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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wec | |||||||||
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タイトル | ACID PROTEINASE (PENICILLOPEPSIN) (E.C.3.4.23.20) COMPLEX WITH PHOSPHONATE INHIBITOR: METHYL(2S)-[1-(((N-(1-NAPHTHALENEACETYL))-L-VALYL)AMINOMETHYL)HYDROXY PHOSPHINYLOXY]-3-PHENYLPROPANOATE, SODIUM SALT | |||||||||
要素 | PENICILLOPEPSIN | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / PENICILLOPEPSIN / PHOSPHONATE INHIBITOR | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 penicillopepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Penicillium janthinellum (菌類) | |||||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE FOURIER METHOD / 解像度: 1.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Ding, J. / Fraser, M.E. / James, M.N.G. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1998 タイトル: Macrocyclic Inhibitors of Penicillopepsin. II. X-Ray Crystallographic Analyses of Penicillopepsin Complexed with a P3-P1 Macrocyclic Peptidyl Inhibitor and with its Two Acyclic Analogues 著者: Ding, J. / Fraser, M.E. / Meyer, J.H. / Bartlett, P.A. / James, M.N.G. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Macrocyclic Inhibitors of Penicillopepsin. I. Design, Synthesis, and Evaluation of an Inhibitor Bridged between P1 and P3 著者: Meyer, J.H. / Bartlett, P.A. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992 タイトル: Crystallographic Analysis of Transition-State Mimics Bound to Penicillopepsin: Phosphorus-Containing Peptide Analogues 著者: Fraser, M.E. / Strynadka, N.C. / Bartlett, P.A. / Hanson, J.E. / James, M.N. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992 タイトル: Crystallographic Analysis of Transition State Mimics Bound to Penicillopepsin: Difluorostatine-and Difluorostatone-Containing Peptides 著者: James, M.N. / Sielecki, A.R. / Hayakawa, K. / Gelb, M.H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wec.cif.gz | 77.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2wec.ent.gz | 60 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wec.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2wec_validation.pdf.gz | 464.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2wec_full_validation.pdf.gz | 468.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2wec_validation.xml.gz | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2wec_validation.cif.gz | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/2wec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/2wec | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33468.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Penicillium janthinellum (菌類) / 参照: UniProt: P00798, penicillopepsin | ||||||
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#2: 糖 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 化合物 | ChemComp-PP5 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.67 % |
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結晶化 | pH: 4.4 / 詳細: 0.1M NAC2H3O2 PH=4.4 35-40% SATURATED (NH4)2SO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年5月6日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→37 Å / Num. obs: 39118 / % possible obs: 91.72 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.26 % / Biso Wilson estimate: 12.872 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0891 / Net I/σ(I): 27.28 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.304 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 69.82 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER METHOD / 解像度: 1.5→37 Å / σ(F): 2 立体化学のターゲット値: CSDX_PROTGEO.DAT, OTHERGEO.DAT, PP5GEO.DAT, SEMTHMGEO.DAT, CONTACT.DAT 詳細: X-PLOR AND TNT ESD FROM SIGMAA (A) : 0.189043 UNCERTAINTY IN RMS ERROR SQUARED : 0.005075
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溶媒の処理 | Bsol: 314.2 Å2 / ksol: 0.871 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→37 Å
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拘束条件 |
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