND N2 COOLED / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→34.17 Å / Num. obs: 51140 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 82.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0070精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HD2

1hd2


解像度: 1.75→68.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 5.654 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 2596 5.1 %RANDOM
Rwork0.163 ---
obs0.165 48544 95.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å20.43 Å2
2--1.1 Å20 Å2
3----1.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→68.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4620 0 4 627 5251
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0224707
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6761.9746375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9637696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4035632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.73926.098164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.20315776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.358158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02828
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8831.53143
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3011.51316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.43825014
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.52931564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7734.51361
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 172 -
Rwork0.227 3070 -
obs--82.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6440.462-0.38152.2946-0.1323.09580.0184-0.0366-0.08710.1452-0.02850.0388-0.0005-0.02940.010.0095-0.00170.00130.00170.00460.046814.8154.7420.063
21.8697-0.3886-0.4431.93970.0833.22190.006-0.20070.05070.2135-0.00310.0173-0.00560.0383-0.00290.0292-0.0069-0.00480.0231-0.00470.02-5.77582.02638.384
31.68010.4184-0.27911.87720.01653.8685-0.02110.19250.0488-0.0902-0.0044-0.0499-0.0499-0.07780.02540.0058-0.00150.00090.03080.0050.0196-1.85181.9337.217
43.03030.7164-1.98161.8558-0.42125.1356-0.21230.7022-0.1856-0.34990.08950.03420.228-0.7060.12280.0821-0.0484-0.01440.2135-0.0710.068219.3354.689-11.043
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A29 - 187
2X-RAY DIFFRACTION2B29 - 187
3X-RAY DIFFRACTION3C29 - 187
4X-RAY DIFFRACTION3C1188
5X-RAY DIFFRACTION4D29 - 187

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る