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- PDB-2wea: ACID PROTEINASE (PENICILLOPEPSIN) (E.C.3.4.23.20) COMPLEX WITH PH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wea
タイトルACID PROTEINASE (PENICILLOPEPSIN) (E.C.3.4.23.20) COMPLEX WITH PHOSPHONATE INHIBITOR: METHYL[CYCLO-7[(2R)-((N-VALYL) AMINO)-2-(HYDROXYL-(1S)-1-METHYOXYCARBONYL-2-PHENYLETHOXY) PHOSPHINYLOXY-ETHYL]-1-NAPHTHALENEACETAMIDE], SODIUM SALT
要素PENICILLOPEPSIN
キーワードHYDROLASE / PENICILLOPEPSIN / PHOSPHONATE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillopepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Aspergillopepsin-like catalytic domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Aspergillopepsin-like catalytic domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Chem-PP6 / Penicillopepsin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Penicillium janthinellum (菌類)
手法X線回折 / DIFFERENCE FOURIER METHOD / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Ding, J. / Fraser, M.E. / James, M.N.G.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1998
タイトル: Macrocyclic Inhibitors of Penicillopepsin. II. X-Ray Crystallographic Analyses of Penicillopepsin Complexed with a P3-P1 Macrocyclic Peptidyl Inhibitor and with its Two Acyclic Analogues
著者: Ding, J. / Fraser, M.E. / Meyer, J.H. / Bartlett, P.A. / James, M.N.G.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Macrocyclic Inhibitors of Penicillopepsin. I. Design, Synthesis, and Evaluation of an Inhibitor Bridged between P1 and P3
著者: Meyer, J.H. / Bartlett, P.A.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Crystallographic Analysis of Transition-State Mimics Bound to Penicillopepsin: Phosphorus-Containing Peptide Analogues
著者: Fraser, M.E. / Strynadka, N.C. / Bartlett, P.A. / Hanson, J.E. / James, M.N.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Crystallographic Analysis of Transition State Mimics Bound to Penicillopepsin: Difluorostatine-and Difluorostatone-Containing Peptides
著者: James, M.N. / Sielecki, A.R. / Hayakawa, K. / Gelb, M.H.
履歴
登録1998年2月3日処理サイト: BNL
置き換え1998年5月27日ID: 1WEA
改定 1.01998年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_status
Item: _diffrn_source.type / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PENICILLOPEPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4775
ポリマ－33,4691
非ポリマー1,0084
水9,224512
1
A: PENICILLOPEPSIN
ヘテロ分子

A: PENICILLOPEPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,95310
ポリマ－66,9382
非ポリマー2,0168
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)96.330, 46.270, 64.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-863-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PENICILLOPEPSIN


分子量: 33468.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Penicillium janthinellum (菌類) / 参照: UniProt: P00798, penicillopepsin
#2: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PP6 / METHYL[CYCLO-7[(2R)-((N-VALYL)AMINO)-2-(HYDROXYL-(1S)-1-METHYLOXYCARBONYL-2-PHENYLETHOXY)PHOSPHINYLOXY-ETHYL]-1-NAPHTHALENEACETAMIDE]


分子量: 551.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H32N2O7P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.81 %
結晶化pH: 4.4 / 詳細: 0.1M NAC2H3O2 PH=4.4 35-40% SATURATED (NH4)2SO4
結晶化
*PLUS
温度: 18-22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: used macroseeding, Fraser, M.E., (1992) Biochemistry, 31, 5201.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
134-40 %satammonium sulfate1drop
20.1 M1dropNaC2H3O2
310 mg/mlcomplex1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年3月22日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→40 Å / Num. obs: 58629 / % possible obs: 82.22 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.47 % / Biso Wilson estimate: 10.427 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0595 / Net I/σ(I): 41.28
反射 シェル解像度: 1.25→1.29 Å / 冗長度: 2.05 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Mean I/σ(I) obs: 5.18 / % possible all: 40.47
反射
*PLUS
Observed criterion σ(I): 2 / Num. measured all: 203415
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 40.47 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
XENGENデータ収集
XENGENデータ削減
X-PLORモデル構築
TNT精密化
X-PLOR精密化
XENGENデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER METHOD / 解像度: 1.25→40 Å
Isotropic thermal model: CSDX_PROTGEO.DAT, OTHERGEO.DAT, CPPP6GEO.DAT, SEMTHMGEO.DAT
σ(F): 2
立体化学のターゲット値: CSDX_PROTGEO.DAT, OTHERGEO.DAT, CPPP6GEO.DAT, SEMTHMGEO.DAT, CONTACT.DAT
詳細: X-PLOR AND TNT ESD FROM SIGMAA (A) : 0.138904 UNCERTAINTY IN RMS ERROR SQUARED : 0.001516
Rfactor反射数%反射
Rfree0.19 -10 %
Rwork0.145 --
obs0.149 55829 78 %
all-58629 -
溶媒の処理溶媒モデル: TNT / Bsol: 441.6 Å2 / ksol: 1.002 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2376 0 66 512 2954
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01425011.1
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.45433921.1
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d15.71214085
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.016682
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0263663
X-RAY DIFFRACTIONt_it1.3725010.75
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.03599
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.155 / Rfactor Rfree: 0.192
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.0162
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0263

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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